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- PDB-8cwe: 20ns Temperature-Jump (Dark2) XFEL structure of Lysozyme Bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cwe
タイトル20ns Temperature-Jump (Dark2) XFEL structure of Lysozyme Bound to N,N'-diacetylchitobiose
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / lysozyme / temperature-jump / 20ns / dark2 / xfel / inhibitor / diacetylchitobiose
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Wolff, A.M. / Thompson, M.C. / Fraser, J.S. / Nango, E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1231306 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
引用
ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2023
タイトル: Mapping protein dynamics at high spatial resolution with temperature-jump X-ray crystallography.
著者: Wolff, A.M. / Nango, E. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Kubo, M. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Owada, S. / Barad, B.A. / Ito, K. / Bhowmick, A. / Carbajo, S. / Hino, T. / Holton, J.M. / Im, ...著者: Wolff, A.M. / Nango, E. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Kubo, M. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Owada, S. / Barad, B.A. / Ito, K. / Bhowmick, A. / Carbajo, S. / Hino, T. / Holton, J.M. / Im, D. / O'Riordan, L.J. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Sierra, R.G. / Yumoto, F. / Tono, K. / Iwata, S. / Sauter, N.K. / Fraser, J.S. / Thompson, M.C.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Mapping Protein Dynamics at High-Resolution with Temperature-Jump X-ray Crystallography
著者: Wolff, A.M. / Nango, E. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Kubo, M. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Owada, S. / Barad, B.A. / Ito, K. / Bhowmick, A. / Carbajo, S. / Hino, T. / Holton, J.M. / Im, ...著者: Wolff, A.M. / Nango, E. / Young, I.D. / Brewster, A.S. / Kubo, M. / Nomura, T. / Sugahara, M. / Owada, S. / Barad, B.A. / Ito, K. / Bhowmick, A. / Carbajo, S. / Hino, T. / Holton, J.M. / Im, D. / O'Riordan, L.J. / Tanaka, T. / Tanaka, R. / Sierra, R.G. / Yumoto, F. / Tono, K. / Iwata, S. / Sauter, N.K. / Fraser, J.S. / Thompson, M.C.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年1月25日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_ISSN / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _struct_asym.entity_id
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_related_exp_data_set
改定 2.22023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 2.32023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.42023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9799
ポリマ－14,3311
非ポリマー6488
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.061, 77.061, 37.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

21A-350-

HOH

31A-370-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 断片: lyzozyme / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAca1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 3
詳細: Lysozyme-inhibitor complex [20 mg/ml lysozyme plus 10 mg/ml N,N'-diacetylchitobiose dissolved in 0.1 M sodium acetate at pH 3.0] mixed with precipitant [28% (w/v) NaCl, 8% (w/v) PEG6000 and 0. ...詳細: Lysozyme-inhibitor complex [20 mg/ml lysozyme plus 10 mg/ml N,N'-diacetylchitobiose dissolved in 0.1 M sodium acetate at pH 3.0] mixed with precipitant [28% (w/v) NaCl, 8% (w/v) PEG6000 and 0.1 M sodium acetate at pH 3.0] in a 1:1 ratio

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.2468 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2468 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→30.74 Å / Num. obs: 3127348 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 162.5 % / Biso Wilson estimate: 15.32 Å2 / CC1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 11.287
反射 シェル解像度: 1.48→1.51 Å / Num. unique obs: 31601 / CC1/2: 0.823
Serial crystallography sample delivery手法: injection

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
cctbx.xfelデータ削減
cxi.mergeデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1iee

1iee


解像度: 1.48→30.74 Å / SU ML: 0.1015 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.3835
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1624 984 5.11 %
Rwork0.1291 18261 -
obs0.1308 19245 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→30.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 36 95 1132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26451473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0114191
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5397390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.48-1.560.19821410.1082556X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.660.14471280.09362548X-RAY DIFFRACTION100
1.66-1.780.1591390.10262594X-RAY DIFFRACTION100
1.78-1.960.13531490.09732557X-RAY DIFFRACTION100
1.96-2.250.14231530.10332569X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.830.1651290.13272657X-RAY DIFFRACTION100
2.83-30.740.17671450.15742780X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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