[日本語] English
万見
- PDB-8czq: The crystal structure of MtbTOP1 in complex with both G- and T-se... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8czq
タイトルThe crystal structure of MtbTOP1 in complex with both G- and T-segments
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*C)-3')
  • DNA topoisomerase 1
キーワードISOMERASE/DNA / topoisomerase 1 / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / G-segment / T-segment / ISOMERASE / ISOMERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 ...Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Tan, K. / Tse-Dinh, Y.-C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R01GM054226 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM139817 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: The interaction between transport-segment DNA and topoisomerase IA-crystal structure of MtbTOP1 in complex with both G- and T-segments.
著者: Ferdous, S. / Dasgupta, T. / Annamalai, T. / Tan, K. / Tse-Dinh, Y.C.
履歴
登録2022年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 1
B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,70017
ポリマ－88,6124
非ポリマー1,08813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7250 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area37750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.501, 98.632, 104.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

-
要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 1 / DNA topoisomerase I


分子量: 77843.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: topA_1, topA, BN1213_00605, BN1303_02614, ERS013471_01645, ERS027644_01463, ERS124361_02532, RN05_3882
プラスミド: ET-HIS6-MOCR TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS CRYSTAL / 参照: UniProt: A0A0E8VY41, EC: 5.99.1.2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*GP*AP*C)-3')


分子量: 3589.341 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.09 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M sodium acetate, trihydrate, 12% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月5日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→46.5 Å / Num. obs: 24480 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 82.81 Å2 / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/av σ(I): 1.138 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.78→2.83 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.372 / Num. unique obs: 1195 / CC1/2: 0.49 / CC star: 0.811 / R split: 1.15 / Rpim(I) all: 0.614 / Χ2: 0.642 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6CQI

6cqi


解像度: 2.78→46.25 Å / SU ML: 0.4265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3757
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2685 1198 4.91 %
Rwork0.2476 23197 -
obs0.2486 24395 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 95.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.78→46.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4930 698 62 0 5690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035848
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55758082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383913
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.41281068
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.78-2.890.40691170.38892469X-RAY DIFFRACTION95.28
2.89-3.020.35381250.3332509X-RAY DIFFRACTION99.36
3.02-3.180.33381490.28812549X-RAY DIFFRACTION99.45
3.18-3.380.29751560.29212524X-RAY DIFFRACTION99.7
3.38-3.640.33171450.27842556X-RAY DIFFRACTION99.82
3.64-4.010.26691580.23582557X-RAY DIFFRACTION99.89
4.01-4.590.2255940.21612631X-RAY DIFFRACTION99.89
4.59-5.780.21921400.23042643X-RAY DIFFRACTION99.96
5.78-46.250.25751140.23242759X-RAY DIFFRACTION99.17
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.659359674020.9275340635110.4113946899313.278580082250.8899977378861.32372102687-0.08092266021410.1586608082970.119521887393-0.258627601110.0446854675728-0.0599775322078-0.1074043807510.2239426696590.04476318713920.3249268912760.06479326245160.03555207807480.3660936654080.08578771516940.50185475163833.430340821713.336755007549.0038134665
23.571117918821.522868365863.116226305823.097539241070.9578792300266.00729558466-0.4195533900991.074402973170.302086878643-0.796070391650.4428095644390.108423854123-0.7576714741370.7846839321280.03946517302640.894978032966-0.200527398857-0.06150653539380.8202099633910.08481563217340.79575636927436.400644928129.377610993524.4688997483
31.614938515310.0167004284921-1.212993899192.534708726750.4765457825324.46363894436-0.1981490879580.2977058935610.0735416884898-0.3487974529380.09626041054870.4605130470430.145736514936-0.3006479593980.08450982422180.3754928231650.0141203541813-0.1528670359750.4661622753490.07496205523270.51902843694122.1910913077-1.2331910480737.2460087238
46.553254369182.75947037680.5336365174168.68384569659-0.1253286948165.815984010520.105740792769-0.150453892034-0.726189113805-0.1104297379310.0369758859946-1.56197287686-0.1996551694441.55397782021-0.2397170793460.512379989651-0.01916089882040.1443440905730.759783944875-0.06327224334430.73487072606941.92163413848.7457025620652.0727154508
53.62512458675-3.952767511381.91237433687.504912182520.241987148936.66554637903-0.01230026536851.630323944940.705105755411-0.175367921657-0.178507106468-0.318765291849-0.0238487777697-0.05333149392220.2183723628910.517799096556-0.135186725367-0.1343504420721.042950148860.01588883145710.98338994104138.77417900196.2524039523316.0297306211
67.29387654169-6.355580043323.435933146988.73885762844-0.5997884996273.355561749320.163869931732-0.932892588189-0.590978818546-0.2593001864710.1735359205361.32130159750.255353420877-1.1315329448-0.4165617550780.835545703721-0.293786706803-0.09766128438091.485402285090.4812772671740.98968177652937.583339223910.408856834916.9777527207
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 16 through 273 )AA16 - 2731 - 244
22chain 'A' and (resid 274 through 494 )AA274 - 494245 - 445
33chain 'A' and (resid 495 through 704 )AA495 - 704446 - 655
44chain 'B' and (resid 1 through 12 )BB1 - 12
55chain 'C' and (resid 1 through 12 )CC1 - 12
66chain 'D' and (resid 2 through 12 )DD2 - 12

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る