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- PDB-8cx8: Stx2A1-BTB13086 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cx8
タイトルStx2A1-BTB13086
要素rRNA N-glycosylase
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / toxin activity / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Shiga-like toxin, subunit A / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / rRNA N-glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.905 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Li, X.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI141635-01A1 米国
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2024
タイトル: Fragment Screening to Identify Inhibitors Targeting Ribosome Binding of Shiga Toxin 2.
著者: Rudolph, M.J. / Tsymbal, A.M. / Dutta, A. / Davis, S.A. / Algava, B. / Roberge, J.Y. / Tumer, N.E. / Li, X.P.
履歴
登録2022年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: rRNA N-glycosylase
B: rRNA N-glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,77022
ポリマ－56,1752
非ポリマー1,59520
水4,035224
1
A: rRNA N-glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,06012
ポリマ－28,0881
非ポリマー97311
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: rRNA N-glycosylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,71010
ポリマ－28,0881
非ポリマー6229
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.633, 78.622, 87.337
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...
21(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGARGARG(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...AA1 - 212 - 22
12GLUGLUTHRTHR(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...AA23 - 3624 - 37
13VALVALPHEPHE(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...AA38 - 6439 - 65
14HISHISILEILE(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...AA66 - 9867 - 99
15VALVALGLNGLN(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...AA100 - 175101 - 176
16GLUGLUGLYGLY(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...AA177 - 214178 - 215
17VALVALILEILE(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...AA218 - 223219 - 224
18PHEPHECYSCYS(chain A and (resid 1 through 21 or resid 23...AA225 - 241226 - 242
21ARGARGARGARG(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...BB1 - 212 - 22
22GLUGLUTHRTHR(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...BB23 - 3624 - 37
23VALVALVALVAL(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...BB38 - 5939 - 60
24ALAALAPHEPHE(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...BB62 - 6463 - 65
25METMETMETMET(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...BB01
26VALVALGLNGLN(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...BB100 - 175101 - 176
27GLUGLUILEILE(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...BB177 - 223178 - 224
28PHEPHECYSCYS(chain B and (resid 1 through 21 or resid 23...BB225 - 241226 - 242

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 rRNA N-glycosylase


分子量: 28087.582 Da / 分子数: 2
断片: Ribosomal inactivating protein catalytic subunit, residues 23-272
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5WPX7, rRNA N-glycosylase

-
非ポリマー , 5種, 244分子

#2: 化合物 ChemComp-P1U / 5-(4-chlorophenyl)furan-2-carboxylic acid


分子量: 222.624 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H7ClO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES pH 6.5 and magnesium sulfate 1.6 M

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 38250 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 1.236 / Net I/σ(I): 6.4 / Num. measured all: 193882
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.9-1.934.21.25118440.2860.6761.4290.44296.6
1.93-1.974.81.22518590.5390.6121.3740.44298.8
1.97-2.014.81.03918890.7390.5151.1640.48398.2
2.01-2.0550.8419020.8140.4070.9360.51997.9
2.05-2.0950.73718570.8370.3560.8210.55598.4
2.09-2.144.90.618920.8390.2960.6720.60798.5
2.14-2.1950.50818900.9230.2490.5680.66698.6
2.19-2.2550.42218920.9530.2070.4720.73898.6
2.25-2.3250.35218820.9650.1720.3930.77598.7
2.32-2.3950.31219140.9570.1530.3490.90698.7
2.39-2.484.90.26519000.9690.1320.2970.93799.2
2.48-2.584.80.22819230.9740.1150.2561.12299.3
2.58-2.74.40.18618610.9680.0970.2111.35997.2
2.7-2.845.30.16719320.9850.080.1861.44199
2.84-3.025.90.13619280.990.0620.151.799.8
3.02-3.255.80.11119510.9920.0520.1232.01999.5
3.25-3.585.50.08719370.9920.0420.0972.23799.4
3.58-4.095.20.06719540.9940.0340.0762.41698.8
4.09-5.164.70.05519400.9960.0280.0622.42796.9
5.16-505.90.04721030.9970.0210.0521.90699.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6X6H

6x6h


解像度: 1.905→45.279 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 1950 5.11 %
Rwork0.1775 36216 -
obs0.1789 38166 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.35 Å2 / Biso mean: 39.5124 Å2 / Biso min: 17.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.905→45.279 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3747 0 83 224 4054
Biso mean--64.3 45.63 -
残基数----477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7475336
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052623
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.222308
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2142X-RAY DIFFRACTION5.404TORSIONAL
12B2142X-RAY DIFFRACTION5.404TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.905-1.95220.32911160.2821204278
1.9522-2.0050.261340.2399255998
2.005-2.0640.28281310.2122260498
2.064-2.13060.24271280.1985260698
2.1306-2.20680.221230.1894258198
2.2068-2.29510.23131350.182261099
2.2951-2.39960.21551250.1776262398
2.3996-2.52610.2131560.1823258399
2.5261-2.68430.20631400.1804262499
2.6843-2.89160.21571490.1771261398
2.8916-3.18250.19881480.17312652100
3.1825-3.64280.19911510.1639267199
3.6428-4.58890.13911430.1489267498
4.5889-45.2790.22251710.1832277498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.4446-4.6293-3.0338.20943.33196.83270.0852-0.0868-0.8656-0.18910.16480.52660.2142-0.0541-0.19240.2534-0.0803-0.05510.33730.0850.365731.1472-17.5241-6.0253
26.3071.98973.88524.44692.06825.9141-0.0993-0.57060.42350.3016-0.11230.4172-0.3666-0.17970.23730.24630.03010.09450.2606-0.0490.30310.7562-1.3065-12.0188
32.31390.21940.31584.23151.24612.678-0.0673-0.1819-0.30530.1759-0.02720.32720.0822-0.14460.04670.1594-0.00060.06290.17740.02090.32053.7185-16.5383-15.8126
43.8423-1.31581.17034.3045-1.14121.82990.0830.303-0.332-0.1105-0.11910.10070.11630.08710.03430.15850.00150.02830.191-0.05750.238710.8925-17.9141-25.2681
53.95040.83331.5292.87190.04654.3116-0.16850.02950.55710.0474-0.00040.0123-0.37870.30090.20560.2472-0.0089-0.00580.19360.00990.336912.23562.5797-19.5469
63.84382.2237-3.07418.0001-2.81967.0524-0.204-0.39380.40210.740.1659-0.5774-0.75630.26040.1010.2906-0.013-0.05150.1809-0.08280.370512.74383.6667-10.0431
77.75153.4819-3.02926.8162-2.36683.31470.1441-0.6029-0.41410.6024-0.232-0.60810.00980.0710.10460.2521-0.0509-0.09530.31460.05120.231245.1365-6.8358-3.5983
85.8844-0.366-1.53995.12370.46333.69870.3225-0.524-0.49750.6677-0.24650.24930.1312-0.0259-0.06180.2944-0.0655-0.1030.35840.05930.186435.6303-7.0515-0.8183
92.4768-3.9146-0.94156.37272.10562.48530.2086-0.17890.2734-0.0444-0.2534-1.40070.08440.29660.04820.2313-0.03470.00560.41870.09360.490357.98790.9261-13.7452
102.1043.0497-2.70818.1286-1.62225.3120.06280.04440.28980.0950.0880.23910.025-0.1548-0.14250.2128-0.0438-0.01220.25420.04960.269437.59584.235-9.278
115.1274-0.0673-0.71512.9590.21381.5451-0.11960.76360.3856-0.38040.07850.0779-0.1269-0.08680.01610.2592-0.0841-0.01550.37060.08290.252939.46275.5602-19.1984
129.20321.8532-2.59072.19430.22485.1182-0.25770.462-1.3348-0.06760.0825-0.61640.5229-0.00940.15360.3096-0.05490.03790.2707-0.07850.501343.7754-12.7318-15.7241
135.90881.07722.37476.89971.14216.336-0.04910.5459-0.6817-0.04940.2060.14730.0017-0.5458-0.04870.1799-0.072-0.03850.2893-0.02050.372726.9023-13.2195-12.0326
143.6925-0.2658-3.26874.6819-0.38983.0972-0.0534-1.2004-0.84510.4942-0.443-0.05730.73060.75990.56530.368-0.0246-0.03530.50010.11390.422225.2439-21.6264-10.8272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 226 through 241 )B226 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1 through 38 )A1 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 39 through 91 )A39 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 164 )A92 - 164
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 165 through 227 )A165 - 227
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 228 through 242 )A228 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 27 )B1 - 27
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 28 through 55 )B28 - 55
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 56 through 66 )B56 - 66
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 67 through 83 )B67 - 83
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 84 through 164 )B84 - 164
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 165 through 192 )B165 - 192
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 193 through 211 )B193 - 211
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 212 through 225 )B212 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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