[日本語] English
万見
- PDB-8cxl: Structure of NapH3, a vanadium-dependent haloperoxidase homolog c... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cxl
タイトルStructure of NapH3, a vanadium-dependent haloperoxidase homolog catalyzing the stereospecific alpha-hydroxyketone rearrangement reaction in napyradiomycin biosynthesis
要素NapH3
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Vanadium-dependent haloperoxidase / VHPO / alpha-hydroxyketone rearrangement / napyradiomycin
生物種Streptomyces sp. CNQ-525 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Chen, P.Y.-T. / Chekan, J.R. / Moore, B.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI047818 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of Stereospecific Vanadium-Dependent Haloperoxidase Family Enzymes in Napyradiomycin Biosynthesis.
著者: Chen, P.Y. / Adak, S. / Chekan, J.R. / Liscombe, D.K. / Miyanaga, A. / Bernhardt, P. / Diethelm, S. / Fielding, E.N. / George, J.H. / Miles, Z.D. / Murray, L.A.M. / Steele, T.S. / Winter, J.M. ...著者: Chen, P.Y. / Adak, S. / Chekan, J.R. / Liscombe, D.K. / Miyanaga, A. / Bernhardt, P. / Diethelm, S. / Fielding, E.N. / George, J.H. / Miles, Z.D. / Murray, L.A.M. / Steele, T.S. / Winter, J.M. / Noel, J.P. / Moore, B.S.
履歴
登録2022年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NapH3
B: NapH3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6105
ポリマ－103,5262
非ポリマー843
水9,260514
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area32580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.447, 96.095, 72.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 11 through 26 or resid 29...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 11 through 48 or resid 50...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1PROTHRA7 - 22
d_12ens_1GLYTRPA25 - 44
d_13ens_1THRGLYA48 - 163
d_14ens_1PROTYRA167 - 174
d_15ens_1PROTYRA178 - 230
d_16ens_1ASPALAA232 - 292
d_17ens_1ALAVALA296 - 338
d_18ens_1HISVALA342 - 482
d_21ens_1PROTRPB1 - 36
d_22ens_1THRGLYB40 - 155
d_23ens_1PROTYRB159 - 166
d_24ens_1PROTYRB168 - 220
d_25ens_1ASPALAB224 - 284
d_26ens_1ALAVALB288 - 330
d_27ens_1HISVALB334 - 474

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.78868324926, 0.567624344346, -0.2361807275), (0.567478778047, 0.524322176392, -0.63486541236), (-0.236530270374, -0.634735266902, -0.735638887055)ベクター: -46. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.78868324926, 0.567624344346, -0.2361807275), (0.567478778047, 0.524322176392, -0.63486541236), (-0.236530270374, -0.634735266902, -0.735638887055)
ベクター: -46.0964248139, 13.4344949177, -9.12987406766)

-
要素

#1: タンパク質 NapH3


分子量: 51762.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces sp. CNQ-525 (バクテリア)
遺伝子: napH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 514 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.82 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M bis(2-hydroxyethyl)amino-tris(hydroxymethyl)methane (Bis-Tris) pH 6.5, 0.2 M magnesium chloride , 17% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.999912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→30 Å / Num. obs: 75852 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 28.55 Å2 / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.98→2.1 Å / Num. unique obs: 12034 / CC1/2: 0.782

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3845精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3w36

3w36


解像度: 1.98→29.64 Å / SU ML: 0.1973 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 19.1463
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2007 3793 5 %
Rwork0.1826 72049 -
obs0.1835 75842 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→29.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7171 0 3 514 7688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00337454
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.645410205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04291084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00471378
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.69632644
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.482251324203 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.98-2.010.34241380.29442617X-RAY DIFFRACTION97.42
2.01-2.030.25441360.24852599X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.060.2681400.23292651X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.090.24521390.22042624X-RAY DIFFRACTION99.96
2.09-2.120.2151390.21292645X-RAY DIFFRACTION99.96
2.12-2.150.27521370.21032617X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.190.22381410.19992686X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.230.23471390.20862628X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.270.25581380.20592633X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.310.21091420.19532672X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.360.22451370.19752623X-RAY DIFFRACTION99.96
2.36-2.410.22541410.19772662X-RAY DIFFRACTION99.96
2.41-2.470.21261390.1942639X-RAY DIFFRACTION99.96
2.47-2.530.21271390.19232644X-RAY DIFFRACTION99.96
2.53-2.60.19181390.19032661X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.670.23971420.19322675X-RAY DIFFRACTION99.96
2.67-2.760.21861390.19692650X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.860.22331400.19462654X-RAY DIFFRACTION100
2.86-2.970.21671390.20312655X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.110.20941430.20622703X-RAY DIFFRACTION99.96
3.11-3.270.23091400.20552666X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.470.20711420.19492689X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.740.20981420.17872695X-RAY DIFFRACTION99.96
3.74-4.120.15931400.15022694X-RAY DIFFRACTION99.82
4.12-4.710.14481450.13952731X-RAY DIFFRACTION99.9
4.71-5.930.15731450.14572762X-RAY DIFFRACTION99.83
5.93-29.640.14931520.14592874X-RAY DIFFRACTION99.47

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る