PDB-8crp: Streptavidin WT Co-TAML artificial metalloenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8crp

タイトル

Streptavidin WT Co-TAML artificial metalloenzyme

要素

Streptavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Streptavidin / Biotin / Artificial Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Igareta, N.V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptavidin WT Co-TAML artificial metalloenzyme
著者: Igareta, N.V.

履歴

登録	2023年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8crp.cif.gz	196.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8crp.ent.gz	152.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8crp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8crp_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8crp_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8crp_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	8crp_validation.cif.gz	30.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8crp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8crp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8crn
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

68.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.499, 57.701, 57.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.442, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16437.836 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-VJL / Co-linked Tetra-amido macrocyclic ligand 分子量: 670.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₇CoN₇O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 4.0 for soaking pH adjustment to pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.99988 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99988 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→45.954 Å / Num. obs: 40202 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 10.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.94-45.91	6.7	0.044	3344	0.997	0.026	0.051
2-2.05	7	1.377	20880	0.577	0.852	1.624

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→45.954 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.215 / WR_factor R_work: 0.2 / SU B: 4.528 / SU ML: 0.122 / Average fsc free: 0.9606 / Average fsc work: 0.9697 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	1957	4.87 %
R_work	0.2018	38225	-
all	0.202	-	-
obs	-	40182	97.835 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.897 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.86 Å²	0 Å²	0.445 Å²
2-	-	-0.756 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.954 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3696	0	191	77	3964

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3992
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.741	1.733	5522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.495	1.557	7364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.539	5	488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.811	5	20
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.949	10	512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.227	10	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.245	0.2	656
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.207	0.2	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.2	0.2	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1976
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.118	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.086	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.007	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.337	4.06	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.336	4.061	1957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.661	6.073	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.66	6.075	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.8	4.783	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.604	4.672	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.165	7.182	3082
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.876	6.979	2981
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.144	53.868	4419
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.915	50.956	4359

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.301	139	0.267	2849	0.269	3047	0.938	0.957	98.0637	0.268
2.052-2.108	0.343	103	0.282	2706	0.285	2888	0.925	0.948	97.2645	0.279
2.108-2.169	0.304	110	0.258	2693	0.26	2853	0.942	0.957	98.2475	0.252
2.169-2.236	0.238	173	0.255	2571	0.254	2796	0.959	0.959	98.1402	0.245
2.236-2.309	0.289	139	0.253	2544	0.255	2733	0.949	0.962	98.1705	0.243
2.309-2.39	0.271	110	0.215	2433	0.217	2581	0.952	0.971	98.5277	0.197
2.39-2.48	0.249	119	0.202	2344	0.204	2502	0.97	0.975	98.4412	0.183
2.48-2.58	0.274	78	0.217	2277	0.218	2401	0.956	0.973	98.0841	0.191
2.58-2.695	0.27	94	0.218	2012	0.22	2329	0.952	0.973	90.4251	0.191
2.695-2.826	0.225	115	0.189	2089	0.191	2218	0.965	0.977	99.3688	0.17
2.826-2.978	0.272	78	0.191	2022	0.195	2113	0.958	0.977	99.3848	0.176
2.978-3.158	0.215	126	0.19	1894	0.191	2032	0.973	0.978	99.4094	0.178
3.158-3.375	0.133	77	0.18	1787	0.177	1873	0.988	0.98	99.5195	0.173
3.375-3.644	0.209	126	0.182	1613	0.184	1761	0.976	0.979	98.7507	0.183
3.644-3.989	0.238	94	0.17	1500	0.173	1620	0.971	0.983	98.3951	0.179
3.989-4.455	0.189	87	0.168	1403	0.17	1511	0.972	0.984	98.6102	0.186
4.455-5.137	0.143	69	0.168	1086	0.167	1273	0.987	0.985	90.7306	0.196
5.137-6.272	0.203	69	0.18	1054	0.182	1135	0.978	0.982	98.9427	0.207
6.272-8.788	0.158	38	0.204	838	0.202	876	0.985	0.976	100	0.235
8.788-45.954	0.326	13	0.28	510	0.281	525	0.949	0.962	99.619	0.32

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関連情報:EMDBヘッダ

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