[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8ct8: Crystal structure of Drosophila melanogaster PRL/CBS-pair domain ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ct8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of Drosophila melanogaster PRL/CBS-pair domain complex | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | PROTEIN BINDING / PRL / CBS-pair / CNNM / transporter protein / complex / UEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information RAB geranylgeranylation / cellular response to carbon dioxide / magnesium ion homeostasis / intracellular monoatomic ion homeostasis / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / apicolateral plasma membrane / transmembrane transporter activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / monoatomic ion transport / protein-tyrosine-phosphatase ...RAB geranylgeranylation / cellular response to carbon dioxide / magnesium ion homeostasis / intracellular monoatomic ion homeostasis / protein tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / apicolateral plasma membrane / transmembrane transporter activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / monoatomic ion transport / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / axon / intracellular membrane-bounded organelle / nucleus / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Drosophila melanogaster (fruit fly) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Fakih, R. / Goldstein, R.H. / Kozlov, G. / Gehring, K. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
| ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2023 Title: Burst kinetics and CNNM binding are evolutionarily conserved properties of phosphatases of regenerating liver. Authors: Fakih, R. / Goldstein, R.H. / Kozlov, G. / Gehring, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8ct8.cif.gz | 258.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8ct8.ent.gz | 209.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8ct8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8ct8_validation.pdf.gz | 455.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 8ct8_full_validation.pdf.gz | 461.6 KB | Display | |
Data in XML | 8ct8_validation.xml.gz | 23 KB | Display | |
Data in CIF | 8ct8_validation.cif.gz | 31 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ct8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/8ct8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5k22S S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||
2 |
| ||||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 18183.426 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: uex, 41Ad, GroupIII, l(2)41Ad, CG42595 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0B7P9G0 #2: Protein | Mass: 18455.309 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: C104A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Drosophila melanogaster (fruit fly) / Gene: PRL-1, BG:DS07473.3, PRL, CG4993 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O61722, protein-tyrosine-phosphatase #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.38 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 17% (wt/vol) PEG3350, 0.2 M NaI |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08B1-1 / Wavelength: 0.95374 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 20, 2022 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95374 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→48.44 Å / Num. obs: 54823 / % possible obs: 99.72 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 50.44 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04196 / Rpim(I) all: 0.04196 / Rrim(I) all: 0.05934 / Net I/σ(I): 20.04 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.589 Å / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2839 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique obs: 5524 / CC1/2: 0.855 / CC star: 0.96 / Rpim(I) all: 0.2839 / Rrim(I) all: 0.4015 / % possible all: 99.52 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5K22 Resolution: 2.5→48.44 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→48.44 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|