+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8cyu | ||||||
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Title | Crystal structure of SARS-CoV-2 Mpro with compound C5 | ||||||
Components | 3C-like proteinase | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / COVID-19 / SARS-CoV-2 / protease / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / Lyases; Phosphorus-oxygen lyases / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 5'-3' DNA helicase activity / snRNP Assembly / double membrane vesicle viral factory outer membrane / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / symbiont-mediated degradation of host mRNA / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / DNA helicase / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Cysteine endopeptidases / single-stranded RNA binding / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / copper ion binding / RNA-directed RNA polymerase / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Worrall, L.J. / Lee, J. / Strynadka, N.C.J. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Emerg Microbes Infect / Year: 2023 Title: A novel class of broad-spectrum active-site-directed 3C-like protease inhibitors with nanomolar antiviral activity against highly immune-evasive SARS-CoV-2 Omicron subvariants. Authors: Perez-Vargas, J. / Worrall, L.J. / Olmstead, A.D. / Ton, A.T. / Lee, J. / Villanueva, I. / Thompson, C.A.H. / Dudek, S. / Ennis, S. / Smith, J.R. / Shapira, T. / De Guzman, J. / Gang, S. / ...Authors: Perez-Vargas, J. / Worrall, L.J. / Olmstead, A.D. / Ton, A.T. / Lee, J. / Villanueva, I. / Thompson, C.A.H. / Dudek, S. / Ennis, S. / Smith, J.R. / Shapira, T. / De Guzman, J. / Gang, S. / Ban, F. / Vuckovic, M. / Bielecki, M. / Kovacic, S. / Kenward, C. / Hong, C.Y. / Gordon, D.G. / Levett, P.N. / Krajden, M. / Leduc, R. / Boudreault, P.L. / Niikura, M. / Paetzel, M. / Young, R.N. / Cherkasov, A. / Strynadka, N.C.J. / Jean, F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8cyu.cif.gz | 494.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8cyu.ent.gz | 410.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8cyu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cyu | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 8cyzC 8cz4C 8cz7C 8sxrC 7joyS 8cyp 8cyq S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 0 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / Refine code: 0
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 33825.547 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: rep, 1a-1b / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase #2: Chemical | ChemComp-P5X / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion Details: 0.1 M Tris pH 8, 15 % PEG 8000, 10 % ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 1.1806 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 15, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.1806 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.8→45.75 Å / Num. obs: 126257 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7JOY Resolution: 1.8→45.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.089 / SU ML: 0.123 / SU R Cruickshank DPI: 0.1421 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 140.66 Å2 / Biso mean: 31.132 Å2 / Biso min: 14.32 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.8→45.75 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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