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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cy8 | ||||||
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タイトル | apo form Cryo-EM structure of Campylobacter jejune ketol-acid reductoisommerase crosslinked by Glutaraldehyde | ||||||
要素 | Ketol-acid reductoisomerase (NADP(+)) | ||||||
キーワード | ISOMERASE / ketol-acid reductoisomerase / enzyme stability / dodecamer / branched-chain amino acid | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / NADP binding / magnesium ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 2.94 Å | ||||||
データ登録者 | Zheng, S. / Guddat, L.W. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Appl Biosci / 年: 2022 タイトル: Enhancing the Thermal and Kinetic Stability of Ketol-Acid Reductoisomerase, a Central Catalyst of a Cell-Free Enzyme Cascade for the Manufacture of Platform Chemicals 著者: Lv, Y. / Zheng, S. / Goldenzweig, A. / Liu, F. / Gao, Y. / Yang, X. / Kandale, A. / McGeary, R.P. / Williams, S. / Kobe, B. / Schembri, M.A. / Landsberg, M.J. / Wu, B. / Bruck, T.B. / Sieber, ...著者: Lv, Y. / Zheng, S. / Goldenzweig, A. / Liu, F. / Gao, Y. / Yang, X. / Kandale, A. / McGeary, R.P. / Williams, S. / Kobe, B. / Schembri, M.A. / Landsberg, M.J. / Wu, B. / Bruck, T.B. / Sieber, V. / Boden, M. / Rao, Z. / Fleishman, S.J. / Schenk, G. / Guddat, L.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cy8.cif.gz | 608.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cy8.ent.gz | 515.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cy8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cy8_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cy8_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cy8_validation.xml.gz | 98.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cy8_validation.cif.gz | 148.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cy8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/8cy8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27070MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35665.953 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: ilvC, CW563_00670 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5T0UG45 #2: 化合物 | ChemComp-PTD / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Campylobacter jejuni ketol-acid reductoisomerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 450 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Campylobacter jejuni (カンピロバクター) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 74899 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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