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- PDB-8cza: Crystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cza
タイトルCrystal structure of the first bromodomain (BD1) of human BRDT bound to GXH-IV-075
要素Bromodomain testis-specific protein
キーワードGENE REGULATION / BRDT / BRD / BET / contraceptive / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity ...sperm DNA condensation / male meiotic nuclear division / male meiosis I / regulation of RNA splicing / histone H4 reader activity / : / RNA splicing / mRNA processing / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZN1 / Bromodomain testis-specific protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Chan, A. / Schonbrunn, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)1U54HD093540 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Bivalent BET Bromodomain Inhibitors Confer Increased Potency and Selectivity for BRDT via Protein Conformational Plasticity.
著者: Guan, X. / Cheryala, N. / Karim, R.M. / Chan, A. / Berndt, N. / Qi, J. / Georg, G.I. / Schonbrunn, E.
履歴
登録2022年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
C: Bromodomain testis-specific protein
D: Bromodomain testis-specific protein
E: Bromodomain testis-specific protein
F: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,08711
ポリマ－79,9166
非ポリマー4,1715
水724
1
A: Bromodomain testis-specific protein
B: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0143
ポリマ－26,6392
非ポリマー1,3751
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Bromodomain testis-specific protein
D: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0605
ポリマ－26,6392
非ポリマー1,4213
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Bromodomain testis-specific protein
F: Bromodomain testis-specific protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0143
ポリマ－26,6392
非ポリマー1,3751
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.801, 175.737, 143.071
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-202-

NA

21D-201-

NA

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain testis-specific protein / Cancer/testis antigen 9 / CT9 / RING3-like protein


分子量: 13319.365 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRDT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58F21
#2: 化合物 ChemComp-ZN1 / 4-[(4-{4-chloro-3-[(2-methylpropane-2-sulfonyl)amino]anilino}-5-methylpyrimidin-2-yl)amino]-2-fluoro-N-[1-(14-{3-[(2-{3-fluoro-4-[(piperidin-4-yl)carbamoyl]anilino}-5-methylpyrimidin-4-yl)amino]-5-[(2-methylpropane-2-sulfonyl)amino]phenyl}-14-oxo-4,7,10-trioxa-13-azatetradecanan-1-oyl)piperidin-4-yl]benzamide


分子量: 1375.010 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C64H82ClF2N15O11S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.96→47.4 Å / Num. obs: 24746 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 69.1 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.96→3.04 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1835 / CC1/2: 0.373 / Rrim(I) all: 2.23 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4KCX

