PDB-8csc: WbbB D232N-Kdo adduct

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8csc

タイトル

WbbB D232N-Kdo adduct

要素

N-acetyl glucosaminyl transferase

キーワード

TRANSFERASE / Glycsoyltransferase / retaining / donor adduct

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Raoultella terrigena (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The retaining beta-Kdo glycosyltransferase WbbB uses a double-displacement mechanism with an intermediate adduct rearrangement step.
著者: Forrester, T.J.B. / Ovchinnikova, O.G. / Li, Z. / Kitova, E.N. / Nothof, J.T. / Koizumi, A. / Klassen, J.S. / Lowary, T.L. / Whitfield, C. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8csc.cif.gz	409.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8csc.ent.gz	281.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8csc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/8csc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/8csc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8csbC 8csdC 8cseC 8csfC 5fa1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N-acetyl glucosaminyl transferase

B: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

93.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

A: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

B: N-acetyl glucosaminyl transferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
93.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	92.600, 158.220, 117.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-808- HOH
2	1	B-808- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

N-acetyl glucosaminyl transferase / retaining Kdo transferase

分子量: 46127.781 Da / 分子数: 2 / 変異: D232N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Raoultella terrigena (バクテリア)
遺伝子: wbbB / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6U8B0

#3: 糖

ChemComp-KDO / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 3-deoxy-d-manno-oct-2-ulopyranosonic acid / 2-keto-3-deoxy-D-mannooctanoic acid / 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-deoxy-manno-oct-2-ulosonic acid / (2R)-2-デオキソ-2-ヒドロキシ-2,6-オキシ-3,6-ジデオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 238.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₄O₈ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 4種, 423分子

#2: 化合物	ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP 分子量: 323.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.36 % / 解説: prisms
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 100 mM HEPES, 0.5 % Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→39.96 Å / Num. obs: 68061 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / B_iso Wilson estimate: 36.96 Å² / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 31.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 5067 / CC_1/2: 0.78 / R_sym value: 0.965 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FA1

5fa1

解像度: 1.9→39.96 Å / SU ML: 0.2319 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.862
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2192	3405	5 %
R_work	0.1871	64656	-
obs	0.1887	68061	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6242	0	77	416	6735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0032	6571
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5396	8953
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0406	992
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0033	1159
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4518	2329

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.93	0.3403	142	0.3115	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.93-1.96	0.3269	139	0.3045	2657	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.96-1.99	0.318	141	0.2832	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.99-2.02	0.307	140	0.2617	2660	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.02-2.05	0.251	141	0.2438	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.05-2.09	0.2868	140	0.2307	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.09-2.13	0.2682	142	0.2287	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.13-2.17	0.246	140	0.2261	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.17-2.22	0.247	141	0.2212	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.22-2.27	0.3056	140	0.2298	2648	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.27-2.33	0.2704	141	0.2265	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.33-2.39	0.2486	141	0.2156	2678	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.39-2.46	0.2632	141	0.2161	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.46-2.54	0.2455	142	0.2118	2693	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.54-2.63	0.2891	141	0.2152	2681	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.63-2.74	0.2514	141	0.2109	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.74-2.86	0.2943	143	0.224	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.86-3.02	0.2844	141	0.2132	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.02-3.2	0.2299	142	0.2038	2704	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.2-3.45	0.1841	143	0.1759	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.8	0.195	143	0.1612	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.8-4.35	0.1616	144	0.1404	2734	X-RAY DIFFRACTION	99.83
4.35-5.48	0.1554	146	0.1428	2762	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.48-39.96	0.2047	150	0.17	2861	X-RAY DIFFRACTION	99.57

