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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cue | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of the T-pilus from Agrobacterium tumefaciens | ||||||
要素 | Protein virB2 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / conjugation / VirB2 / type IV secretion system / pili | ||||||
機能・相同性 | Conjugal transfer TrbC/type IV secretion VirB2 / TrbC/VIRB2 pilin / type IV secretion system complex / protein secretion by the type IV secretion system / cell outer membrane / Chem-CPL / Protein virB2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Agrobacterium fabrum (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bui, K.H. / Black, C.S. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the Agrobacterium tumefaciens T-pilus reveals the importance of positive charges in the lumen. 著者: Jaafar Amro / Corbin Black / Zakaria Jemouai / Nathan Rooney / Caroline Daneault / Natalie Zeytuni / Matthieu Ruiz / Khanh Huy Bui / Christian Baron / 要旨: Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a ...Agrobacterium tumefaciens is a natural genetic engineer that transfers DNA into plants, which is the most applied process for generation of genetically modified plants. DNA transfer is mediated by a type IV secretion system in the cell envelope and extracellular T-pili. We here report the cryo-electron microscopic structures of the T-pilus at 3.2-Å resolution and of the plasmid pKM101-determined N-pilus at 3-Å resolution. Both pili contain a main pilus protein (VirB2 in A. tumefaciens, TraM in pKM101) and phospholipids arranged in a five-start helical assembly. They contain positively charged amino acids in the lumen, and the lipids are positively charged in the T-pilus (phosphatidylcholine) conferring overall positive charge. Mutagenesis of the lumen-exposed Arg91 in VirB2 results in protein destabilization and loss of pilus formation. Our results reveal that different phospholipids can be incorporated into type IV secretion pili and that the charge of the lumen may be of functional importance. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cue.cif.gz | 807.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cue.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8cue.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cue_validation.pdf.gz | 5.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cue_full_validation.pdf.gz | 5.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cue_validation.xml.gz | 116.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cue_validation.cif.gz | 166.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/8cue ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cu/8cue | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 26999MC 8cw4C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12326.439 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (バクテリア) 参照: UniProt: P17792 #2: 化合物 | ChemComp-CPL / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: T-pilus of the type IV secretion system of Agrobacterium tumefaciens. タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 24.7 kDa/nm / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: 3 uL of the sample was repeatedly applied and manually blotted three times using the multiple blotting technique prior to the Vitrobot step to increase the concentration of pili. |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.3/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 615500 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |