PDB-8ctr: Crystal Structure of dTDP-4-dehydrorhamnose reductase from Klebsi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ctr

タイトル

Crystal Structure of dTDP-4-dehydrorhamnose reductase from Klebsiella pneumoniae with bound NADP

要素

dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / reductase / NADP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dTDP-4-dehydrorhamnose reductase / dTDP-4-dehydrorhamnose reductase activity / O antigen biosynthetic process / dTDP-rhamnose biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of dTDP-4-dehydrorhamnose reductase from Klebsiella pneumoniae with bound NADP
著者: Bolejack, M.J. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ctr.cif.gz	510.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ctr.ent.gz	417.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ctr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8ctr_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ctr_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8ctr_validation.xml.gz	63.5 KB	表示
CIF形式データ	8ctr_validation.cif.gz	92.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ctr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ctr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n2sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

B: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

C: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

D: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

ヘテロ分子

137 kDa, 4 ポリマー
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1

A: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

ヘテロ分子

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34.2 kDa, 1 ポリマー
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3

C: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

ヘテロ分子

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34.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.550, 71.690, 81.230
Angle α, β, γ (deg.)	89.960, 66.580, 83.080
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	dTDP-4-dehydrorhamnose reductase 分子量: 33230.379 Da / 分子数: 4 / 断片: KlpnC.17669.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: rmlD, rfbD, rfbD_1, rfbD_2, A7B01_07910, C3F39_24350, DM23092/04_00022, GNE24_11460, SAMEA3649733_05275, SAMEA3727643_01606, SAMEA4873632_01990 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9K1F1, dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

#1: タンパク質

dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

分子量: 33230.379 Da / 分子数: 4 / 断片: KlpnC.17669.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: rmlD, rfbD, rfbD_1, rfbD_2, A7B01_07910, C3F39_24350, DM23092/04_00022, GNE24_11460, SAMEA3649733_05275, SAMEA3727643_01606, SAMEA4873632_01990
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C9K1F1, dTDP-4-dehydrorhamnose reductase

-
非ポリマー , 5種, 1451分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1435 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.87 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Protein at 22.33 mg/mL was combined with 5 mM NADP and mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 0.16M calcium acetate, 0.08M socium cacodylate pH 6.5, 14.4% w/v PEG8000, 20% v/v ...詳細: Protein at 22.33 mg/mL was combined with 5 mM NADP and mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 0.16M calcium acetate, 0.08M socium cacodylate pH 6.5, 14.4% w/v PEG8000, 20% v/v glycerol (JCSG E11). Cryo: Direct. Puck: ede6-7.

結晶

マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.87 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein at 22.33 mg/mL was combined with 5 mM NADP and mixed 1:1 (0.2 uL protein and 0.2 uL precipitant) with 0.16M calcium acetate, 0.08M socium cacodylate pH 6.5, 14.4% w/v PEG8000, 20% v/v ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月31日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→45.35 Å / Num. obs: 170335 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 2.932 % / B_iso Wilson estimate: 19.84 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 12.87 / Num. measured all: 499357 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	2.991	0.661	2.03	37335	13175	12484	0.661	0.803	94.8
1.69-1.74	2.984	0.552	2.42	35791	12656	11993	0.727	0.67	94.8
1.74-1.79	2.982	0.412	3.15	35421	12504	11879	0.832	0.5	95
1.79-1.84	2.994	0.317	4.1	34266	12017	11445	0.893	0.385	95.2
1.84-1.91	2.982	0.229	5.5	33302	11674	11166	0.942	0.278	95.6
1.91-1.97	2.986	0.173	6.93	32302	11298	10819	0.965	0.209	95.8
1.97-2.05	2.97	0.133	8.8	31089	10928	10468	0.977	0.162	95.8
2.05-2.13	2.971	0.103	11.03	29799	10416	10031	0.985	0.125	96.3
2.13-2.22	2.951	0.085	12.84	28715	10110	9732	0.989	0.103	96.3
2.22-2.33	2.939	0.067	15.33	27208	9586	9259	0.993	0.082	96.6
2.33-2.46	2.926	0.059	17.04	26056	9193	8905	0.994	0.073	96.9
2.46-2.61	2.91	0.054	18.61	24356	8617	8371	0.995	0.066	97.1
2.61-2.79	2.88	0.046	21	22823	8147	7926	0.996	0.056	97.3
2.79-3.01	2.845	0.041	23.19	21017	7575	7388	0.996	0.05	97.5
3.01-3.3	2.812	0.035	25.43	19095	6943	6791	0.997	0.043	97.8
3.3-3.69	2.802	0.032	27.69	17298	6291	6173	0.997	0.039	98.1
3.69-4.26	2.823	0.03	29.29	15385	5554	5449	0.998	0.036	98.1
4.26-5.22	2.819	0.028	29.98	12927	4685	4586	0.998	0.034	97.9
5.22-7.38	2.788	0.03	29.07	9891	3629	3548	0.998	0.037	97.8
7.38-45.35	2.748	0.027	30.09	5281	1995	1922	0.998	0.033	96.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1n2s

