PDB-8cru: PETase Ancestral Sequence Reconstruction 008

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cru

タイトル

PETase Ancestral Sequence Reconstruction 008

要素

Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

キーワード

HYDROLASE / PETase / ancestral sequence reconstruction

機能・相同性

CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Ideonella sakaiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Joho, Y. / Royan, S. / Caputo, A.T. / Ardevol Grau, A. / Jackson, C.

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Ancestral Sequence Reconstruction Identifies Structural Changes Underlying the Evolution of Ideonella sakaiensis PETase and Variants with Improved Stability and Activity.
著者: Joho, Y. / Vongsouthi, V. / Spence, M.A. / Ton, J. / Gomez, C. / Tan, L.L. / Kaczmarski, J.A. / Caputo, A.T. / Royan, S. / Jackson, C.J. / Ardevol, A.

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cru.cif.gz	276.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cru.ent.gz	170 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cru_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cru_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	8cru_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	8cru_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8cru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8cru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xjhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.013, 86.013, 88.924
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-764- HOH
2	1	A-796- HOH

#1: タンパク質	Poly(ethylene terephthalate) hydrolase 分子量: 28909.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ideonella sakaiensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 1.2 M Trisodium citrate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→44.46 Å / Num. obs: 93527 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 20.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.141 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.145 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 1900259 / Scaling rejects: 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.3-1.32	19.2	1.763	84198	4383	0.747	0.404	1.81	1.4	95.6
7.12-44.46	17.3	0.043	11428	660	0.999	0.01	0.044	48.5	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5XJH

5xjh

解像度: 1.3→43.044 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.986 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.982 / WR_factor R_free: 0.124 / WR_factor R_work: 0.104 / SU B: 1.141 / SU ML: 0.02 / Average fsc free: 0.9847 / Average fsc work: 0.9883 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1331	4683	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1108	88786	-	-
all	0.112	-	-	-
obs	-	93469	99.894 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.049 Å²	0.024 Å²	0 Å²
2-	-	0.049 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→43.044 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1955	0	13	400	2368

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	2111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.025	0.016	1821
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.669	1.633	2902
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	1.545	4306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.159	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.774	10	12
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.684	10	322
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	18.93	10	79
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	416
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.197	0.2	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.145	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.149	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	55
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.976	1.165	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.942	1.165	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.096	1.763	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.103	1.767	1390
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.824	1.368	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.823	1.365	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.021	1.968	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.02	1.969	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.581	28.353	2600
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.227	18.761	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.773	3	3932

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.3-1.334	0.257	360	0.213	6401	0.216	6843	0.961	0.968	98.8017	0.211
1.334-1.37	0.205	328	0.195	6305	0.196	6633	0.974	0.974	100	0.193
1.37-1.41	0.198	309	0.181	6221	0.182	6530	0.974	0.978	100	0.177
1.41-1.453	0.18	265	0.157	6057	0.158	6322	0.979	0.984	100	0.149
1.453-1.501	0.169	339	0.134	5739	0.136	6078	0.982	0.988	100	0.123
1.501-1.554	0.152	297	0.125	5639	0.126	5936	0.985	0.99	100	0.112
1.554-1.612	0.138	287	0.111	5452	0.113	5739	0.988	0.992	100	0.098
1.612-1.678	0.133	270	0.104	5252	0.105	5522	0.989	0.993	100	0.091
1.678-1.752	0.129	277	0.092	5043	0.094	5320	0.991	0.995	100	0.08
1.752-1.838	0.113	314	0.087	4726	0.089	5040	0.992	0.995	100	0.076
1.838-1.937	0.118	243	0.087	4606	0.089	4849	0.991	0.996	100	0.077
1.937-2.054	0.092	212	0.085	4361	0.085	4573	0.994	0.996	100	0.077
2.054-2.196	0.106	189	0.083	4122	0.084	4311	0.993	0.996	100	0.075
2.196-2.371	0.1	205	0.084	3816	0.085	4021	0.994	0.996	100	0.078
2.371-2.597	0.128	198	0.094	3512	0.096	3710	0.991	0.995	100	0.088
2.597-2.902	0.138	164	0.11	3213	0.112	3377	0.989	0.993	100	0.107
2.902-3.348	0.127	129	0.107	2871	0.108	3000	0.991	0.993	100	0.108
3.348-4.095	0.109	123	0.088	2415	0.089	2538	0.993	0.995	100	0.093
4.095-5.765	0.124	126	0.11	1898	0.111	2024	0.993	0.994	100	0.119
5.765-43.044	0.178	48	0.193	1137	0.193	1186	0.978	0.978	99.9157	0.211

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