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- PDB-8ctx: Crystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K) -K+,Tl+ complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ctx
タイトルCrystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K) -K+,Tl+ complex
要素Potassium channel protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Potassium ion channel / thallium ion / Tl+
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / THALLIUM (I) ION / Potassium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus m1550 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM12345 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM141697 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM118217 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)DP2OD028805 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Kinship FoundationSSP-2018-3240 米国
New York Community Trust338034 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct visualization of electric field-stimulated ion conduction in a potassium channel
著者: Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D.
履歴
登録2022年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,60715
ポリマ－21,2812
非ポリマー2,32613
水19811
1
A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,78036
ポリマ－42,5624
非ポリマー5,21832
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area10720 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area16190 Å2
手法PISA
2
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,65024
ポリマ－42,5624
非ポリマー4,08820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area8630 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area17430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.461, 68.461, 90.389
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

TL

21A-202-

TL

31A-203-

TL

41A-204-

TL

51A-207-

K

61A-208-

K

71B-201-

TL

81B-202-

TL

91B-203-

TL

101B-204-

TL

-
要素

#1: タンパク質 Potassium channel protein


分子量: 10640.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus m1550 (バクテリア)
遺伝子: bcere0011_5790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: C2R3K4
#2: 化合物
ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION


分子量: 204.383 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NaK2K protein was mixed with 50mM MES pH 6.5/100mM potassium citrate/200mM TlNO3/56%-68% MPD while 50mM MES pH 6.5/100mM potassium citrate/200mM KNO3/56%-68% MPD was used for the reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97864 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. obs: 27873 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 43.32 Å2 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 20.292
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.821 / Num. unique obs: 1375 / CC1/2: 0.598 / Rsym value: 1.327 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OUF

3ouf


解像度: 1.99→34.23 Å / SU ML: 0.2491 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 33.1898
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 2783 9.99 %
Rwork0.2143 25067 -
obs0.2181 27850 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→34.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1464 0 13 11 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711760
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84422422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478303
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9121603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.030.38111330.31611212X-RAY DIFFRACTION95.53
2.03-2.060.35071250.28681298X-RAY DIFFRACTION99.51
2.06-2.10.30471500.26671199X-RAY DIFFRACTION99.93
2.1-2.150.30421500.24761275X-RAY DIFFRACTION99.65
2.15-2.190.30731430.241200X-RAY DIFFRACTION96.9
2.19-2.240.25311400.22851241X-RAY DIFFRACTION100
2.25-2.30.27881350.20161306X-RAY DIFFRACTION100
2.3-2.360.27941420.20261253X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.430.27051430.21711246X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.510.28881240.18671268X-RAY DIFFRACTION99.93
2.51-2.60.2211370.161241X-RAY DIFFRACTION99.78
2.6-2.710.21771520.17191233X-RAY DIFFRACTION99.93
2.71-2.830.25141290.2161279X-RAY DIFFRACTION98.32
2.83-2.980.24571280.23541264X-RAY DIFFRACTION99.57
2.98-3.160.26461490.22691267X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.410.23961320.21191245X-RAY DIFFRACTION100
3.41-3.750.24621420.24081257X-RAY DIFFRACTION99.86
3.75-4.290.21751360.20181256X-RAY DIFFRACTION99.5
4.3-5.390.24911440.18981271X-RAY DIFFRACTION99.93
5.41-34.230.26431490.22541256X-RAY DIFFRACTION99.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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