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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8crg
タイトルE. coli adenylate kinase in complex with two ADP molecules as a result of enzymatic AP4A hydrolysis
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / phosphotransferase / energy metabolism / AP4A hydrolysis / potential moonlighting protein
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage ...purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / リン酸化 / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Oelker, M. / Tischlik, S. / Wolf-Watz, M. / Sauer-Eriksson, A.E.
資金援助 スウェーデン, European Union, 3件
組織認可番号国
Swedish Research Council2021-04513_VR スウェーデン
European Research Council (ERC)772027-SPICE-ERC-2017-COGEuropean Union
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Insights into Enzymatic Catalysis from Binding and Hydrolysis of Diadenosine Tetraphosphate by E. coli Adenylate Kinase.
著者: Tischlik, S. / Oelker, M. / Rogne, P. / Sauer-Eriksson, A.E. / Drescher, M. / Wolf-Watz, M.
履歴
登録2023年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_validate_planes
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22023年8月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_validate_planes
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_validate_planes.type
改定 2.02023年10月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / struct_conf / struct_mon_prot_cis / struct_ref_seq / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _entity_poly.pdbx_strand_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_asym_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_validate_planes.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1587
ポリマ－47,2402
非ポリマー1,9185
水8,863492
1
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6844
ポリマ－23,6201
非ポリマー1,0643
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4743
ポリマ－23,6201
非ポリマー8542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.810, 77.360, 59.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.484, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase


分子量: 23620.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: adk, dnaW, plsA, b0474, JW0463
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P69441, adenylate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MPO / 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID / MOPS / MOPS (緩衝剤)


分子量: 209.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20 % (w/v) PEG 3350, 100 mM Bis-tris propane pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→37.61 Å / Num. obs: 285900 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.67 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 15.31
反射 シェル解像度: 1.49→1.53 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 21040 / CC1/2: 0.515 / Rpim(I) all: 0.542 / Rrim(I) all: 1.085 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP11位相決定
Coot0.9.8.6モデル構築
REFMAC5.0.32精密化
PHENIX1.19.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.49→37.61 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1907 2076 2.5 %
Rwork0.1632 80973 -
obs0.1639 83049 99.19 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.49→37.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 121 492 3925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00933740
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29675095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0197659
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.8478580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.49-1.520.29991370.27385359X-RAY DIFFRACTION98.78
1.52-1.560.26481370.26515342X-RAY DIFFRACTION98.93
1.56-1.610.26961380.25465365X-RAY DIFFRACTION98.96
1.61-1.650.26411380.23035395X-RAY DIFFRACTION99.05
1.65-1.710.26731380.21015356X-RAY DIFFRACTION99.19
1.71-1.770.22971380.19265374X-RAY DIFFRACTION99.21
1.77-1.840.1951380.18615418X-RAY DIFFRACTION99.3
1.84-1.920.22861390.18795395X-RAY DIFFRACTION99.53
1.92-2.020.18321380.1745393X-RAY DIFFRACTION99.53
2.02-2.150.18041390.16885421X-RAY DIFFRACTION99.48
2.15-2.310.18121380.15495396X-RAY DIFFRACTION99.41
2.31-2.550.20641390.16165417X-RAY DIFFRACTION99.5
2.55-2.920.19941400.16485446X-RAY DIFFRACTION99.41
2.92-3.670.18671390.15015424X-RAY DIFFRACTION99.22
3.67-37.610.15941400.13755472X-RAY DIFFRACTION98.44
