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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cto | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of 8-residue Rosetta-designed cyclic peptide D8.31 in d6-DMSO with cis/trans switching (B-CT conformation) | ||||||
![]() | Cyclic peptide D8.31 DAL-DPR-MLU-DVA-DAL-DPR-MLU-DVA | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / cyclic peptide / non natural amino acids / cis/trans / switch peptides / de novo design / membrane permeability | ||||||
機能・相同性 | polypeptide(D)![]() | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 溶液NMR / na | ||||||
![]() | Ramelot, T.A. / Tejero, R. / Montelione, G.T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Accurate de novo design of membrane-traversing macrocycles. 著者: Bhardwaj, G. / O'Connor, J. / Rettie, S. / Huang, Y.H. / Ramelot, T.A. / Mulligan, V.K. / Alpkilic, G.G. / Palmer, J. / Bera, A.K. / Bick, M.J. / Di Piazza, M. / Li, X. / Hosseinzadeh, P. / ...著者: Bhardwaj, G. / O'Connor, J. / Rettie, S. / Huang, Y.H. / Ramelot, T.A. / Mulligan, V.K. / Alpkilic, G.G. / Palmer, J. / Bera, A.K. / Bick, M.J. / Di Piazza, M. / Li, X. / Hosseinzadeh, P. / Craven, T.W. / Tejero, R. / Lauko, A. / Choi, R. / Glynn, C. / Dong, L. / Griffin, R. / van Voorhis, W.C. / Rodriguez, J. / Stewart, L. / Montelione, G.T. / Craik, D. / Baker, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 282.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 289.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ubcC ![]() 7ubdC ![]() 7ubeC ![]() 7ubfC ![]() 7ubgC ![]() 7ubhC ![]() 7ubiC ![]() 7ucpC ![]() 7uzlC ![]() 8cunC ![]() 8cwaC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: Polypeptide(D) | 分子量: 807.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 6 mg/mL peptide, 0.03 % TMS, DMSO / 詳細: D8.31-DMSO / Label: peptide / 溶媒系: DMSO | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: NA Not defined / Label: conditions_1 / pH: 0.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 1 |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: CP-TCI - Pharaoh - RPI |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: na / ソフトェア番号: 1 詳細: This is conformation B (CT) of the 8-residue cyclic peptide present in the same NMR sample in d6-DMSO. A-CC conformation (50%) has cis MLU-3 and cis MLU-7 (pdb 7UBD) and B-CT (50%) ...詳細: This is conformation B (CT) of the 8-residue cyclic peptide present in the same NMR sample in d6-DMSO. A-CC conformation (50%) has cis MLU-3 and cis MLU-7 (pdb 7UBD) and B-CT (50%) conformation has cis MLU-3 and trans MLU-7 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: medoid | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |