PDB-8csf: WbbB D232C-Kdo adduct + alpha-Rha(1,3)GlcNAc ternary complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8csf

タイトル

WbbB D232C-Kdo adduct + alpha-Rha(1,3)GlcNAc ternary complex

要素

N-acetyl glucosaminyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycsoyltransferase / retaining / ternary complex

機能・相同性

Capsule polysaccharide biosynthesis / Capsule polysaccharide biosynthesis protein / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / transferase activity / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / Putative N-acetyl glucosaminyl transferase

機能・相同性情報

生物種

Raoultella terrigena (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The retaining beta-Kdo glycosyltransferase WbbB uses a double-displacement mechanism with an intermediate adduct rearrangement step.
著者: Forrester, T.J.B. / Ovchinnikova, O.G. / Li, Z. / Kitova, E.N. / Nothof, J.T. / Koizumi, A. / Klassen, J.S. / Lowary, T.L. / Whitfield, C. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8csf.ent.gz	275.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8csf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	8csf_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	8csf_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/8csf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/8csf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8csbC 8cscC 8csdC 8cseC 5fa1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: N-acetyl glucosaminyl transferase

B: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

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1

A: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

A: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
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2

B: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.500, 158.070, 116.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	N-acetyl glucosaminyl transferase / retaining Kdo transferase 分子量: 46116.824 Da / 分子数: 2 / 変異: D232C / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Raoultella terrigena (バクテリア) 遺伝子: wbbB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6U8B0

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

alpha-L-rhamnopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
LRhapa1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2211m-1a_1-5]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Rhap]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-KDO / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-d-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 2-keto-3-deoxy-D-mannooctanoic acid / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-manno-oct-2-ulosonic acid / (2R)-2-デオキソ-2-ヒドロキシ-2,6-オキシ-3,6-ジデオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 3種, 256分子

#3: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.26 % / 解説: prisms
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 100 mM HEPES, and 0.5 % Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→46 Å / Num. obs: 33794 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 45.73 Å² / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 16.74
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.11 / Num. unique obs: 3850 / CC_1/2: 0.78 / R_sym value: 0.96 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FA1

5fa1

解像度: 2.4→45.78 Å / SU ML: 0.2611 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7524
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	1687	5 %
R_work	0.1723	32085	-
obs	0.1748	33772	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6189	0	126	250	6565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	6486
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9691	8822
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0515	997
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0069	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.9979	2280

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.47	0.2778	140	0.2196	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.47-2.55	0.295	139	0.2166	2631	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.55-2.64	0.2616	138	0.211	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.64-2.75	0.281	139	0.2042	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.75-2.87	0.2513	139	0.2124	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.02	0.2488	139	0.1947	2644	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.02-3.21	0.2808	139	0.1954	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.21-3.46	0.2305	141	0.1804	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.46-3.81	0.2254	141	0.1641	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.81-4.36	0.1816	141	0.1438	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.79
4.36-5.49	0.2213	142	0.1469	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.93
5.49-45.78	0.1781	149	0.1655	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.53

