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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8csb | ||||||
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Title | WbbB D232N in complex with CMP-beta-Kdo | ||||||
![]() | N-acetyl glucosaminyl transferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Glycsoyltransferase / retaining / donor complex | ||||||
Function / homology | Capsule polysaccharide biosynthesis / Capsule polysaccharide biosynthesis protein / polysaccharide transport / polysaccharide biosynthetic process / transferase activity / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Chem-CMK / PHOSPHATE ION / Putative N-acetyl glucosaminyl transferase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Forrester, T.J.B. / Kimber, M.S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The retaining beta-Kdo glycosyltransferase WbbB uses a double-displacement mechanism with an intermediate adduct rearrangement step. Authors: Forrester, T.J.B. / Ovchinnikova, O.G. / Li, Z. / Kitova, E.N. / Nothof, J.T. / Koizumi, A. / Klassen, J.S. / Lowary, T.L. / Whitfield, C. / Kimber, M.S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 399.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 274.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8cscC ![]() 8csdC ![]() 8cseC ![]() 8csfC ![]() 5fa1S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 46111.781 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D232N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-PO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.43 % / Description: prisms |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 100 mM NaCl, 100 mM HEPES, 1.6 M ammonium sulphate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Jul 28, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→48 Å / Num. obs: 41916 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 59.82 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 11.71 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.31 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 3016 / Rsym value: 0.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5FA1 Resolution: 2.25→47.99 Å / SU ML: 0.3629 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 28.9051 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 76.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.25→47.99 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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