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- PDB-8cx9: Structure of the SARS-COV2 PLpro (C111S) in complex with a dimeri... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 8cx9
タイトルStructure of the SARS-COV2 PLpro (C111S) in complex with a dimeric Ubv that inhibits activity by an unusual allosteric mechanism
要素
  • Papain-like protease nsp3
  • Ubiquitin variant UbV.CV2.1
キーワードVIRAL PROTEIN/SIGNALING PROTEIN / inhibitor complex / allosteric inhibition / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Viral mRNA Translation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Viral mRNA Translation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / cytosolic ribosome / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / viral genome replication / Translesion synthesis by POLK / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / methyltransferase activity / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway / Negative regulation of FGFR3 signaling / Hh mutants are degraded by ERAD / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Peroxisomal protein import / Degradation of AXIN / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / Activation of NF-kappaB in B cells
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. ...Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Coronavirus replicase NSP7 / Peptidase family C16 domain profile. / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase / Coronavirus replicase NSP8 / Coronavirus RNA synthesis protein NSP10 / Coronavirus replicase NSP4, C-terminal / Coronavirus replicase NSP6 / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Coronavirus replicase NSP9 / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Replicase polyprotein 1a / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Singer, A.U. / Slater, C.L. / Patel, A. / Russel, R. / Mark, B.L. / Sidhu, S.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)OV3-170346 カナダ
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: Ubiquitin variants potently inhibit SARS-CoV-2 PLpro and viral replication via a novel site distal to the protease active site.
著者: van Vliet, V.J.E. / Huynh, N. / Pala, J. / Patel, A. / Singer, A. / Slater, C. / Chung, J. / van Huizen, M. / Teyra, J. / Miersch, S. / Luu, G.K. / Ye, W. / Sharma, N. / Ganaie, S.S. / ...著者: van Vliet, V.J.E. / Huynh, N. / Pala, J. / Patel, A. / Singer, A. / Slater, C. / Chung, J. / van Huizen, M. / Teyra, J. / Miersch, S. / Luu, G.K. / Ye, W. / Sharma, N. / Ganaie, S.S. / Russell, R. / Chen, C. / Maynard, M. / Amarasinghe, G.K. / Mark, B.L. / Kikkert, M. / Sidhu, S.S.
履歴
登録2022年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Papain-like protease nsp3
A: Papain-like protease nsp3
C: Papain-like protease nsp3
D: Papain-like protease nsp3
E: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
I: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
F: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
G: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
K: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
L: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
H: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
J: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,77325
ポリマ－237,95012
非ポリマー82213
水00
1
B: Papain-like protease nsp3
F: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
G: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,7136
ポリマ－59,4883
非ポリマー2253
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Papain-like protease nsp3
E: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
I: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8168
ポリマ－59,4883
非ポリマー3285
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Papain-like protease nsp3
K: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
L: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5765
ポリマ－59,4883
非ポリマー882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Papain-like protease nsp3
H: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
J: Ubiquitin variant UbV.CV2.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,6686
ポリマ－59,4883
非ポリマー1813
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.580, 174.860, 121.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.740, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 4 or (resid 5 through 6...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 4 or (resid 5 through 6...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 4 through 42 or (resid 43...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 4 or (resid 5 through 6...
d_1ens_2(chain "E" and (resid 1 or (resid 2 and (name...
d_2ens_2(chain "F" and (resid 1 or (resid 2 and (name...
d_3ens_2(chain "G" and (resid 1 through 5 or (resid 6...
d_4ens_2(chain "H" and (resid 1 or (resid 2 and (name...
d_5ens_2(chain "I" and (resid 1 or (resid 2 and (name...
d_6ens_2(chain "J" and (resid 1 or (resid 2 and (name...
d_7ens_2(chain "K" and (resid 1 through 5 or (resid 6...
d_8ens_2(chain "L" and (resid 1 or (resid 2 and (name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1THRCYSB3 - 191
d_12ens_1GLNILEB193 - 313
d_21ens_1THRCYSA3 - 191
d_22ens_1GLNILEA193 - 313
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NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.941651296609, 0.281331001763, -0.184785559612), (-0.290933838163, -0.956375608655, 0.0265178615624), (-0.169264105487, 0.0787309508185, 0.982421040072)27.0839525094, -34.2487668668, -27.7831751844
2given(-0.95075824198, -0.26846857296, -0.154865718091), (0.260517599136, -0.962933925975, 0.0699202027113), (-0.167896830963, 0.0261319639432, 0.985458154674)10.3188041206, -37.5415953082, 33.1075007744
3given(0.882513072235, -0.469553360538, 0.0262739213186), (0.469325090403, 0.88290389186, 0.014651868726), (-0.030077181585, -0.000599455185308, 0.999547399477)-13.81112531, -4.23599930431, 59.8992919849
4given(-0.945116675458, 0.28406484503, -0.161436159483), (-0.291234444805, -0.956395781296, 0.0221270802213), (-0.148111336264, 0.0679284427747, 0.986635068671)25.273306352, -33.5056602687, -28.6347043304
5given(0.0256487288955, -0.769217384449, 0.638472206261), (-0.763207091843, 0.397429993058, 0.509474568136), (-0.645644699247, -0.50035389084, -0.576878588834)-71.2011302526, -6.62568503371, 47.7178480706
6given(0.858195076532, -0.513301500439, -0.00477286746963), (0.51329868419, 0.858024401107, 0.0178490311487), (-0.0050666977178, -0.0177678572446, 0.999829301343)-1.32961186264, -5.99151555811, -61.8247311221
7given(0.308778590368, 0.656239002022, -0.688481048653), (0.684596089876, -0.655850751924, -0.318100589323), (-0.660290826725, -0.373108782295, -0.651771325479)72.3152891775, -51.3097827141, 90.332284136
8given(-0.0811587422072, 0.903474589162, -0.420888257501), (0.741951364753, -0.227204048636, -0.630782444766), (-0.665523426263, -0.363472126885, -0.651894609637)86.3473118158, -11.2324945497, 29.7277659369
9given(-0.971237566908, -0.216125149107, -0.0999375232286), (0.211628115462, -0.975872380209, 0.0537274444886), (-0.109138120617, 0.0310325227565, 0.993542074177)9.08738161084, -37.0029018801, 33.0142600525
10given(-0.379686601235, -0.47345981334, 0.79477914542), (-0.641802735092, 0.753552543786, 0.142294810104), (-0.66627872101, -0.456063996503, -0.58998160736)-59.1723573844, 31.8625353096, 114.015535056

