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- PDB-8czh: Human BAK in complex with the dM2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8czh
タイトルHuman BAK in complex with the dM2 peptide
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • DM2 peptide
キーワードAPOPTOSIS / BAK / activator / Bcl-2 family
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / B cell negative selection / BAK complex / BH domain binding / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / activation of cysteine-type endopeptidase activity / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / response to UV-C / fibroblast apoptotic process / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / porin activity / pore complex / thymocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / positive regulation of proteolysis / B cell homeostasis / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to unfolded protein / blood vessel remodeling / animal organ regeneration / Pyroptosis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / establishment of localization in cell / response to gamma radiation / apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein-containing complex assembly / response to hydrogen peroxide / response to organic cyclic compound / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to UV / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein-folding chaperone binding / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / response to xenobiotic stimulus / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl-2 family / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Bcl2-like / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Aguilar, F. / Keating, A.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM110048 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Peptides from human BNIP5 and PXT1 and non-native binders of pro-apoptotic BAK can directly activate or inhibit BAK-mediated membrane permeabilization.
著者: Aguilar, F. / Yu, S. / Grant, R.A. / Swanson, S. / Ghose, D. / Su, B.G. / Sarosiek, K.A. / Keating, A.E.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: DM2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7352
ポリマ－21,7352
非ポリマー00
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.130, 41.040, 47.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 19037.320 Da / 分子数: 1 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: タンパク質・ペプチド DM2 peptide


分子量: 2698.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 3.5 M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→46.92 Å / Num. obs: 46424 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.913 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 0.856 / Net I/σ(I): 17.3 / Num. measured all: 320911 / Scaling rejects: 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.336.8541.7141.2921802350431810.7041.85490.8
1.33-1.377.1581.3731.7123484344332810.7741.47995.3
1.37-1.417.161.0612.2323106335432270.8531.14296.2
1.41-1.457.1020.8652.7222258324231340.8950.93296.7
1.45-1.56.990.5833.9321125313730220.9460.6396.3
1.5-1.556.7670.4474.8419983304629530.9610.48496.9
1.55-1.616.6990.3016.518443294927530.9790.32793.4
1.61-1.687.2160.2488.1520017284027740.9880.26797.7
1.68-1.757.1960.19310.1319141271626600.9920.20897.9
1.75-1.847.1140.14212.8618126260225480.9950.15397.9
1.84-1.946.9840.09617.117049248624410.9970.10498.2
1.94-2.066.7580.06822.1315693236423220.9980.07498.2
2.06-2.26.230.04727.8313226219821230.9990.05296.6
2.2-2.376.9370.03836.2414110205420340.9990.04199
2.37-2.67.0580.03341.6213397191518980.9990.03599.1
2.6-2.916.8390.0347.711646170717030.9990.03299.8
2.91-3.366.6740.02653.9910204153415290.9990.02899.7
3.36-4.115.9870.02460.787621129912730.9990.02698
4.11-5.816.7470.02567.14672710129970.9990.02798.5
5.81-46.926.5730.02567.22375357757110.02799

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vx0

5vx0


解像度: 1.3→46.92 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2005 2006 4.33 %
Rwork0.1785 44361 -
obs0.1795 46367 96.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.88 Å2 / Biso mean: 35.7536 Å2 / Biso min: 17.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→46.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1441 0 3 110 1554
Biso mean--55.89 39.45 -
残基数----181
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.330.3741450.3972926307190
1.33-1.370.36371260.36493082320895
1.37-1.410.37771520.3573135328796
1.41-1.450.38021310.31163157328897
1.45-1.510.28361420.24643108325096
1.51-1.570.2411380.22443179331796
1.57-1.640.2361460.20873053319994
1.64-1.720.27341340.21283209334398
1.72-1.830.23181530.19343220337398
1.83-1.970.18261480.17393195334398
1.97-2.170.21671430.16343218336198
2.17-2.490.15841520.14693246339898
2.49-3.130.19731480.173632923440100
3.13-46.920.17311480.15953341348999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7659-0.19140.46863.658-0.60751.3212-0.01070.06420.0233-0.18110.0194-0.026-0.1098-0.08420.00310.198-0.0190.01790.2490.01470.1775-18.42526.7010.921
23.9835.4741-2.83817.5295-3.94173.0766-0.33440.5956-0.3825-0.78250.3665-0.42020.32010.0185-0.05980.28620.01810.02560.3005-0.06310.2866-23.92656.8088-5.785
31.8703-0.20451.59063.57261.70516.78630.0858-0.2307-0.1070.12180.01310.2028-0.0934-0.4463-0.12370.2128-0.00880.03130.26430.02220.2356-25.57492.60935.3045
43.45063.9343-1.65665.1162-0.95062.29560.4323-0.79990.02781.0457-0.4996-0.2167-0.2774-0.03980.10210.5658-0.0457-0.05840.4644-0.04620.2882-12.9812.31819.0702
56.09661.3566-0.92668.1595-0.4934.32870.2798-0.29160.31050.2487-0.2315-0.827-0.25920.3873-0.0450.2113-0.023-0.04180.2302-0.0180.3196-0.86079.59748.6045
62.24970.04460.16786.2723-0.37111.17320.0447-0.15150.09410.6549-0.0959-0.5441-0.15250.00150.10050.2163-0.0063-0.03810.23720.00630.2016-10.4688.27089.0443
72.93451.64680.3165.0720.0820.44370.01340.02-0.3358-0.10740.049-0.51110.0751-0.0182-0.06560.1964-0.00740.00870.22480.00750.2236-11.6349-2.99632.6889
83.81283.93861.40415.04121.6583.45090.456-0.82-0.46350.9677-0.4527-0.44250.2669-0.0146-0.03350.4353-0.0127-0.10890.4080.0460.2285-10.37962.406218.8466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 61 )A20 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 69 )A62 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 82 )A70 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 100 )A83 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 118 )A101 - 118
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 119 through 150 )A119 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 151 through 183 )A151 - 183
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 23 )B1 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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