1n2s

解像度: 1.65→45.35 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 18.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1843	2059	1.21 %
R_work	0.1616	168254	-
obs	0.1619	170313	96.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.03 Å² / B_iso mean: 26.7604 Å² / B_iso min: 10.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→45.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9050	0	428	1436	10914
B_iso mean	-	-	33.34	36.64	-
残基数	-	-	-	-	1191

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.3085	145	0.2658	11037	11182	95
1.69-1.73	0.262	141	0.2417	11054	11195	95
1.73-1.78	0.2357	133	0.2194	11066	11199	95
1.78-1.83	0.2264	156	0.1981	11072	11228	95
1.83-1.89	0.2038	137	0.1865	11112	11249	95
1.89-1.96	0.2086	134	0.1872	11123	11257	96
1.96-2.03	0.2421	124	0.1797	11210	11334	96
2.03-2.13	0.2006	145	0.1661	11177	11322	96
2.13-2.24	0.1832	118	0.1626	11272	11390	96
2.24-2.38	0.1669	140	0.1597	11281	11421	97
2.38-2.56	0.1805	149	0.1574	11289	11438	97
2.56-2.82	0.1887	141	0.1579	11303	11444	98
2.82-3.23	0.1652	145	0.153	11405	11550	98
3.23-4.07	0.1553	134	0.1353	11418	11552	98
4.07-45.35	0.1654	117	0.1487	11435	11552	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1734	0.7941	-0.4812	4.3464	-1.2519	2.3904	0.047	0.078	-0.2024	-0.3171	0.1041	0.2045	0.4973	-0.1539	-0.1172	0.2367	-0.0354	-0.0401	0.1302	0.0098	0.1601	-6.7738	8.3474	-32.7377
2	2.3053	-2.0394	0.4873	4.3189	-0.7905	0.8491	0.1308	-0.1726	-0.2865	-0.0214	0.1092	0.796	0.1044	-0.334	-0.2139	0.2076	-0.0417	0.0082	0.2593	0.0733	0.2755	-20.3685	17.4749	-23.3559
3	2.1891	-0.9783	0.9367	2.103	-0.9874	2.1383	0.0146	0.0132	0.1266	-0	0.034	0.1439	-0.0323	-0.1561	-0.0365	0.1004	-0.0171	0.0209	0.08	0.0133	0.1283	-13.047	26.7693	-32.9196
4	1.3594	-0.2121	0.3737	0.975	-0.2865	1.7169	0.0335	0.031	0.1749	-0.0093	0.0165	0.1894	-0.1133	-0.1955	-0.0384	0.1329	0.0107	0.0114	0.0984	0.0141	0.1849	-15.8967	34.3018	-34.4723
5	2.5183	-0.84	0.7416	4.3797	-0.7054	1.3406	-0.0942	0.0369	0.2659	0.1915	-0.03	-0.219	-0.3101	0.1598	0.0517	0.1592	-0.0215	-0.0107	0.0966	-0.0043	0.1347	8.9644	5.2608	-1.4556
6	1.6313	0.8386	-0.6894	2.0159	-0.934	2.2248	0.0415	-0.1885	0.0746	0.1295	-0.0328	0.2072	-0.1705	-0.1419	-0.0127	0.1258	0.0377	0.0031	0.1869	-0.0078	0.1844	-8.3802	0.1901	4.9934
7	0.8823	-0.3361	0.5772	1.568	-0.945	2.364	-0.0226	-0.0997	-0.107	0.1035	0.0916	0.1146	0.0616	-0.0984	-0.06	0.1027	0.0044	0.0266	0.0989	0.0051	0.1335	0.8038	-13.7441	6.8629
8	3.6856	-4.0019	2.1359	4.5885	-2.1125	1.4203	-0.2303	-0.8317	-0.1163	0.5778	0.5075	0.2807	-0.1481	-0.2289	-0.1889	0.3	0.0518	0.03	0.2963	0.0686	0.1908	-0.4915	-21.5684	25.9482
9	1.6927	-0.0997	0.6876	1.0244	-0.3782	1.8346	0.0126	-0.0772	-0.0905	0.0673	0.0211	0.1214	0.112	-0.0729	-0.0248	0.1271	-0.0083	0.0197	0.0911	0.0117	0.1381	-0.834	-16.4981	5.9528
