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- PDB-8ctu: Crystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K) at Room te... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ctu
タイトルCrystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K) at Room temperature
要素Potassium channel protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Potassium ion channel / anomalous / room temperature
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / : / Potassium channel protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus m1550 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D.
資金援助 米国, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM12345 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1GM141697 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM118217 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)DP2OD028805 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
Kinship FoundationSSP-2018-3240 米国
New York Community Trust338034 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct visualization of electric field-stimulated ion conduction in a potassium channel
著者: Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D.
履歴
登録2022年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel protein
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,70717
ポリマ－21,2812
非ポリマー1,42615
水57632
1
A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子

A: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,66024
ポリマ－42,5624
非ポリマー1,09820
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PISA
2
B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子

B: Potassium channel protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,16844
ポリマ－42,5624
非ポリマー4,60640
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.914, 68.914, 90.324
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Space group name HallI4
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#7: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

K

21A-303-

K

31A-304-

K

41A-305-

K

51B-206-

K

61B-207-

K

71B-208-

K

81B-209-

K

91A-417-

HOH

101B-315-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Potassium channel protein


分子量: 10640.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus m1550 (バクテリア)
遺伝子: bcere0011_5790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: C2R3K4

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 45分子

#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM KCl, 200mM potassium citrate tribasic monohydrate, 100mM MES (pH 6.0 or 6.5), 56%-68% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折平均測定温度: 292 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.4938 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 49726 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 19.53 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 21.392
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.156 / Num. unique obs: 2467 / CC1/2: 0.743 / Rsym value: 0.563 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Room temperature monochromatic NaK2K structure

解像度: 1.65→48.73 Å / SU ML: 0.1763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 18.8442
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1792 3912 7.87 %
Rwork0.1628 45811 -
obs0.1642 49723 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1499 0 83 32 1614
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621933
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95512662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0536335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8293685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.670.28891560.2811619X-RAY DIFFRACTION99.94
1.67-1.690.3041260.25451644X-RAY DIFFRACTION99.94
1.69-1.710.25921780.23381622X-RAY DIFFRACTION99.45
1.71-1.740.2161350.22241630X-RAY DIFFRACTION99.1
1.74-1.760.26921120.19931661X-RAY DIFFRACTION99.11
1.76-1.790.21631500.18411630X-RAY DIFFRACTION100
1.79-1.820.2061520.18561620X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.850.19991260.19111712X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.880.23241820.19221561X-RAY DIFFRACTION99.89
1.88-1.910.1807980.19561699X-RAY DIFFRACTION99.39
1.91-1.950.19011400.17441634X-RAY DIFFRACTION99.16
1.95-1.990.20071370.16071564X-RAY DIFFRACTION96.37
1.99-2.030.16931370.14991655X-RAY DIFFRACTION99.45
2.03-2.080.17261420.13581664X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.130.17031420.13921607X-RAY DIFFRACTION100
2.13-2.190.12681400.13961633X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.250.16041410.13251625X-RAY DIFFRACTION99.94
2.25-2.330.16741180.13611709X-RAY DIFFRACTION99.84
2.33-2.410.14271390.14571586X-RAY DIFFRACTION96.37
2.41-2.50.15541240.14211623X-RAY DIFFRACTION99.04
2.51-2.620.14351380.12131655X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.760.14051540.1381674X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.930.16061410.13711614X-RAY DIFFRACTION99.94
2.93-3.160.16291420.14871653X-RAY DIFFRACTION99.61
3.16-3.470.12391280.1451605X-RAY DIFFRACTION97.25
3.47-3.970.16121540.15151613X-RAY DIFFRACTION100
3.98-50.17921540.15871638X-RAY DIFFRACTION99.83
5.01-48.730.26481260.2371661X-RAY DIFFRACTION98.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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