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- PDB-8csc: WbbB D232N-Kdo adduct -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8csc
タイトルWbbB D232N-Kdo adduct
要素N-acetyl glucosaminyl transferase
キーワードTRANSFERASE / Glycsoyltransferase / retaining / donor adduct
機能・相同性Capsule polysaccharide biosynthesis / Capsule polysaccharide biosynthesis protein / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / transferase activity / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / Putative N-acetyl glucosaminyl transferase
機能・相同性情報
生物種Raoultella terrigena (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)04045-2015 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The retaining beta-Kdo glycosyltransferase WbbB uses a double-displacement mechanism with an intermediate adduct rearrangement step.
著者: Forrester, T.J.B. / Ovchinnikova, O.G. / Li, Z. / Kitova, E.N. / Nothof, J.T. / Koizumi, A. / Klassen, J.S. / Lowary, T.L. / Whitfield, C. / Kimber, M.S.
履歴
登録2022年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyl glucosaminyl transferase
B: N-acetyl glucosaminyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,50611
ポリマ－92,2562
非ポリマー1,2509
水7,494416
1
A: N-acetyl glucosaminyl transferase
ヘテロ分子

A: N-acetyl glucosaminyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,47010
ポリマ－92,2562
非ポリマー1,2158
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area6140 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area32470 Å2
手法PISA
2
B: N-acetyl glucosaminyl transferase
ヘテロ分子

B: N-acetyl glucosaminyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,54112
ポリマ－92,2562
非ポリマー1,28610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area6230 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area31990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.600, 158.220, 117.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-808-

HOH

21B-808-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 N-acetyl glucosaminyl transferase / retaining Kdo transferase


分子量: 46127.781 Da / 分子数: 2 / 変異: D232N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Raoultella terrigena (バクテリア)
遺伝子: wbbB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6U8B0
#3: 糖 ChemComp-KDO / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-d-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 2-keto-3-deoxy-D-mannooctanoic acid / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-manno-oct-2-ulosonic acid / (2R)-2-デオキソ-2-ヒドロキシ-2,6-オキシ-3,6-ジデオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DKdopaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-KdopIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
KdoSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 423分子

#2: 化合物 ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP


分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N3O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 % / 解説: prisms
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.1 M sodium malonate, 100 mM HEPES, 0.5 % Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→39.96 Å / Num. obs: 68061 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 36.96 Å2 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 31.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 5067 / CC1/2: 0.78 / Rsym value: 0.965 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FA1

