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- PDB-8cq9: Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cq9
タイトルMycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase in complex with 5-(cyclopropylethynyl)-6-(4-(trifluoromethyl)phenyl)pyrimidine-2,4-diamine
要素Dihydrofolate reductase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Dihydrofolate reductase Mycobacterium tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-NDP / : / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Kirkman, T.J. / Dias, M.V.B. / Coyne, A.G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Expansion of a series of pyrimidine derivatives utilising fragment-based merging leads to increased affinity to Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase (unpublished currently)
著者: Kirkman, T.J. / Dias, M.V.B. / Coyne, A.G.
履歴
登録2023年3月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydrofolate reductase
B: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,61513
ポリマ－35,7872
非ポリマー2,82911
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area14950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)61.658, 71.068, 72.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase


分子量: 17893.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: folA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0E8UVJ4

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非ポリマー , 6種, 266分子

#2: 化合物 ChemComp-VFU / 5-[(~{E})-2-cyclopropylethenyl]-6-[4-(trifluoromethyl)phenyl]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 320.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15F3N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M ammonium sulphate, 100 mM MES, 10 mM CoCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→46.95 Å / Num. obs: 32762 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 394870
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 1.092 / Num. measured all: 14871 / Num. unique obs: 1718 / CC1/2: 0.734 / Rpim(I) all: 0.387 / Rrim(I) all: 1.162 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I) obs: 2.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.18.2_精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→36.22 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2276 1600 4.89 %
Rwork0.1987 --
obs0.2001 32690 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 0 167 255 2910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092722
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3523726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.065397
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075386
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009469
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.810.29291390.23212734X-RAY DIFFRACTION97
1.81-1.870.25411590.22322757X-RAY DIFFRACTION100
1.87-1.950.25951410.21412819X-RAY DIFFRACTION100
1.95-2.030.23561370.20992789X-RAY DIFFRACTION100
2.03-2.140.26031560.20832787X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.280.21411230.20062841X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.450.2581330.20652830X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.70.23741430.21212832X-RAY DIFFRACTION100
2.7-3.090.2177960.21092900X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.890.2231780.18452839X-RAY DIFFRACTION100
3.89-36.220.20281950.17992962X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.1907 Å / Origin y: 0.2436 Å / Origin z: 17.8427 Å
111213212223313233
T0.1738 Å2-0.0028 Å2-0.0223 Å2-0.1558 Å2-0.0046 Å2--0.1467 Å2
L1.2483 °2-0.2416 °2-0.4973 °2-0.4423 °20.0446 °2--0.2562 °2
S-0.0076 Å °-0.0138 Å °-0.0062 Å °-0.0038 Å °0.0039 Å °-0.0449 Å °0.0248 Å °0.0181 Å °0.0073 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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