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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cts | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Room temperature crystal structure of a K+ selective NaK mutant (NaK2K) | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Potassium channel protein | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Potassium ion channel / room temperature | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Direct visualization of electric field-stimulated ion conduction in a potassium channel 著者: Lee, B. / White, K.I. / Socolich, M.A. / Klureza, M.A. / Henning, R. / Srajer, V. / Ranganathan, R. / Hekstra, D. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 129.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 5.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 5.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ctnC ![]() 8cttC ![]() 8ctuC ![]() 8ctvC ![]() 8ctwC ![]() 8ctxC ![]() 8cu1C ![]() 8cu2C ![]() 8cu3C ![]() 8cu4C ![]() 3oufS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10640.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: bcere0011_5790 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose | #3: 化合物 | ChemComp-MPD / ( #4: 化合物 | ChemComp-K / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 100mM KCl, 200mM potassium citrate tribasic monohydrate, 100mM MES (pH 6.0 or 6.5), 56%-68% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 292 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97946 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27244 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 13.28 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 38.143 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.13 / Mean I/σ(I) obs: 0.856 / Num. unique obs: 1079 / CC1/2: 0.258 / % possible all: 77.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3OUF 解像度: 1.6→34.41 Å / SU ML: 0.1548 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 16.3166 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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