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- PDB-8cxj: The IgI3 domain of R28 protein from S. pyogenes bound to CEACAM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cxj
タイトルThe IgI3 domain of R28 protein from S. pyogenes bound to CEACAM1
要素
  • Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
  • Surface protein R28表面
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / BACTERIAL (細菌) / ADHESION (接着)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of blood vessel remodeling / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / regulation of sprouting angiogenesis / regulation of blood vessel remodeling / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hepatocyte proliferation / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of lipid biosynthetic process / filamin binding / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / Fibronectin matrix formation / insulin catabolic process / common myeloid progenitor cell proliferation / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / regulation of immune system process / negative regulation of platelet aggregation / 細胞壁 / bile acid and bile salt transport / negative regulation of vascular permeability / wound healing, spreading of cells / transport vesicle membrane / microvillus membrane / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / blood vessel development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / specific granule membrane / regulation of cell migration / protein tyrosine kinase binding / basal plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / integrin-mediated signaling pathway / regulation of cell growth / Cell surface interactions at the vascular wall / 接着結合 / negative regulation of protein kinase activity / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell-cell junction / 遊走 / 細胞結合 / actin binding / protein phosphatase binding / 血管新生 / protein dimerization activity / calmodulin binding / 細胞接着 / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / 細胞膜 / シグナル伝達 / protein homodimerization activity / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Alpha C protein, N-terminal / AlphaC, C-terminal / ACP, C-terminal domain superfamily / ACP, N-terminal domain superfamily / Alpha C protein N terminal / AlphaC N-terminal domain 2 / Rib/alpha/Esp surface antigen / : / M protein-type anchor domain / YSIRK type signal peptide ...Alpha C protein, N-terminal / AlphaC, C-terminal / ACP, C-terminal domain superfamily / ACP, N-terminal domain superfamily / Alpha C protein N terminal / AlphaC N-terminal domain 2 / Rib/alpha/Esp surface antigen / : / M protein-type anchor domain / YSIRK type signal peptide / 免疫グロブリンフォールド / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / 抗体 / LPXTG cell wall anchor domain / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / Surface protein R28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Bonsor, D.A. / McCarthy, A.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/V006495/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Human CEACAM1 is targeted by a Streptococcus pyogenes adhesin implicated in puerperal sepsis pathogenesis.
著者: Catton, E.A. / Bonsor, D.A. / Herrera, C. / Stalhammar-Carlemalm, M. / Lyndin, M. / Turner, C.E. / Soden, J. / van Strijp, J.A.G. / Singer, B.B. / van Sorge, N.M. / Lindahl, G. / McCarthy, A.J.
履歴
登録2022年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
C: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
E: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
G: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
D: Surface protein R28
B: Surface protein R28
F: Surface protein R28
H: Surface protein R28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,48430
ポリマ－103,5728
非ポリマー1,91222
水1629
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Surface protein R28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4979
ポリマ－25,8932
非ポリマー6047
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
D: Surface protein R28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4979
ポリマ－25,8932
非ポリマー6047
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
F: Surface protein R28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3697
ポリマ－25,8932
非ポリマー4765
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
H: Surface protein R28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1215
ポリマ－25,8932
非ポリマー2283
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.962, 76.962, 334.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 1 through 107)
d_2ens_1(chain "C" and resid 1 through 107)
d_3ens_1(chain "E" and resid 1 through 107)
d_4ens_1chain "G"
d_1ens_2(chain "B" and ((resid 1 through 2 and (name N...
d_2ens_2(chain "D" and ((resid 1 through 2 and (name N...
d_3ens_2(chain "F" and ((resid 1 through 2 and (name N...
d_4ens_2(chain "H" and (resid 1 through 58 or (resid 59...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLNTYRA1 - 107
d_21ens_1GLNTYRC1 - 107
d_31ens_1GLNTYRE1 - 107
d_41ens_1GLNTYRG1 - 107
d_11ens_2THRLYSD1 - 106
d_21ens_2THRLYSB1 - 106
d_31ens_2THRLYSF1 - 106
d_41ens_2THRLYSH1 - 106

