+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cwh | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 200us Temperature-Jump (Dark2) XFEL structure of Lysozyme Bound to N,N'-diacetylchitobiose | |||||||||
![]() | Lysozyme C | |||||||||
![]() | HYDROLASE / temperature-jump / 200us / dark2 / xfel / inhibitor | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wolff, A.M. / Thompson, M.C. / Fraser, J.S. / Nango, E. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mapping protein dynamics at high spatial resolution with temperature-jump X-ray crystallography. 著者: Wolff, A.M. / Nango, E. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Kubo, M. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Owada, S. / Barad, B.A. / Ito, K. / Bhowmick, A. / Carbajo, S. / Hino, T. / Holton, J.M. / Im, ...著者: Wolff, A.M. / Nango, E. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Kubo, M. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Owada, S. / Barad, B.A. / Ito, K. / Bhowmick, A. / Carbajo, S. / Hino, T. / Holton, J.M. / Im, D. / O'Riordan, L.J. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Sierra, R.G. / Yumoto, F. / Tono, K. / Iwata, S. / Sauter, N.K. / Fraser, J.S. / Thompson, M.C. #1: ![]() タイトル: Mapping Protein Dynamics at High-Resolution with Temperature-Jump X-ray Crystallography 著者: Wolff, A.M. / Nango, E. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Kubo, M. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Owada, S. / Barad, B.A. / Ito, K. / Bhowmick, A. / Carbajo, S. / Hino, T. / Holton, J.M. / Im, ...著者: Wolff, A.M. / Nango, E. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Kubo, M. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Owada, S. / Barad, B.A. / Ito, K. / Bhowmick, A. / Carbajo, S. / Hino, T. / Holton, J.M. / Im, D. / O'Riordan, L.J. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Sierra, R.G. / Yumoto, F. / Tono, K. / Iwata, S. / Sauter, N.K. / Fraser, J.S. / Thompson, M.C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 111 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8cvuC ![]() 8cvvC ![]() 8cvwC ![]() 8cw0C ![]() 8cw1C ![]() 8cw3C ![]() 8cw5C ![]() 8cw6C ![]() 8cw7C ![]() 8cw8C ![]() 8cwbC ![]() 8cwcC ![]() 8cwdC ![]() 8cweC ![]() 8cwfC ![]() 8cwgC ![]() 1ieeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: lyzozyme / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 3 詳細: Lysozyme-inhibitor complex [20 mg/ml lysozyme plus 10 mg/ml N,N'-diacetylchitobiose dissolved in 0.1 M sodium acetate at pH 3.0] mixed with precipitant [28% (w/v) NaCl, 8% (w/v) PEG6000 and 0. ...詳細: Lysozyme-inhibitor complex [20 mg/ml lysozyme plus 10 mg/ml N,N'-diacetylchitobiose dissolved in 0.1 M sodium acetate at pH 3.0] mixed with precipitant [28% (w/v) NaCl, 8% (w/v) PEG6000 and 0.1 M sodium acetate at pH 3.0] in a 1:1 ratio |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: Y |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.24 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30.74 Å / Num. obs: 2895230 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 156.51 % / Biso Wilson estimate: 16.12 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.342 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 33351 / CC1/2: 0.86 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1iee 解像度: 1.5→30.74 Å / SU ML: 0.1167 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.3667 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30.74 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|