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.08583987425	-0.339631927127	-0.161446814035	3.06350579569	-1.03732363415	1.98108664668	0.0358158342885	0.314866789194	-0.0111564050293	-0.883965646639	0.0742238385579	0.253196588634	0.498412680958	-0.307013579693	-0.0907929657775	0.475316138435	-0.0851969014505	-0.0180706138095	0.404997487267	0.0409158764092	0.336768551689	21.597608757	30.1568947931	-34.7606803108
2	2.17905477346	1.63044270416	-0.229049855564	2.1146810797	-1.27086566402	2.42861418609	-0.0822776639896	-0.193228209786	-0.182074194196	0.809359743376	0.0835572777693	0.162972359661	0.0881129622677	-0.230571428977	-0.00796426247976	0.404463341188	-0.0228251081471	0.0355960111331	0.37370368987	0.0393832731655	0.267852208615	25.5998893687	24.1821675431	-5.16273066107
3	2.833428693	0.696822471519	-1.09842844749	2.18394616215	-0.0508724629978	2.82655739734	-0.0592827271787	-0.0757213864032	-0.213045629845	-0.0584374699585	-0.00161500193018	-0.440180775283	0.204644242962	0.339704817318	0.0439137219453	0.28453481977	-0.0118412594145	0.0718881466246	0.340509151896	0.0256278113567	0.389625076413	42.1059584505	21.3865251272	-17.2024375614
4	2.51288375554	0.175077896907	-0.0478553004546	3.44647994337	-1.60176625785	3.31578614748	0.0674550686435	-0.119779017818	0.173752606437	0.315674618172	0.309945486121	0.650936013969	-0.154755463514	-0.619173677767	-0.309201967089	0.248725551881	-0.03267517787	0.0964907724212	0.387770840752	0.0778621793433	0.391751006176	16.2339691633	27.8976500128	-9.78142537033
5	3.59357405954	0.46487355394	-0.417246659161	2.92639901513	-0.593207049624	1.89968753288	0.166714239408	-0.707974944934	0.394228661917	1.67192433991	-0.00296990845236	0.139403689008	-1.35375079659	-0.118681685593	-0.209542657468	1.15575267689	0.0830707108824	0.173490290365	0.504703606502	-0.00126083610285	0.416594027408	24.1179751199	67.8232573304	-12.8489777861
6	0.917908621185	0.549010772237	-0.283567098157	4.73811881586	-2.16003794022	2.72758832355	0.0413044536641	-0.105691524373	-0.0203381860661	0.463149935975	0.159354713981	0.359304964887	-0.217518840154	-0.217658794831	-0.208190494047	0.225821711725	0.0583414094282	0.0448490428655	0.26094051949	0.0199018645113	0.265979288498	23.0099659929	56.5641931655	-25.5297032943
7	4.08955455	-1.54728903484	0.983653803561	3.75873848909	-0.988866651129	2.53970043673	-0.000635791101447	0.202770945082	0.277080430866	0.0676354421056	-0.0458313043406	-0.340113044866	-0.228242321336	0.212254783369	0.0199065589777	0.239931061254	0.00843373332857	-0.0227685082973	0.237182398334	-0.00915817357587	0.221874584081	36.0038421169	72.9361687566	-40.9204703873
8	1.65265968452	-0.412877821916	0.134775124346	2.90788791721	-0.721771874816	2.48827281307	-0.0507869824924	0.0793529435283	-0.0627533109198	-0.0475409209719	0.513835581894	1.25457677005	-0.175359815759	-0.854799649268	-0.241036695852	0.278128361583	0.122640093824	-0.0153076467952	0.530941185465	0.199744181387	0.676840770647	12.1770675472	63.980882634	-38.2614676219

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 183 )	A	A	1 - 183	1 - 183
2	2	chain 'A' and (resid 184 through 222 )	A	A	184 - 222	184 - 220
3	3	chain 'A' and (resid 223 through 321 )	A	A	223 - 321	221 - 319
4	4	chain 'A' and (resid 322 through 405 )	A	A	322 - 405	320 - 394
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 94 )	B	B	1 - 94	1 - 94
6	6	chain 'B' and (resid 95 through 200 )	B	B	95 - 200	95 - 200
7	7	chain 'B' and (resid 201 through 321 )	B	B	201 - 321	201 - 321
8	8	chain 'B' and (resid 322 through 403 )	B	B	322 - 403	322 - 393

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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