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- PDB-8czf: Human BAK in complex with the dF2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8czf
タイトルHuman BAK in complex with the dF2 peptide
要素
  • Bcl-2 homologous antagonist/killer
  • DF2 peptide
キーワードAPOPTOSIS / BAK / activator / Bcl-2 family
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria ...Activation and oligomerization of BAK protein / response to mycotoxin / BH domain binding / B cell negative selection / BAK complex / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / response to fungus / limb morphogenesis / Release of apoptotic factors from the mitochondria / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / endocrine pancreas development / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / calcium ion transport into cytosol / fibroblast apoptotic process / response to UV-C / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / porin activity / thymocyte apoptotic process / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / vagina development / B cell homeostasis / positive regulation of proteolysis / blood vessel remodeling / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Pyroptosis / cellular response to unfolded protein / animal organ regeneration / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / heat shock protein binding / intrinsic apoptotic signaling pathway / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / response to gamma radiation / establishment of localization in cell / positive regulation of protein-containing complex assembly / apoptotic signaling pathway / : / response to hydrogen peroxide / cellular response to mechanical stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / protein-folding chaperone binding / channel activity / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / apoptotic process / protein-containing complex binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / mitochondrion / metal ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions ...Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bcl-2 homologous antagonist/killer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Aguilar, F. / Keating, A.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM110048 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Peptides from human BNIP5 and PXT1 and non-native binders of pro-apoptotic BAK can directly activate or inhibit BAK-mediated membrane permeabilization.
著者: Aguilar, F. / Yu, S. / Grant, R.A. / Swanson, S. / Ghose, D. / Su, B.G. / Sarosiek, K.A. / Keating, A.E.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2 homologous antagonist/killer
B: DF2 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6132
ポリマ－21,6132
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area9130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.130, 41.080, 56.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 122.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-325-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2 homologous antagonist/killer / Apoptosis regulator BAK / Bcl-2-like protein 7 / Bcl2-L-7


分子量: 19037.320 Da / 分子数: 1 / 変異: C166S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAK1, BAK, BCL2L7, CDN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16611
#2: タンパク質・ペプチド DF2 peptide


分子量: 2575.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2 M sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→47.82 Å / Num. obs: 43728 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.629 % / Biso Wilson estimate: 15.76 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rrim(I) all: 0.036 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 25.36 / Num. measured all: 289866
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.3-1.335.2770.5882.8112993335024620.8730.65373.5
1.33-1.375.9580.5093.6317726325029750.9110.55891.5
1.37-1.416.60.4374.620638314031270.9520.47599.6
1.41-1.456.7950.3276.6120623304630350.9730.35599.6
1.45-1.56.8250.2289.2620135296129500.9880.24799.6
1.5-1.556.7710.18711.1619427288928690.9910.20399.3
1.55-1.616.6220.15113.3618238278027540.9920.16499.1
1.61-1.686.4940.12115.7516327264325140.9950.13295.1
1.68-1.757.0860.09919.2918113256625560.9970.10799.6
1.75-1.847.0950.08222.3717488247724650.9970.08899.5
1.84-1.946.9310.06227.616100233123230.9980.06799.7
1.94-2.066.8550.04833.2715211223422190.9990.05299.3
2.06-2.26.5990.03839.4913508205720470.9990.04299.5
2.2-2.376.2490.03145.5811861194118980.9990.03497.8
2.37-2.67.1820.02755.2912877180517930.9990.02999.3
2.6-2.917.0540.02560.29113991622161610.02799.6
2.91-3.366.8130.02365.6196881438142210.02598.9
3.36-4.116.4410.0277.9178451231121810.02298.9
4.11-5.816.4520.01883.5608495994310.01998.3
5.81-47.826.6140.01888358555354210.01998

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vx0

5vx0


解像度: 1.3→47.82 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1803 2006 4.59 %
Rwork0.1614 41700 -
obs0.1622 43706 96.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.47 Å2 / Biso mean: 25.812 Å2 / Biso min: 10.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→47.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1457 0 3 164 1624
Biso mean--29.23 35.73 -
残基数----183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.330.36751100.33162257236773
1.33-1.370.34741370.2822773291091
1.37-1.410.27741380.245130443182100
1.41-1.450.21571500.20630363186100
1.45-1.510.23561520.201930403192100
1.51-1.570.26521380.217430653203100
1.57-1.640.20951480.18433001314998
1.64-1.720.20591450.17022976312198
1.72-1.830.1781500.166130703220100
1.83-1.970.19181420.160230693211100
1.97-2.170.17491510.143130613212100
2.17-2.490.15541520.13343055320799
2.49-3.130.17311410.155330913232100
3.13-47.820.14931520.14713162331499
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39272.5938-0.03396.9558-0.10562.38830.035-0.06820.06760.090.01450.27920.0696-0.0476-0.02310.12330.0150.0140.10410.00980.08116.559410.531516.7848
23.7646-0.0870.04124.9324-1.79875.33460.01190.13590.2626-0.41740.06970.0604-0.10890.0245-0.12630.22190.00740.02470.1101-0.02430.13126.964621.040420.2187
34.34452.3433-2.41692.6457-2.32564.57820.0415-0.36860.04130.36310.0028-0.07220.1490.2855-0.0460.19010.0293-0.00330.1438-0.02350.158513.79369.867621.8702
42.7352-0.0155-0.38774.1407-3.89399.2392-0.0904-0.24450.16190.04190.2015-0.437-0.2790.53910.05120.2302-0.0470.04990.2783-0.04990.254422.274120.00575.9774
51.1468-0.51960.37512.8978-0.45222.0682-0.00150.09570.1642-0.20110.0017-0.0972-0.15070.0765-0.0050.1337-0.01170.03180.09910.00390.114110.634916.01793.5443
60.8585-0.65050.48573.4148-1.22822.46720.0239-0.0234-0.0731-0.19320.07170.16920.2036-0.0124-0.10650.1490.00010.00860.10560.00360.11046.76744.060710.4353
72.799-1.58411.30146.0522-5.0688.9487-0.09940.1478-0.0269-0.3977-0.0675-0.23930.25870.25560.18670.1692-0.01520.06870.2006-0.04980.230221.40989.13183.7749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 46 )A20 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 69 )A47 - 69
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 82 )A70 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 100 )A83 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 150 )A101 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 151 through 184 )A151 - 184
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 22 )B1 - 22

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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