4kcx


解像度: 2.96→47.4 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 1158 4.69 %
Rwork0.2042 23507 -
obs0.2072 24665 97.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.51 Å2 / Biso mean: 72.9 Å2 / Biso min: 19.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.96→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5318 0 533 4 5855
Biso mean--76.9 29.95 -
残基数----638
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.96-3.10.3331370.309929483085100
3.1-3.260.3741300.287329763106100
3.26-3.460.3551280.26612457258583
3.46-3.730.33251560.240429773133100
3.73-4.110.2741560.199629773133100
4.11-4.70.23981340.167930193153100
4.7-5.920.24251710.178130183189100
5.92-47.40.19881460.1723135328199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.01490.0351-0.05580.9345-2.32195.51540.4834-0.668-1.0218-0.03920.38461.0421-0.5804-0.6602-0.70770.36350.07870.02060.65560.07351.0758-3.518140.3091-9.9682
27.7037-1.08254.91086.64040.94893.64320.021-1.222-0.31460.38790.04920.2268-0.3278-1.1382-0.38080.44650.0002-0.04270.4786-0.00870.34589.040845.07791.627
34.1699-2.92521.48364.5119-0.36013.36930.50040.28660.46750.1473-0.2784-0.332-1.63130.2508-0.21330.9889-0.11950.10750.41370.12460.568319.814457.3552-6.9545
45.9215-0.272-0.51382.12071.95551.60650.31210.48260.63420.1613-0.38930.3754-0.9067-0.10420.0750.56510.0304-0.13820.51950.12640.47487.714447.9275-11.0222
52.95764.86585.4839.00639.68411.99770.46330.50911.96970.02221.4072-3.06810.51491.0901-0.40910.54450.03620.19980.7891-0.00010.706228.215844.8378-4.5599
66.34644.99144.15557.11155.70168.82490.52910.2162-0.61330.91560.28630.34640.7591.8537-0.54820.43410.0568-0.12350.27330.14250.516613.288437.6509-3.8347
75.9152-3.75310.78438.7471-1.6482.07820.52420.2148-0.5784-1.1659-0.2099-0.08060.1870.0438-0.37870.6943-0.0953-0.05230.4788-0.00970.315129.513932.9369.1505
88.6409-5.429-5.49436.38670.04487.3547-0.3063-0.65250.47821.04560.0759-0.8128-0.01221.09550.60680.5563-0.15080.02050.58470.01420.414834.13743.491817.9119
94.9471-2.6311-0.35485.9934-0.70531.8381-0.0248-0.1693-0.243-0.4636-0.0424-0.59760.2030.16370.01530.3681-0.0945-0.02310.46890.02420.501535.391131.286915.2462
107.5432-4.03041.86916.1755-2.44944.01140.1324-0.2007-0.7979-0.46220.40671.49750.2796-0.4708-0.6790.4186-0.1623-0.05760.5471-0.00970.377822.317929.300216.7123
116.98026.37615.70276.07495.66825.51950.0853-1.62941.7955-0.4491-0.7144-0.0312-2.2372-0.41580.70420.71360.01150.0860.382-0.01650.6391-9.393224.365528.7377
126.6704-1.8316-0.63772.55193.49586.0380.2723-0.14530.5342-1.17180.2544-0.0082-0.1070.39-0.44520.59470.04430.02150.43040.07440.3747-5.143711.711420.6479
138.25492.05290.07377.4127-2.71663.1922-0.2233-1.1128-0.78280.03440.15440.56220.8364-1.6542-0.04730.5431-0.256-0.01060.7739-0.00550.5969-12.851-2.721928.5246
148.5766-3.82240.00975.55121.52865.5373-0.268-0.32840.0918-0.3051-0.04060.7314-0.69030.43210.31350.48630.2115-0.01090.871-0.18330.524-16.863816.099829.819
154.5228-0.90723.76386.1062-3.14737.188-0.1321-0.39910.2877-0.47260.2496-0.24680.0534-0.9484-0.13360.4559-0.08270.00890.4949-0.12660.4084-4.89095.755133.3029
162.6192-1.03350.09573.27134.01046.6943-0.12360.07440.2958-0.45190.1306-0.25410.19890.24850.1230.459-0.04310.10510.46690.05010.46421.018313.55928.3211
173.0791-2.7234-3.24732.46232.80933.5233-0.4697-0.43650.6087-0.54620.63710.44450.64431.11060.27190.7057-0.118-0.23720.6656-0.01270.938130.8395-0.760315.9743
187.67520.57213.49064.5812-2.06642.78060.2107-0.9515-0.92160.45770.5917-1.2413-0.5921-0.0418-0.71550.53110.13510.01760.5158-0.19070.619415.73963.34718.7003
193.15732.4334.238.852-1.2718.7152-0.1713-0.6744-0.133-0.04051.00280.1788-0.2993-0.8474-0.79150.3618-0.07310.05150.7173-0.02260.41482.2935-8.173414.1669
208.04221.05334.83624.3380.81673.70520.479-0.7119-0.7908-0.12420.3663-0.50260.86750.0106-1.09430.52880.0114-0.01470.4036-0.03570.525114.1067-9.329111.54
215.82045.6170.30348.9925-4.43726.5352-0.2342-1.3550.3433-0.74581.0337-2.97811.05930.9171-0.30970.42830.17060.06450.6872-0.12841.333128.1894-10.528813.589
223.9582.47143.28444.5339-0.56045.0092-0.2454-0.03480.1850.24870.1716-0.3707-0.3250.08010.00590.6095-0.02260.16850.3359-0.13360.449613.6036-1.93815.8791
239.81350.77393.1363.0001-0.67793.38171.1082-0.53911.8391-0.1352-0.6031-0.2566-1.2529-0.0427-0.18280.8159-0.10320.08120.4767-0.2350.599417.90527.08129.7465
249.3116-3.63735.41214.05260.65579.5076-1.2588-0.29691.1241-1.42341.2684-1.0613-1.5391-0.55120.14790.3471-0.17110.15450.6635-0.05071.120538.249866.521955.305
259.11425.53497.91187.72592.8447.7444-0.75632.0982-0.4474-1.59130.0699-1.1813-0.6141.48661.15130.6203-0.1990.05190.77950.04030.508732.35559.882246.4169
