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- PDB-8cwj: Fab arms of antibodies 4C12-B12 and CR3022 bound to pangolin rece... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cwj
タイトルFab arms of antibodies 4C12-B12 and CR3022 bound to pangolin receptor binding domain (pRBD)
要素
  • (Heavy chain of ...) x 2
  • (Light chain of ...) x 2
  • Spike glycoprotein
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / pangolin / receptor binding domain / class 5 epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pangolin coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.449 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Neutralization of CoV-2 omicron lineages by affinity-matured class 5 antibodies
著者: Langley, D.B. / Christ, D.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Heavy chain of CR3022 antibody Fab
L: Light chain of CR3022 antibody Fab
G: Spike glycoprotein
A: Heavy chain of CR3022 antibody Fab
B: Light chain of CR3022 antibody Fab
I: Spike glycoprotein
J: Heavy chain of 4C12-B12 antibody Fab
K: Light chain of 4C12-B12 antibody Fab
U: Heavy chain of 4C12-B12 antibody Fab
V: Light chain of 4C12-B12 antibody Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,84939
ポリマ－239,18010
非ポリマー3,66929
水6,539363
1
H: Heavy chain of CR3022 antibody Fab
L: Light chain of CR3022 antibody Fab
G: Spike glycoprotein
J: Heavy chain of 4C12-B12 antibody Fab
K: Light chain of 4C12-B12 antibody Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,11218
ポリマ－119,5905
非ポリマー1,52213
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heavy chain of CR3022 antibody Fab
B: Light chain of CR3022 antibody Fab
I: Spike glycoprotein
U: Heavy chain of 4C12-B12 antibody Fab
V: Light chain of 4C12-B12 antibody Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,73721
ポリマ－119,5905
非ポリマー2,14716
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)157.433, 144.097, 168.842
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.510, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 GI

#3: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 22891.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pangolin coronavirus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A7D6TQ96

-
抗体 , 4種, 8分子 HALBJUKV

#1: 抗体 Heavy chain of CR3022 antibody Fab


分子量: 24428.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Light chain of CR3022 antibody Fab


分子量: 24289.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 Heavy chain of 4C12-B12 antibody Fab


分子量: 24514.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: 抗体 Light chain of 4C12-B12 antibody Fab


分子量: 23466.057 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 2種, 4分子

#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 388分子

#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.32 % / 解説: tiles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Equal volumes of protein complex (1:1:1 molar ratio, at ~ 5 mg/mL, in 25 mM Tris (pH 8.0), 200 mM NaCl) were combined with well solution (200 mM sodium citrate (pH 5.6), 12% (w/v) PEG6000).

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.449→48.69 Å / Num. obs: 122620 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 55.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.497.21.1514403860800.7730.4571.2391.4100
13.41-48.696.80.04151707650.9980.0170.04442.797.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.45 Å48.69 Å
Translation2.45 Å48.69 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: generic RBD and Fab

解像度: 2.449→48.69 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2301 6036 4.92 %
Rwork0.1962 116534 -
obs0.1979 122570 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.95 Å2 / Biso mean: 70.3295 Å2 / Biso min: 28.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.449→48.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16063 0 228 363 16654
Biso mean--111.79 56.29 -
残基数----2121
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00216863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6423023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0462582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6119982
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.449-2.47680.34981720.33273921
2.4768-2.5060.40591890.31593831
2.506-2.53650.37881970.3183912
2.5365-2.56860.34322080.29333846
2.5686-2.60240.31942020.28453895
2.6024-2.63810.31942100.27043827
2.6381-2.67580.30361960.25913902
2.6758-2.71570.32122030.25733885
2.7157-2.75810.31042180.25893805
2.7581-2.80340.30832070.25313888
2.8034-2.85170.28161920.24763845
2.8517-2.90350.26912090.24643884
2.9035-2.95940.26442280.23943885
2.9594-3.01980.29642150.24693856
3.0198-3.08540.30122000.25573862
3.0854-3.15720.2671720.23223897
3.1572-3.23610.26591670.23433924
3.2361-3.32360.30872050.23043906
3.3236-3.42140.23171810.21363892
3.4214-3.53180.24062070.20583882
3.5318-3.6580.23431960.19463856
3.658-3.80440.22622160.19793884
3.8044-3.97740.22671900.18663908
3.9774-4.1870.1951990.16783880
4.187-4.44920.17711970.14423913
4.4492-4.79250.17371960.14253885
4.7925-5.27420.17442080.14273897
5.2742-6.03620.20481850.16153941
6.0362-7.60030.21872300.17343900
7.6003-48.690.17692410.17213925
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 41.9371 Å / Origin y: 2.277 Å / Origin z: 39.4967 Å
111213212223313233
T0.3887 Å20.0326 Å20.0076 Å2-0.3814 Å2-0.0165 Å2--0.2807 Å2
L0.4456 °2-0.1669 °20.1127 °2-0.4154 °20.0099 °2--0.5095 °2
S0.0218 Å °0.066 Å °-0.0484 Å °-0.0488 Å °-0.0064 Å °0.0127 Å °-0.079 Å °0.075 Å °-0.013 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 220
2X-RAY DIFFRACTION1allH301
3X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 220
4X-RAY DIFFRACTION1allG333 - 529
5X-RAY DIFFRACTION1allG530 - 533
6X-RAY DIFFRACTION1allG536
7X-RAY DIFFRACTION1allG537 - 539
8X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 222
9X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 218
10X-RAY DIFFRACTION1allI333 - 529
11X-RAY DIFFRACTION1allI531
12X-RAY DIFFRACTION1allI532
13X-RAY DIFFRACTION1allI533 - 538
14X-RAY DIFFRACTION1allI539 - 541
15X-RAY DIFFRACTION1allI542
16X-RAY DIFFRACTION1allJ1 - 219
17X-RAY DIFFRACTION1allJ301
18X-RAY DIFFRACTION1allJ302
19X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 214
20X-RAY DIFFRACTION1allK300
21X-RAY DIFFRACTION1allU1 - 219
22X-RAY DIFFRACTION1allU301
23X-RAY DIFFRACTION1allV1 - 300
24X-RAY DIFFRACTION1allS2 - 422
25X-RAY DIFFRACTION1allC1
26X-RAY DIFFRACTION1allC2
27X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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