PDB-8cq4: Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from J...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cq4

タイトル

Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from Janthinobacterium sp. HH01

要素

Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from Janthinobacterium sp. HH01

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / chorismate mutase / cyclohexadienyl dehydratase / chorismate mutase/cyclohexadienyl dehydratase / cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase / bifunctional chorismate mutase / bifunctional cyclohexadienyl dehydratase / bifunctional enzyme / shikimate pathway enzymes / metabolic enzymes / aromatic amino acid synthesis / protein crystal structure

生物種

Janthinobacterium sp. HH01 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Khatanbaatar, T. / Cordara, G. / Krengel, U.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Novel exported fusion enzymes with chorismate mutase and cyclohexadienyl dehydratase activity: Shikimate pathway enzymes teamed up in no man's land.
著者: Stocker, C. / Khatanbaatar, T. / Bressan, L. / Wurth-Roderer, K. / Cordara, G. / Krengel, U. / Kast, P.

履歴

登録	2023年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cq4.cif.gz	105.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cq4.ent.gz	77.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cq4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cq4_validation.pdf.gz	781.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cq4_full_validation.pdf.gz	786.7 KB	表示
XML形式データ	8cq4_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	8cq4_validation.cif.gz	26.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cq/8cq4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8cq3C 8cq6C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from Janthinobacterium sp. HH01

ヘテロ分子

47.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.584, 73.985, 131.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional cyclohexadienyl dehydratase/chorismate mutase from Janthinobacterium sp. HH01 分子量: 47051.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MES: 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid 由来: (組換発現) Janthinobacterium sp. HH01 (バクテリア) 遺伝子: ELX09769.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KA29 / 参照: prephenate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.8 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% w/v PEG 20 000 20% v/v PEG MME 550 0.03 M Sodium nitrate 0.03 M Disodium hydrogen phosphate 0.03 M Ammonium sulfate 0.1 M MES/imidazole pH 6.5 (Morpheus buffer 1) 3.5 mg/mL protein in 20 mM TRIS-HCl, pH 8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→65.6 Å / Num. obs: 35076 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.65→1.83 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1754 / CC_1/2: 0.542 / % possible all: 54.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.65→65.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 3.091 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2453	1717	4.895 %
R_work	0.1917	33359	-
all	0.194	-	-
obs	-	35076	72.148 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.766 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.076 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.113 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.036 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→65.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3066	0	12	154	3232

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.658	1.65	4838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.545	1.575	7831
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.372	5	462
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.515	5	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.359	10	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.212	10	173
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	782
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	3041
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1865
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	191
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.405	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.27	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	100
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.916	2.782	1761
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.91	2.781	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.874	4.985	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.874	4.985	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.609	3.157	1768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.609	3.156	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.382	5.64	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.381	5.64	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.306	28.545	4055
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.306	28.546	4056

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.305	2	0.289	159	X-RAY DIFFRACTION	4.5048
1.691-1.738	0.348	19	0.315	315	X-RAY DIFFRACTION	9.7804
1.738-1.788	0.394	19	0.277	509	X-RAY DIFFRACTION	15.7706
1.788-1.843	0.279	50	0.285	942	X-RAY DIFFRACTION	30.0788
1.843-1.903	0.288	96	0.272	1895	X-RAY DIFFRACTION	63.1062
1.903-1.97	0.276	143	0.266	2340	X-RAY DIFFRACTION	81.5703
1.97-2.045	0.307	152	0.23	2635	X-RAY DIFFRACTION	93.5863
2.045-2.128	0.262	133	0.213	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.128-2.222	0.247	136	0.196	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.222-2.331	0.246	111	0.186	2503	X-RAY DIFFRACTION	99.9618
2.331-2.457	0.236	107	0.185	2401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.457-2.605	0.268	114	0.184	2265	X-RAY DIFFRACTION	100
2.605-2.785	0.241	115	0.193	2126	X-RAY DIFFRACTION	99.9554
2.785-3.008	0.235	92	0.191	2008	X-RAY DIFFRACTION	99.9524
3.008-3.294	0.284	114	0.194	1816	X-RAY DIFFRACTION	100
3.294-3.682	0.256	88	0.189	1699	X-RAY DIFFRACTION	99.9441
3.682-4.249	0.223	72	0.164	1483	X-RAY DIFFRACTION	100
4.249-5.199	0.191	67	0.149	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
5.199-7.329	0.229	58	0.204	1010	X-RAY DIFFRACTION	99.9065
7.329-65.6	0.222	29	0.21	620	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)