5fa1


解像度: 1.9→39.96 Å / SU ML: 0.2319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.862
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2192 3405 5 %
Rwork0.1871 64656 -
obs0.1887 68061 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6242 0 77 416 6735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00326571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.53968953
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0406992
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.45182329
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.930.34031420.31152680X-RAY DIFFRACTION99.89
1.93-1.960.32691390.30452657X-RAY DIFFRACTION99.86
1.96-1.990.3181410.28322666X-RAY DIFFRACTION99.79
1.99-2.020.3071400.26172660X-RAY DIFFRACTION99.82
2.02-2.050.2511410.24382672X-RAY DIFFRACTION99.82
2.05-2.090.28681400.23072664X-RAY DIFFRACTION99.96
2.09-2.130.26821420.22872691X-RAY DIFFRACTION99.86
2.13-2.170.2461400.22612651X-RAY DIFFRACTION99.86
2.17-2.220.2471410.22122685X-RAY DIFFRACTION99.79
2.22-2.270.30561400.22982648X-RAY DIFFRACTION99.79
2.27-2.330.27041410.22652673X-RAY DIFFRACTION99.72
2.33-2.390.24861410.21562678X-RAY DIFFRACTION99.86
2.39-2.460.26321410.21612681X-RAY DIFFRACTION99.86
2.46-2.540.24551420.21182693X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.630.28911410.21522681X-RAY DIFFRACTION99.96
2.63-2.740.25141410.21092690X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.860.29431430.2242706X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-3.020.28441410.21322684X-RAY DIFFRACTION99.93
3.02-3.20.22991420.20382704X-RAY DIFFRACTION99.93
3.2-3.450.18411430.17592710X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.80.1951430.16122725X-RAY DIFFRACTION99.93
3.8-4.350.16161440.14042734X-RAY DIFFRACTION99.83
4.35-5.480.15541460.14282762X-RAY DIFFRACTION99.97
5.48-39.960.20471500.172861X-RAY DIFFRACTION99.57
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.08583987425-0.339631927127-0.1614468140353.06350579569-1.037323634151.981086646680.03581583428850.314866789194-0.0111564050293-0.8839656466390.07422383855790.2531965886340.498412680958-0.307013579693-0.09079296577750.475316138435-0.0851969014505-0.01807061380950.4049974872670.04091587640920.33676855168921.59760875730.1568947931-34.7606803108
22.179054773461.63044270416-0.2290498555642.1146810797-1.270865664022.42861418609-0.0822776639896-0.193228209786-0.1820741941960.8093597433760.08355727776930.1629723596610.0881129622677-0.230571428977-0.007964262479760.404463341188-0.02282510814710.03559601113310.373703689870.03938327316550.26785220861525.599889368724.1821675431-5.16273066107
32.8334286930.696822471519-1.098428447492.18394616215-0.05087246299782.82655739734-0.0592827271787-0.0757213864032-0.213045629845-0.0584374699585-0.00161500193018-0.4401807752830.2046442429620.3397048173180.04391372194530.28453481977-0.01184125941450.07188814662460.3405091518960.02562781135670.38962507641342.105958450521.3865251272-17.2024375614
42.512883755540.175077896907-0.04785530045463.44647994337-1.601766257853.315786147480.0674550686435-0.1197790178180.1737526064370.3156746181720.3099454861210.650936013969-0.154755463514-0.619173677767-0.3092019670890.248725551881-0.032675177870.09649077242120.3877708407520.07786217934330.39175100617616.233969163327.8976500128-9.78142537033
53.593574059540.46487355394-0.4172466591612.92639901513-0.5932070496241.899687532880.166714239408-0.7079749449340.3942286619171.67192433991-0.002969908452360.139403689008-1.35375079659-0.118681685593-0.2095426574681.155752676890.08307071088240.1734902903650.504703606502-0.001260836102850.41659402740824.117975119967.8232573304-12.8489777861
60.9179086211850.549010772237-0.2835670981574.73811881586-2.160037940222.727588323550.0413044536641-0.105691524373-0.02033818606610.4631499359750.1593547139810.359304964887-0.217518840154-0.217658794831-0.2081904940470.2258217117250.05834140942820.04484904286550.260940519490.01990186451130.26597928849823.009965992956.5641931655-25.5297032943
74.08955455-1.547289034840.9836538035613.75873848909-0.9888666511292.53970043673-0.0006357911014470.2027709450820.2770804308660.0676354421056-0.0458313043406-0.340113044866-0.2282423213360.2122547833690.01990655897770.2399310612540.00843373332857-0.02276850829730.237182398334-0.009158173575870.22187458408136.003842116972.9361687566-40.9204703873
81.65265968452-0.4128778219160.1347751243462.90788791721-0.7217718748162.48827281307-0.05078698249240.0793529435283-0.0627533109198-0.04754092097190.5138355818941.25457677005-0.175359815759-0.854799649268-0.2410366958520.2781283615830.122640093824-0.01530764679520.5309411854650.1997441813870.67684077064712.177067547263.980882634-38.2614676219
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 183 )AA1 - 1831 - 183
22chain 'A' and (resid 184 through 222 )AA184 - 222184 - 220
33chain 'A' and (resid 223 through 321 )AA223 - 321221 - 319
44chain 'A' and (resid 322 through 405 )AA322 - 405320 - 394
55chain 'B' and (resid 1 through 94 )BB1 - 941 - 94
66chain 'B' and (resid 95 through 200 )BB95 - 20095 - 200
77chain 'B' and (resid 201 through 321 )BB201 - 321201 - 321
88chain 'B' and (resid 322 through 403 )BB322 - 403322 - 393

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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