265.8513-1.9207-1.19934.67580.27968.4181-0.49070.6781-0.17140.10950.54970.6601-0.1982-1.37650.04080.6345-0.1233-0.00580.68180.10850.40116.321753.348852.4914
277.52750.5361-1.9366.43181.74956.19860.23780.65831.03331.01020.08580.802-0.7542-1.1697-0.26720.6782-0.0714-0.17360.41170.14570.805327.149466.982556.6636
287.45732.75311.39217.74952.1462.0150.5856-0.63380.65170.781-1.25090.2863-0.3569-0.41840.5580.6946-0.0409-0.03490.47930.00180.300225.579451.443658.4061
296.21773.85092.90038.41632.12618.0447-0.53930.7784-0.09-0.05080.8817-0.6736-0.45210.6643-0.23940.4836-0.10190.00950.6088-0.09480.434934.537751.198952.0409
304.36532.5904-4.3243.80310.84849.6150.18380.78810.53010.4205-0.7476-1.32771.07722.18080.63230.42440.1512-0.08930.9480.16190.609738.585318.997736.8395
314.22392.3416-4.565.8244-2.28325.00270.3034-0.834-1.21070.62370.3247-2.7656-0.38890.9762-0.27990.5755-0.1142-0.03240.9854-0.16370.684436.041630.102541.7489
326.1027-1.74012.8625.30691.26422.94450.1466-0.1728-0.25090.3129-0.06420.2541-0.84120.2882-0.05770.6304-0.18080.04110.77010.02950.275421.039139.049239.9522
338.2882-5.93563.05184.2524-2.68947.0011-0.05550.7119-0.3257-0.92050.4610.4803-0.3218-0.3879-0.55230.467-0.14790.04460.66450.07510.398316.668932.723931.0958
342.8816-5.01311.14948.9436-3.58993.44650.1934-0.3606-0.5514-0.56810.00110.71050.173-0.3965-0.25150.3817-0.1296-0.07180.595-0.02520.459927.284325.879733.7173
355.4947-4.5702-2.21896.48572.71481.17610.11960.56321.5898-0.481-0.97140.6382-1.04870.7740.81770.2286-0.2470.29970.97520.37970.640723.929646.976828.8389
368.7028-7.4031-0.03845.8348-0.66613.5644-0.00520.20710.60880.4219-0.2631-1.1597-0.45890.42870.38660.4333-0.2218-0.00070.63240.01850.434136.339235.967532.5174
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 37 )A27 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 54 )A38 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 55 through 75 )A55 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 108 )A76 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 109 through 113 )A109 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 114 through 132 )A114 - 132
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 29 through 65 )B29 - 65
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 66 through 75 )B66 - 75
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 76 through 108 )B76 - 108
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 109 through 135 )B109 - 135
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 30 through 37 )C30 - 37
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 38 through 52 )C38 - 52
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 53 through 75 )C53 - 75
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 76 through 90 )C76 - 90
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 91 through 113 )C91 - 113
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 114 through 135 )C114 - 135
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 30 through 37 )D30 - 37
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 38 through 52 )D38 - 52
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 53 through 65 )D53 - 65
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 66 through 83 )D66 - 83
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 84 through 90 )D84 - 90
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 91 through 113 )D91 - 113
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 114 through 134 )D114 - 134
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 28 through 37 )E28 - 37
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 38 through 45 )E38 - 45
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 46 through 75 )E46 - 75
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 76 through 90 )E76 - 90
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 91 through 113 )E91 - 113
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 114 through 135 )E114 - 135
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 28 through 37 )F28 - 37
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 38 through 45 )F38 - 45
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 46 through 65 )F46 - 65
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 66 through 75 )F66 - 75
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 76 through 108 )F76 - 108
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 109 through 113 )F109 - 113
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 114 through 133 )F114 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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