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.330065025530.229497753168-0.5468089506361.7108432359-0.7907737881073.201133098560.115695088176-0.1594875846230.2879729694040.162627806347-0.04277325954480.167893953458-0.285793640765-0.0582627027449-0.07634742072760.1790808729270.006556614040970.008755894522480.144508253051-0.01385734711540.192258533943-22.8984820054.780598193434.43080537297
25.303802573625.05934919879-1.322146505945.268926447560.2929628250245.2236328593-0.4505348487080.370131066036-0.274255699311-0.8512398676640.0727837686275-0.3208356952770.3791642655110.1769331530730.3837038045520.317596228592-0.008111412338130.01267369933350.3524390933520.02366284294180.274707449081-9.387337083940.237894645848-8.98437609919
36.30785761761-1.097832647521.195506844096.284570564512.190173387576.442265022170.00488600908658-0.07312769368110.122183651674-0.156006405290.18360037172-0.535834491428-0.1281835906470.538658888327-0.2148233475510.108599757661-0.006236401162660.02248835228290.146652767370.03035846951930.13485823044-10.5049068-3.033033911082.7622120392
41.48797505533-0.622059570038-0.06893784302492.224809127280.1579885403762.87018503072-0.0685687235267-0.2852796835460.04410640311950.1000116582250.132243738717-0.00779180126078-0.04658340002110.0859725917574-0.061961779030.162290822089-0.007994130409550.01005650878220.177014373111-0.001848590350320.151601848762-19.6527265669-3.1436711311310.6944890925
51.16432316368-2.166477825111.34087724533.31994063047-2.468816704782.507886179510.08446009606590.0505552299380.269240468763-0.324223718367-0.00453787297267-0.0168515819750.08039885982060.0240213119904-0.08490012857360.2404488535550.0237210931609-0.0148800970240.2139716769360.002682841134740.321362073964-29.84742765557.62276009278-8.92831728124
65.371732074480.6185963158140.8683234668357.19692378731-4.971140228137.619292322720.036214442650.400947833843-0.258097619709-0.849191038223-0.0555736682190.05536131731021.107769139320.108855808403-0.006859845012770.316659556683-0.00372237803841-0.0295874714090.203279181009-0.06730234258380.217666212086-25.0172016979-10.4406521828-7.86955141085
72.292430697-1.054196957470.9103056209943.77958914944-1.788358608482.60363619904-0.106319452717-0.164168143226-0.0933322406030.288364132080.2376484349610.413188644775-0.0830155650014-0.453924415323-0.1315199756680.154031477762-0.02388055473140.0448679862120.24900429240.02818609355240.22024918246-31.7451388844-4.803965194711.5656791603
88.14370703637-1.10483604267-2.41299479774.964844009160.374292924773.328632503950.09840089268990.1573431457010.390860010278-0.33964992082-0.1083519775250.130590720485-0.422733998558-0.2115267550470.009679081381780.2475520675630.0372052160588-0.03961396195050.163437441878-0.01432012321570.144202173804-7.695327906922.739235994-28.8515729266
93.279923196151.897826810851.571335741795.17064737572.216827510722.804937046760.1313551228510.0234048255908-0.6396740999270.2749674968020.164312896258-0.5193707663150.09942015997310.265001453008-0.242713575940.144988734632-0.02588821647830.0009350790871930.190067415117-0.01993511832940.2148591896694.166296377822.7269072721-12.2376939529
106.316409440140.05867976531491.743904623086.95251427887-1.011990384043.670500463130.136590132452-0.555470222592-0.1003584378040.380739799048-0.0592348872096-0.394485921195-0.0150830444391-0.00731357017833-0.1380793185930.162113799693-0.05021992423410.01481991384440.213223473151-0.000578044179550.148194871787-3.0865641075515.7893927024-11.1409943797
113.11019393639-0.974596772099-0.1255907602654.49328555417-0.226463790732.262706485430.0530581121741-0.296596505420.1153792227430.0674433907753-0.1163069744320.297127115572-0.125528401589-0.195673412720.04200967488470.1351630289120.002458311222370.01277978499730.204559405682-0.04919365983130.159332248167-10.786108850216.8807667156-17.3173781087
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11{ A|1-41 }AA1 - 411 - 41
22{ A|42-54 }AA42 - 5442 - 54
33{ A|55-73 }AA55 - 7355 - 73
44{ A|74-112 }AA74 - 11274 - 112
55{ A|113-160 }AA113 - 160113 - 160
66{ A|161-174 }AA161 - 174161 - 174
77{ A|175-214 }AA175 - 214175 - 214
88{ B|1-26 }BB1 - 261 - 26
99{ B|27-55 }BB27 - 5527 - 55
1010{ B|56-72 }BB56 - 7256 - 72
1111{ B|73-98 }BB73 - 9873 - 98
1212{ B|99-112 }BB99 - 11299 - 112
1313{ B|113-134 }BB113 - 134113 - 134
1414{ B|135-160 }BB135 - 160135 - 160
1515{ B|161-174 }BB161 - 174161 - 174
1616{ B|175-187 }BB175 - 187175 - 187
1717{ B|188-214 }BB188 - 214188 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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