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999906677906, -0.00240343150292, -0.0134483826809), (-0.0026810837772, -0.999782840968, -0.0206659792024), (-0.0133957929777, 0.0207001068506, -0.99969598294)6.59175286731, -4.49969977989, 36.7976942268
2given(-0.935847884553, -0.05848797228, -0.347516753663), (0.0962171004513, -0.991070814165, -0.0923087801399), (-0.339014758614, -0.119824031015, 0.933119067983)69.1837879371, 26.4209220119, 12.7505923416
3given(-0.100950068717, 0.991839515429, 0.0778682172641), (0.928348594818, 0.0657657094922, 0.365846631739), (0.35774008739, 0.109221092692, -0.927411873326)45.8288785187, 1.37328143588, 105.614041686
4given(0.999457198128, -0.0327380630153, 0.00367808929222), (-0.0327476050194, -0.999460362717, 0.00256470721765), (0.0035921409116, -0.00268376370514, -0.999989946917)6.0157824563, -4.59290831414, 36.1150244929
5given(-0.939736613151, -0.00127024512582, -0.341896891448), (0.0225395736566, -0.998047887368, -0.0582441596976), (-0.341155485847, -0.0624403795378, 0.937930772221)69.4085729938, 26.7474087275, 13.0356599849
6given(-0.0426887794511, 0.996758294595, 0.0681950897487), (0.939105960046, 0.0167376390373, 0.343219823502), (0.340965781149, 0.0786940505776, -0.936776164561)44.8773085506, 1.62279895847, 106.336268848

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGDBFH

#1: タンパク質
Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / Biliary glycoprotein 1 / BGP-1


分子量: 12101.444 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM1, BGP, BGP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13688
#2: タンパク質
Surface protein R28 / 表面


分子量: 13791.591 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: spr28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XDB6

-
非ポリマー , 4種, 31分子

#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.45 M Ammonium sulfate 0.1M Na/K Phosphate pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→38.96 Å / Num. obs: 36722 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 89.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 3.05→3.19 Å / Num. unique obs: 4528 / CC1/2: 0.828

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC7.1.016精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V3P

6v3p


解像度: 3.05→38.96 Å / SU ML: 0.4802 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.2538
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1925 5.24 %
Rwork0.2074 34797 -
obs0.209 36722 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 102.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.05→38.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6614 0 103 9 6726
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5299250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04561091
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.42372501
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.659893195139
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.92513069978
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.924123165194
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.767545233295
ens_2d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.801236265179
ens_2d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.759240569794
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.05-3.130.42091460.38432481X-RAY DIFFRACTION99.13
3.13-3.210.35041520.35642463X-RAY DIFFRACTION99.47
3.21-3.310.37331470.31772443X-RAY DIFFRACTION99.31
3.31-3.410.31161370.28752480X-RAY DIFFRACTION99.66
3.41-3.530.30641320.27082487X-RAY DIFFRACTION99.66
3.53-3.680.31561590.24582440X-RAY DIFFRACTION99.65
3.68-3.840.27321100.25452544X-RAY DIFFRACTION99.59
3.84-4.040.28051220.22962511X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.30.21981430.19282463X-RAY DIFFRACTION99.85
4.3-4.630.21481270.16692483X-RAY DIFFRACTION99.96
4.63-5.090.19461580.17042486X-RAY DIFFRACTION99.96
5.09-5.830.21711390.1822476X-RAY DIFFRACTION99.89
5.83-7.340.21391150.1992522X-RAY DIFFRACTION99.81
7.34-38.960.1711380.15522518X-RAY DIFFRACTION99.74
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 33.195 Å / Origin y: 16.371 Å / Origin z: 38.682 Å
111213212223313233
T0.72 Å20.0107 Å2-0.035 Å2-0.618 Å2-0.0249 Å2--0.67 Å2
L0.1069 °2-0.1043 °2-0.392 °2-0.694 °20.878 °2--1.312 °2
S0.0387 Å °-0.0502 Å °-0.0262 Å °-0.148 Å °-0.067 Å °-0.042 Å °0.0243 Å °0.028 Å °0.029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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