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Yorodumi- PDB-5fa1: The structure of the beta-3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid tra... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5fa1 | ||||||
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Title | The structure of the beta-3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid transferase domain of WbbB | ||||||
Components | Putative N-acetyl glucosaminyl transferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / LPS biosynthesis / glycosyltransferase | ||||||
Function / homology | Capsule polysaccharide biosynthesis / Capsule polysaccharide biosynthesis protein / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / transferase activity / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Putative N-acetyl glucosaminyl transferase Function and homology information | ||||||
Biological species | Raoultella terrigena (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Mallette, E. / Ovchinnikova, O.G. / Whitfield, C. / Kimber, M.S. | ||||||
Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2016 Title: Bacterial beta-Kdo glycosyltransferases represent a new glycosyltransferase family (GT99). Authors: Ovchinnikova, O.G. / Mallette, E. / Koizumi, A. / Lowary, T.L. / Kimber, M.S. / Whitfield, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5fa1.cif.gz | 339.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5fa1.ent.gz | 274.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5fa1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5fa1_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5fa1_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5fa1_validation.xml.gz | 37.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5fa1_validation.cif.gz | 57.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5fa1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fa/5fa1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5fa0SC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46096.770 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Raoultella terrigena (bacteria) / Gene: wbbB / Plasmid: pET28a(+) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q6U8B0 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 10 mg/ml WbbB, 0.2 M NaCl, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG 3350, 1 mM TCEP, 1mM CMP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CLSI / Beamline: 08ID-1 / Wavelength: 0.97949 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Jul 10, 2015 |
Radiation | Monochromator: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97949 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 52154 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.2 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 13.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5FA0 Resolution: 2.1→48.046 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 18.78 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→48.046 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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