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万見
- PDB-8cyg: Cryo-EM structure of TTMV-LY1 anellovirus virus-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cyg
タイトルCryo-EM structure of TTMV-LY1 anellovirus virus-like particle
要素Capsid protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / anellovirus
機能・相同性TT viral protein of unknown function / TT viral orf 1 / T=1 icosahedral viral capsid / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Anelloviridae (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.98 Å
データ登録者Liou, S.H. / Delagrave, S. / Swanson, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of anellovirus-like particles reveal a mechanism for immune evasion.
著者: Shu-Hao Liou / Rajendra Boggavarapu / Noah R Cohen / Yue Zhang / Ishwari Sharma / Lynn Zeheb / Nidhi Mukund Acharekar / Hillary D Rodgers / Saadman Islam / Jared Pitts / Cesar Arze / Harish ...著者: Shu-Hao Liou / Rajendra Boggavarapu / Noah R Cohen / Yue Zhang / Ishwari Sharma / Lynn Zeheb / Nidhi Mukund Acharekar / Hillary D Rodgers / Saadman Islam / Jared Pitts / Cesar Arze / Harish Swaminathan / Nathan Yozwiak / Tuyen Ong / Roger J Hajjar / Yong Chang / Kurt A Swanson / Simon Delagrave /
要旨: Anelloviruses are nonpathogenic viruses that comprise a major portion of the human virome. Despite being ubiquitous in the human population, anelloviruses (ANVs) remain poorly understood. Basic ...Anelloviruses are nonpathogenic viruses that comprise a major portion of the human virome. Despite being ubiquitous in the human population, anelloviruses (ANVs) remain poorly understood. Basic features of the virus, such as the identity of its capsid protein and the structure of the viral particle, have been unclear until now. Here, we use cryogenic electron microscopy to describe the first structure of an ANV-like particle. The particle, formed by 60 jelly roll domain-containing ANV capsid proteins, forms an icosahedral particle core from which spike domains extend to form a salient part of the particle surface. The spike domains come together around the 5-fold symmetry axis to form crown-like features. The base of the spike domain, the P1 subdomain, shares some sequence conservation between ANV strains while a hypervariable region, forming the P2 subdomain, is at the spike domain apex. We propose that this structure renders the particle less susceptible to antibody neutralization by hiding vulnerable conserved domains while exposing highly diverse epitopes as immunological decoys, thereby contributing to the immune evasion properties of anelloviruses. These results shed light on the structure of anelloviruses and provide a framework to understand their interactions with the immune system.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: Capsid protein
a: Capsid protein
b: Capsid protein
c: Capsid protein
d: Capsid protein
3: Capsid protein
4: Capsid protein
5: Capsid protein
6: Capsid protein
7: Capsid protein
I: Capsid protein
J: Capsid protein
K: Capsid protein
L: Capsid protein
M: Capsid protein
e: Capsid protein
f: Capsid protein
g: Capsid protein
h: Capsid protein
i: Capsid protein
j: Capsid protein
k: Capsid protein
l: Capsid protein
m: Capsid protein
n: Capsid protein
o: Capsid protein
p: Capsid protein
q: Capsid protein
r: Capsid protein
s: Capsid protein
t: Capsid protein
u: Capsid protein
v: Capsid protein
w: Capsid protein
x: Capsid protein
y: Capsid protein
1: Capsid protein
2: Capsid protein
O: Capsid protein
z: Capsid protein
A: Capsid protein
B: Capsid protein
D: Capsid protein
E: Capsid protein
F: Capsid protein
G: Capsid protein
H: Capsid protein
N: Capsid protein
P: Capsid protein
Q: Capsid protein
R: Capsid protein
T: Capsid protein
U: Capsid protein
V: Capsid protein
W: Capsid protein
X: Capsid protein
Y: Capsid protein
Z: Capsid protein
C: Capsid protein
S: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,792,15460
ポリマ－4,792,15460
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Capsid protein


分子量: 79869.227 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: TTV-like mini virus isolate TTMV_LY1 / 由来: (組換発現) Anelloviridae (ウイルス)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: M4NKL5

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TTV-like mini virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: TTV-like mini virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 19.59 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: Gctf / カテゴリ: CTF補正
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6271 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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