10	1.5835	0.1029	-0.1943	4.8778	1.6697	2.8883	0.052	-0.0921	-0.2149	0.2981	0.0181	-0.0445	0.437	-0.0466	-0.0792	0.1733	-0.0008	-0.0078	0.1134	0.0177	0.1294	14.3301	-30.2538	-5.293
11	3.0985	1.6797	-0.0676	2.3518	0.3384	0.9657	0.0552	0.1183	-0.2965	0.0173	0.1019	-0.3877	0.0474	0.3028	-0.1382	0.1539	0.0171	-0.02	0.2264	-0.0638	0.1873	28.4672	-25.5929	-15.3446
12	2.7823	1.3372	1.164	1.5964	0.9156	2.0053	0.0147	-0.0413	0.0699	0.0404	0.0329	-0.0702	-0.0415	0.1733	-0.0195	0.0857	0.0081	0.0133	0.0979	-0.0138	0.1195	25.9215	-14.0291	-5.6207
13	1.6257	0.375	0.2289	0.8004	0.2778	1.1945	0.0148	-0.0241	0.079	0.0038	0.0672	-0.1077	-0.1154	0.2739	-0.0467	0.1144	-0.0222	-0.001	0.1363	-0.0236	0.1574	29.977	-7.5788	-4.8862
14	2.8262	1.5243	1.5554	5.0404	0.6952	1.2457	-0.2108	0.0394	0.3319	-0.2676	0.0512	0.1305	-0.3032	-0.0628	0.0829	0.1582	0.0107	-0.0062	0.1021	0.0003	0.1526	-0.8563	-30.0617	-37.1899
15	3.5864	-0.6385	-1.3855	3.4081	2.4622	6.3665	0.0584	0.7282	-0.0831	-0.8098	0.0026	-0.2162	-0.3053	-0.0416	-0.0921	0.3032	-0.0106	0.0194	0.2344	-0.0046	0.1785	12.0997	-32.0213	-45.8144
16	0.9644	-0.4106	-0.5618	3.169	1.7283	1.8865	-0.0246	0.1924	-0.2738	-0.2209	0.1703	-0.4277	0.0472	0.3131	-0.1321	0.1527	0.009	0.0303	0.2283	-0.0818	0.251	16.4351	-43.9786	-41.8072
17	0.8332	0.3807	0.3663	0.9553	0.5654	1.1678	-0.0269	0.1797	-0.1416	-0.1123	0.1332	-0.1282	0.0997	0.1146	-0.0779	0.1553	-0.0027	0.0205	0.1248	-0.0345	0.1334	2.5303	-52.0101	-46.8308

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'D' and (resid 0 through 60 )	D	0 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'D' and (resid 61 through 142 )	D	61 - 142
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 143 through 205 )	D	143 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 206 through 296 )	D	206 - 296
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid -1 through 60 )	A	-1 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 61 through 142 )	A	61 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 143 through 237 )	A	143 - 237
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 238 through 254 )	A	238 - 254
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 255 through 296 )	A	255 - 296
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid -1 through 53 )	B	-1 - 53
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 54 through 142 )	B	54 - 142
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 143 through 205 )	B	143 - 205
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 206 through 296 )	B	206 - 296
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid -1 through 60 )	C	-1 - 60
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 61 through 95 )	C	61 - 95
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 96 through 142 )	C	96 - 142
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 143 through 296 )	C	143 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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