PDB-8ctt: Crystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K) at 100K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ctt

タイトル

Crystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K) at 100K

要素

Potassium channel protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Potassium ion channel / anomalous

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus m1550 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D.

資金援助

米国, 9件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	RO1GM12345	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	RO1GM141697	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM118217	米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)	DP2OD028805	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-06CH11357	米国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-AC02-76SF00515	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM103393	米国
Kinship Foundation	SSP-2018-3240	米国
New York Community Trust	338034	米国

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct visualization of electric field-stimulated ion conduction in a potassium channel
著者: Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D.

履歴

登録	2022年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ctt.cif.gz	172.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ctt.ent.gz	119.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ctt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ctt_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ctt_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	8ctt_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	8ctt_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ctt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ctt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ctnC 8ctsC 8ctuC 8ctvC 8ctwC 8ctxC 8cu1C 8cu2C 8cu3C 8cu4C 3oufS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (3) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Potassium channel protein

B: Potassium channel protein

ヘテロ分子

22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Potassium channel protein

ヘテロ分子

A: Potassium channel protein

ヘテロ分子

A: Potassium channel protein

ヘテロ分子

A: Potassium channel protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, MacKinnon, R. Determination of the subunit stoichiometry of a voltage activated potassium channel. Nature 350, 1991.
45.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Potassium channel protein

ヘテロ分子

B: Potassium channel protein

ヘテロ分子

B: Potassium channel protein

ヘテロ分子

B: Potassium channel protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.765, 67.765, 88.385
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4
Space group name Hall	I4
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z #3: y,-x,z #4: -x,-y,z #5: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2 #7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-205- K
2	1	A-206- K
3	1	A-207- K
4	1	A-208- K
5	1	B-208- K
6	1	B-209- K
7	1	B-210- K
8	1	B-211- K
9	1	A-328- HOH
10	1	B-320- HOH

#1: タンパク質	Potassium channel protein 分子量: 10640.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus cereus m1550 (バクテリア) 遺伝子: bcere0011_5790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: C2R3K4
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM KCl, 200mM potassium citrate tribasic monohydrate, 100mM MES (pH 6.0 or 6.5), 56%-68% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.45865 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.45865 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 21211 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 43.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 111
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 32.4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.706 / Num. unique obs: 630 / CC_1/2: 0.981

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OUF

3ouf

解像度: 2.05→33.88 Å / SU ML: 0.1792 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 20.047
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.189	1717	8.1 %
R_work	0.1621	19490	-
obs	0.1642	21207	86.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→33.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1467	0	97	49	1613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	1918
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	2638
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	319
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	313
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.1591	663

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.11	0.2017	77	0.1883	894	X-RAY DIFFRACTION	47.34
2.12-2.18	0.2195	88	0.1665	1151	X-RAY DIFFRACTION	59.34
2.18-2.26	0.1703	132	0.1391	1288	X-RAY DIFFRACTION	70.89
2.26-2.35	0.1569	120	0.1605	1512	X-RAY DIFFRACTION	80.51
2.35-2.46	0.2376	153	0.1619	1638	X-RAY DIFFRACTION	87.2
2.46-2.59	0.1594	158	0.1485	1793	X-RAY DIFFRACTION	94.94
2.59-2.75	0.1667	142	0.1556	1850	X-RAY DIFFRACTION	98.61
2.75-2.96	0.1928	178	0.1654	1892	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.96-3.26	0.2002	190	0.1572	1847	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-3.73	0.1992	159	0.1569	1864	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.73-4.7	0.1661	146	0.1386	1904	X-RAY DIFFRACTION	99.81
4.7-33.88	0.2066	174	0.2012	1857	X-RAY DIFFRACTION	98.78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.56462850998	0.292433789872	-0.9037895232	2.81308776356	0.652405470441	1.93145479974	0.0742980545814	-0.420722657082	-0.34037147459	0.464353914403	-0.162180705535	0.0201141372837	0.571279008208	0.111733210813	0.086304803817	0.289977574105	-0.0525781596773	0.0705112448527	0.118476606422	0.0193562362472	0.24333796468	-2.899	-18.267	21.861
2	3.88360869289	-0.596422586822	1.08386179807	2.89581414986	0.00890093400005	2.81162303536	-0.124388025487	-0.744067774125	0.024641000848	0.488238480207	-0.0897472558996	0.123579244674	0.276084419824	-0.269732807914	0.211819959203	0.214488273734	-0.0289564539073	0.0797704399688	0.202924987277	0.0031008347845	0.17887918144	-5.665	-10.217	26.18
3	3.79731205911	0.557926465935	-2.73720789961	4.76650391481	0.785955324816	2.27437637916	-0.335878026324	-0.743552071731	0.202691888263	-0.082004837941	0.260261006537	-0.151113408339	-0.421561645205	0.0978301018122	0.075757741132	0.578567337632	0.0719163759177	-0.0604833927955	0.45619321407	0.0775814623531	0.266919652323	18.921	-11.339	38.982
4	3.00677223293	0.0675864990498	0.0878436364825	3.51795669405	-0.251478147059	2.27950120789	0.103700313391	-0.345270134312	-0.194245967791	0.23965535195	0.0612813462383	0.319226397776	0.260263474524	-0.34718270257	-0.165310698953	0.168492427181	-0.0549485700713	0.0639792433729	0.170746324072	0.0507383475075	0.19671855807	-14.585	-10.951	-20.116
5	2.96699750173	-1.51813651464	1.70954801142	3.50430565374	-1.46300699767	2.90799910787	0.124207087562	-0.195938335579	-0.139008995666	-0.0381393344617	-0.154532037634	-0.0981877079742	0.453433584493	-0.0158916571844	0.0303318354456	0.170402364162	-0.0179546707479	0.0234808102951	0.133868193424	0.0326251879805	0.167829670708	-5.967	-9.669	-23.63
6	2.36246721308	-3.2487888749	0.925463509229	9.97117667792	-4.02263521746	2.49571266847	0.322492506265	0.0334575945954	-0.0186193713447	-0.472418093319	-0.00186964661426	0.395919716572	0.0547211492823	-0.174978511399	-0.320992165022	0.233230194478	0.0555201646969	0.00543003660382	0.141730948464	-0.0239455098299	0.253590345686	-19.733	11.61	-37.13
7	2.24003749356	0.123709418712	0.932232777972	2.2989031247	-0.697366758271	3.30331652774	-0.0598761196034	0.00148095303926	-0.349951120001	-0.137072198512	-0.0479411794748	-0.0530815781348	0.293176278611	0.13497242235	0.107325568856	0.0922069510327	0.0137049930311	0.0358977327642	0.0731261011959	-0.000124455223229	0.154073743495	0.212	-6.24	16.946
8	3.47851116178	0.683285063233	0.866007612058	3.80171828032	-0.894803724746	1.44046164961	-0.124398168311	-0.520705456441	-0.194863136391	0.541823187343	0.0385587645492	0.206238814887	0.0193593756745	-0.246520828194	0.085454691202	0.1804299049	0.00458105652333	0.0334908371071	0.175636351008	0.0169444774438	0.115080041668	-5.412	-2.872	-15.035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 20:58 )	A	20 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 74:101 )	A	74 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 102:111 )	A	102 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 20:58 )	B	20 - 58
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 74:101 )	B	74 - 101
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 102:113 )	B	102 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 59:68 )	A	59 - 68
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 59:68 )	B	59 - 68

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)