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.96877112227	0.117859917703	1.34531921438	4.52995936826	1.71711900416	1.80276013013	0.179619697694	-0.382821569135	-0.389375049426	0.29329202619	-0.119592331554	-0.0179663666767	0.326557253378	-0.041012435561	-0.0446449756725	0.482243298936	-0.0734256650489	-0.110010957343	0.410326233242	0.0458448258023	0.267142753819	17.5688594522	15.5383710129	43.2327163687
2	0.752838328821	-0.468416334005	-0.383561126056	3.15992061856	1.4624120112	2.52841367863	0.397961513516	-0.279011366407	-0.236816391627	0.521259117772	-0.054320796184	-0.774006445834	0.578258460368	0.147551849127	0.138762937717	0.539487513282	0.0438702930271	-0.254451332125	0.45922537007	0.0458780272834	0.66983474599	29.2514802926	12.1528840736	43.6852733965
3	2.56899436169	1.02802228365	-0.659902790147	4.03068255037	-4.28820092068	4.73962469655	-0.0385558116725	-1.39931279289	-1.18792764676	1.6093119766	0.341037292305	0.467288607483	2.15037964715	-0.188133796355	0.191019064098	1.29686636773	-0.140418249814	-0.125963487982	0.845022741189	0.132080857827	0.561891425662	19.5898986601	8.8944337384	52.0897168663
4	1.59690457761	0.26498588754	0.924756736607	1.02703719312	0.423846848509	0.910013173806	0.234195040194	-0.437213087301	-0.445429353566	0.842586283467	-0.118672757898	-0.220021358056	0.635875385417	0.116880874521	0.0723893447525	0.812160242766	-0.015445129461	-0.133863569033	0.545712956875	0.0868852115353	0.593892259841	20.7456557671	10.3296491512	46.6561842684
5	2.85221145805	0.25089059953	-0.410773842997	4.63691240519	0.57649588632	3.72588068515	0.134356736211	-0.240016422203	0.166451583787	0.459617453557	-0.087046131152	-0.220540424634	0.0102687200461	-0.120008545108	-0.133342339614	0.345366721862	-0.0299672048309	-0.0395697158313	0.244240163915	0.0358978019981	0.268464941419	18.8966155074	26.1136231918	43.3553078927
6	0.500042998612	0.923101485467	-0.271979348387	2.60251138286	2.56643164324	2.79022662869	0.182149299531	0.0571804044303	-0.069592639464	0.175851864405	-0.00884998966856	-0.73915136515	0.193904084322	0.0648344114898	0.0899526968663	0.359002243332	0.0563369643612	-0.0708011271758	0.315249420828	0.0373905555602	0.415058687857	24.7435630679	19.2486887715	30.8745274159
7	0.994381780931	-0.655257140422	0.266733385562	1.75961138496	2.3870123707	3.90155483181	-0.00934766395091	0.384181992367	-0.0727819340055	-0.814139203745	0.168168689955	-0.303969559084	-0.370690278824	-0.043346161508	0.102658479149	0.537129020976	0.0700204491541	0.0694451348876	0.473871277093	-0.0546507472549	0.50455988569	26.4377475354	9.59220017977	11.8094906184
8	4.21349518179	-0.84023491391	-1.21543191003	3.847867284	0.980129431546	3.01340165068	0.0627725314187	0.32886926373	-0.418382631321	-0.025674087196	-0.188207616188	0.459241707015	0.144013193701	-0.344970876609	-0.215380197384	0.392824285966	0.0346956967361	-0.0269715853127	0.352208047686	-0.00699717485336	0.362553375401	3.88583801341	6.86916233282	20.9975769105
9	3.29744453125	0.841350877498	-0.053196540437	3.00993777807	0.576986753292	1.84128812105	0.0861105232862	0.304396944027	0.0158418471637	-0.439107665417	0.0104913453347	-0.150829637985	-0.101767338345	-0.0851374106576	0.134288128006	0.429478791504	0.0934484816235	0.0210251068057	0.313267128863	0.013114879058	0.30497427578	17.6988702928	11.5514958356	13.9432272666
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8	8	chain 'A' and (resid 223 through 284 )	A	A	223 - 284	221 - 282
9	9	chain 'A' and (resid 285 through 342 )	A	A	285 - 342	283 - 340
10	10	chain 'A' and (resid 343 through 379 )	A	A	343 - 379	341 - 377
11	11	chain 'A' and (resid 391 through 403 )	A	A	391 - 403	378 - 390
12	12	chain 'B' and (resid 1 through 5 )	B	B	1 - 5	1 - 5
13	13	chain 'B' and (resid 6 through 18 )	B	B	6 - 18	6 - 18
14	14	chain 'B' and (resid 19 through 26 )	B	B	19 - 26	19 - 26
15	15	chain 'B' and (resid 27 through 33 )	B	B	27 - 33	27 - 33
16	16	chain 'B' and (resid 34 through 38 )	B	B	34 - 38	34 - 38
17	17	chain 'B' and (resid 39 through 46 )	B	B	39 - 46	39 - 46
18	18	chain 'B' and (resid 49 through 75 )	B	B	49 - 75	47 - 73
19	19	chain 'B' and (resid 76 through 94 )	B	B	76 - 94	74 - 92
20	20	chain 'B' and (resid 95 through 107 )	B	B	95 - 107	93 - 105
21	21	chain 'B' and (resid 108 through 130 )	B	B	108 - 130	106 - 128
22	22	chain 'B' and (resid 131 through 150 )	B	B	131 - 150	129 - 148
23	23	chain 'B' and (resid 151 through 183 )	B	B	151 - 183	149 - 181
24	24	chain 'B' and (resid 184 through 216 )	B	B	184 - 216	182 - 214
25	25	chain 'B' and (resid 220 through 253 )	B	B	220 - 253	215 - 248
26	26	chain 'B' and (resid 254 through 273 )	B	B	254 - 273	249 - 268
27	27	chain 'B' and (resid 274 through 284 )	B	B	274 - 284	269 - 279
28	28	chain 'B' and (resid 285 through 353 )	B	B	285 - 353	280 - 348
29	29	chain 'B' and (resid 354 through 380 )	B	B	354 - 380	349 - 375
30	30	chain 'B' and (resid 390 through 405 )	B	B	390 - 405	376 - 391

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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