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 12分子 BACDEIFGKLHJ

#1: タンパク質
Papain-like protease nsp3 / Non-structural protein 3 / nsp3 / PL2-PRO / Papain-like proteinase / PL-PRO


分子量: 36082.957 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
詳細 (発現宿主): pET-24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3)
参照: UniProt: P0DTC1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: タンパク質
Ubiquitin variant UbV.CV2.1 / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 11702.310 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA52, UBCEP2 / プラスミド: pET-53-DEST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P62987

-
非ポリマー , 4種, 13分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.29 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 14.86 mg/ml SARS-CoV2C111S/UbV.CV2.1, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium bromide, 0.1 M BIS-TRIS propane (pH 6.3), 50 mM lithium chloride. Cryoprotected in the same buffer plus 30% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年8月20日 / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.74 Å / Num. obs: 23394 / % possible obs: 81.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 61.47 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.122 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3.5→3.71 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 2882 / CC1/2: 0.8 / Rpim(I) all: 0.375 / Rrim(I) all: 0.532 / Χ2: 0.73 / % possible all: 63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7CJM for the COVID19 PLPro, SWISS-MODEL model for the Ubv

7cjm


解像度: 3.5→47.79 Å / SU ML: 0.4877 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.6346
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2697 1998 8.56 %
Rwork0.2249 21342 -
obs0.2286 23340 81.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→47.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13976 0 13 0 13989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005214239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.954219374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05382277
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01142481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.5811982
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.873428422098
ens_1d_3BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.998656084464
ens_1d_4BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.963958943993
ens_2d_2EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.892410658603
ens_2d_3EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.5567232883
ens_2d_4EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.991990550596
ens_2d_5EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.74747181453
ens_2d_6EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.55691839021
ens_2d_7EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.19189315152
ens_2d_8EX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.62463531102
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.590.37191070.28781141X-RAY DIFFRACTION60.97
3.59-3.680.28931100.26411182X-RAY DIFFRACTION62.99
3.68-3.790.27351120.25341189X-RAY DIFFRACTION64.53
3.79-3.910.32451140.26891210X-RAY DIFFRACTION64.97
3.92-4.060.28871200.24581302X-RAY DIFFRACTION69.95
4.06-4.220.34351310.22551394X-RAY DIFFRACTION74.5
4.22-4.410.2671420.2181511X-RAY DIFFRACTION82.2
4.41-4.640.251550.2031659X-RAY DIFFRACTION88.57
4.64-4.930.22521630.21091746X-RAY DIFFRACTION92.76
4.93-5.310.27911670.221777X-RAY DIFFRACTION95.43
5.31-5.850.27081670.24211787X-RAY DIFFRACTION96.11
5.85-6.690.30431700.24191821X-RAY DIFFRACTION96.6
6.69-8.420.26411680.22491790X-RAY DIFFRACTION96.12
8.42-47.790.21491720.18341833X-RAY DIFFRACTION95.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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