PDB-8crn: Streptavidin S112Y Co-TAML artificial metalloenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8crn

タイトル

Streptavidin S112Y Co-TAML artificial metalloenzyme

要素

Streptavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Streptavidin / Biotin / Artificial Metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Igareta, N.V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Streptavidin S112Y Co-TAML artificial metalloenzyme
著者: Igareta, N.V.

履歴

登録	2023年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8crn.cif.gz	197 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8crn.ent.gz	152.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8crn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8crn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/8crn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

B: Streptavidin

C: Streptavidin

D: Streptavidin

ヘテロ分子

68.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.510, 57.615, 57.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.415, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 16513.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物	ChemComp-VJL / Co-linked Tetra-amido macrocyclic ligand 分子量: 670.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₃₇CoN₇O₆S
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.0 2 M ammonium sulfate soaking with pH change to pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.99988 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99988 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→45.964 Å / Num. obs: 40299 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
8.94-45.92	6	0.044	492	0.997	0.028	0.052
2-2.05	6.5	0.856	3007	0.718	0.548	1.02

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→45.964 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.009 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.137 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2083	1947	4.832 %
R_work	0.1873	38344	-
all	0.188	-	-
obs	-	40291	98.371 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.224 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.561 Å²	0 Å²	0.936 Å²
2-	-	-1.759 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.161 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→45.964 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3676	0	182	126	3984

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	3968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	3156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.991	1.734	5494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.538	1.556	7296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.705	5	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.206	5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.205	10	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.864	10	168
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.208	0.2	2972
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.204	0.2	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.059	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.125	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.221	3.604	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.22	3.605	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.471	5.394	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.47	5.396	2421
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.895	4.395	2028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.479	4.264	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.129	6.641	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.435	6.401	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.911	46.668	4513
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.346	45.587	4445

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.301	139	0.243	2852	0.246	3020	0.938	0.957	99.0397	0.235
2.052-2.108	0.302	93	0.241	2742	0.243	2870	0.93	0.957	98.7805	0.229
2.108-2.169	0.258	115	0.234	2704	0.235	2859	0.952	0.96	98.6009	0.221
2.169-2.236	0.204	173	0.215	2579	0.214	2795	0.971	0.968	98.4615	0.199
2.236-2.309	0.268	132	0.204	2548	0.207	2715	0.949	0.97	98.7109	0.19
2.309-2.39	0.253	112	0.194	2453	0.196	2587	0.956	0.976	99.1496	0.179
2.39-2.479	0.244	116	0.181	2346	0.184	2493	0.968	0.978	98.7565	0.165
2.479-2.58	0.217	85	0.181	2256	0.182	2405	0.976	0.981	97.3389	0.162
2.58-2.695	0.226	95	0.192	2056	0.194	2312	0.964	0.977	93.0363	0.175
2.695-2.826	0.245	114	0.173	2105	0.177	2225	0.964	0.981	99.7303	0.162
2.826-2.978	0.24	76	0.166	2014	0.169	2097	0.96	0.981	99.6662	0.157
2.978-3.158	0.204	129	0.182	1907	0.183	2041	0.977	0.979	99.755	0.176
3.158-3.375	0.189	73	0.187	1794	0.187	1874	0.985	0.978	99.6265	0.184
3.375-3.644	0.21	132	0.176	1583	0.179	1730	0.978	0.981	99.1329	0.177
3.644-3.989	0.21	91	0.159	1516	0.161	1623	0.979	0.986	99.0142	0.165
3.989-4.455	0.186	85	0.166	1403	0.167	1509	0.978	0.984	98.6084	0.179
4.455-5.137	0.155	71	0.166	1097	0.165	1278	0.985	0.986	91.3928	0.183
5.137-6.271	0.216	66	0.18	1049	0.181	1123	0.963	0.981	99.2876	0.199
6.271-8.788	0.107	38	0.199	832	0.193	873	0.993	0.976	99.6564	0.227
8.788-45.964	0.319	12	0.254	508	0.256	525	0.891	0.96	99.0476	0.289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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