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万見
- PDB-8cw9: Prefusion-stabilized hMPV fusion protein bound to ADI-61026 and M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cw9
タイトルPrefusion-stabilized hMPV fusion protein bound to ADI-61026 and MPE8 Fabs
要素
  • ADI-61026 heavy
  • ADI-61026 light
  • Fusion glycoprotein F0
  • MPE8 heavy chain
  • MPE8 light chain
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System / Site 0 neutralizing antibody / Prefusion-stabilized hMPV F protein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fusion glycoprotein F0
類似検索 - 構成要素
生物種Human metapneumovirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Hsieh, C.-L. / McLellan, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Potently neutralizing and protective anti-human metapneumovirus antibodies target diverse sites on the fusion glycoprotein.
著者: C Garrett Rappazzo / Ching-Lin Hsieh / Scott A Rush / Emma S Esterman / Teresa Delgado / James C Geoghegan / Anna Z Wec / Mrunal Sakharkar / Vicente Más / Jason S McLellan / Laura M Walker /
要旨: Human metapneumovirus (hMPV) is a leading cause of acute lower respiratory tract infections in high-risk populations, yet there are no vaccines or anti-viral therapies approved for the prevention or ...Human metapneumovirus (hMPV) is a leading cause of acute lower respiratory tract infections in high-risk populations, yet there are no vaccines or anti-viral therapies approved for the prevention or treatment of hMPV-associated disease. Here, we used a high-throughput single-cell technology to interrogate memory B cell responses to the hMPV fusion (F) glycoprotein in young adult and elderly donors. Across all donors, the neutralizing antibody response was primarily directed to epitopes expressed on both pre- and post-fusion F conformations. However, we identified rare, highly potent broadly neutralizing antibodies that recognize pre-fusion-specific epitopes and structurally characterized an antibody that targets a site of vulnerability at the pre-fusion F trimer apex. Additionally, monotherapy with neutralizing antibodies targeting three distinct antigenic sites provided robust protection against lower respiratory tract infection in a small animal model. This study provides promising monoclonal antibody candidates for passive immunoprophylaxis and informs the rational design of hMPV vaccine immunogens.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02022年8月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年8月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
B: MPE8 light chain
C: ADI-61026 heavy
D: ADI-61026 light
E: Fusion glycoprotein F0
F: Fusion glycoprotein F0
G: MPE8 heavy chain
H: ADI-61026 heavy
I: ADI-61026 heavy
J: MPE8 heavy chain
K: ADI-61026 light
L: ADI-61026 light
M: MPE8 light chain
N: MPE8 heavy chain
O: MPE8 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,47918
ポリマ－540,81515
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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抗体 , 4種, 12分子 BMOCHIDKLGJN

#2: 抗体 MPE8 light chain


分子量: 22772.092 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 ADI-61026 heavy


分子量: 24699.928 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 ADI-61026 light


分子量: 22912.414 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 MPE8 heavy chain


分子量: 49433.516 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 AEF

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0 / Fusion glycoprotein F1 / Fusion glycoprotein F2


分子量: 60453.852 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human metapneumovirus (ウイルス) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: H6X1Z0
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: hMPV fusion protein bound to ADI-61026 and MPE8 Fabs
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
詳細: 2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3, 0.075% amphipol
試料濃度: 0.36 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: 0.36 mg/mL hMPV F (2 mM Tris pH 8.0, 200 mM NaCl, 0.02% NaN3, 0.075% amphipol) and 2-folds molar excess MPE8 and 1.5- folds molar excess ADI-61026
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 70 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
8PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 113336 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.656
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.6687437
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0463237
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.013573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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