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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cri | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LplA1 in complex with lipoic acid (Listeria monocytogenes) | ||||||
![]() | lipoate--protein ligase | ||||||
![]() | LIGASE / LIPOATE / SALVAGE / ANTI-INFECTIVES / DRUG DEVELOPMENT | ||||||
機能・相同性 | ![]() lipoyltransferase activity / lipoate-protein ligase / lipoate-protein ligase activity / protein modification process / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dienemann, J.-N. / Chen, S.-Y. / Hitzenberger, M. / Sievert, M.L. / Hacker, S.M. / Prigge, S.T. / Zacharias, M. / Groll, M. / Sieber, S.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A Chemical Proteomic Strategy Reveals Inhibitors of Lipoate Salvage in Bacteria and Parasites. 著者: Dienemann, J.N. / Chen, S.Y. / Hitzenberger, M. / Sievert, M.L. / Hacker, S.M. / Prigge, S.T. / Zacharias, M. / Groll, M. / Sieber, S.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 253.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 203.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 741.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 747.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8crjC ![]() 8crlC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38419.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AF817_03905, AF817_17765, APD94_04200, APD94_16795, D4271_05835, D4271_17085, D4C60_07100, D4C60_17245, D4D89_06525, D4D89_17125, D4U23_01750, D4U23_16900, E0I39_06590, E0I39_16500, E1V33_ ...遺伝子: AF817_03905, AF817_17765, APD94_04200, APD94_16795, D4271_05835, D4271_17085, D4C60_07100, D4C60_17245, D4D89_06525, D4D89_17125, D4U23_01750, D4U23_16900, E0I39_06590, E0I39_16500, E1V33_06915, E1W43_02450, E1W43_16025, FJU19_06430, FJU19_16220, FORC68_0962, G3R95_001339, G3R95_003435, GON91_05790, GT011_03885, GT011_16715, GXB45_04655, GXB45_16710, GYP27_11270, GYP27_15895, GYU24_04270, GYU24_17075 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 104分子 ![](data/chem/img/LPA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-LPA / |
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#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM NH4Cl, 2.2 M (NH4)2SO4 / PH範囲: 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 44270 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5813 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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