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- PDB-8cpn: Crystal structure of the PolB16_OarG intein variant S1A, N183A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cpn
タイトルCrystal structure of the PolB16_OarG intein variant S1A, N183A
要素PolB16 intein
キーワードSPLICING / split intein / ligation / protein engineering (タンパク質工学)
機能・相同性IODIDE ION
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノミクス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kattelmann, S. / Pasch, T. / Mootz, H.D. / Kummel, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)MO1073/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical analysis of a novel atypically split intein reveals a conserved histidine specific to cysteine-less inteins.
著者: Pasch, T. / Schroder, A. / Kattelmann, S. / Eisenstein, M. / Pietrokovski, S. / Kummel, D. / Mootz, H.D.
履歴
登録2023年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PolB16 intein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,27415
ポリマ－23,4981
非ポリマー1,77714
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area9210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.425, 69.425, 79.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PolB16 intein


分子量: 23497.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノミクス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物


分子量: 126.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Phosphate/citrate pH 4.2 38% EtOH 5% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 36175 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 9.3 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 19.31
反射 シェル解像度: 1.85→1.96 Å / Num. unique obs: 5587 / CC1/2: 0.721

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→33.06 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2474 1785 4.94 %
Rwork0.2109 --
obs0.2128 36161 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1273 0 14 46 1333
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0161300
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3441750
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.0911097
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087201
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89840.4381250.40732368X-RAY DIFFRACTION89
1.8984-1.95430.37041370.33472672X-RAY DIFFRACTION99
1.9543-2.01740.30361360.26732657X-RAY DIFFRACTION100
2.0174-2.08950.321370.2352683X-RAY DIFFRACTION100
2.0895-2.17310.27661360.22392633X-RAY DIFFRACTION99
2.1731-2.2720.25261390.21942675X-RAY DIFFRACTION100
2.272-2.39170.2451420.22322692X-RAY DIFFRACTION100
2.3917-2.54150.26941320.23442636X-RAY DIFFRACTION100
2.5415-2.73770.23071430.23622667X-RAY DIFFRACTION100
2.7377-3.0130.24111410.23562690X-RAY DIFFRACTION100
3.013-3.44860.24531360.21582664X-RAY DIFFRACTION100
3.4486-4.34330.25371430.18242670X-RAY DIFFRACTION100
4.3433-33.060.21671380.18962669X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8634-0.41020.31195.4154.18783.55990.2328-0.2086-0.0540.6204-0.53420.00230.5017-0.02320.41030.512-0.07060.08020.4427-0.040.385426.1212.72737.593
21.86890.9850.90165.53115.41317.8030.0382-0.1832-0.14721.5507-0.0482-0.39191.37110.00580.0150.7721-0.06230.01240.48980.00960.386429.26710.88441.766
37.8562-6.22643.54815.7195-1.7753.0081.0449-1.3138-0.75572.0652-0.50891.62291.3634-0.41261.04151.6568-0.28860.45630.8835-0.08720.653417.726-1.38945.966
41.41220.60950.56025.74492.33024.82320.1187-0.34030.10361.1014-0.47520.5610.7957-0.68830.24670.4664-0.09420.13020.3929-0.12970.439921.5068.31332.947
54.83191.8837-1.4999.2745-1.22678.23730.3620.25990.6443-0.1536-0.16780.328-0.52610.34070.13640.33650.03450.03220.4219-0.01290.369429.79812.99917.434
67.76451.07362.00044.70083.99779.22160.18570.0635-0.7669-0.4495-0.57390.55590.4826-1.03070.4410.52160.0377-0.02830.5957-0.13270.617318.9178.63918.948
72.8182.61362.39058.61764.97373.3875-0.16280.14840.5094-1.2271-0.2679-0.0619-0.888-0.09270.44840.48390.00610.00180.4246-0.07730.567125.17820.39420.933
81.61741.4691-0.02466.16240.55379.00340.1181-0.2418-0.22150.6998-0.34490.36481.65070.07280.3430.6169-0.0050.07330.373-0.05090.503223.527-0.91228.03
94.2353-0.9298-2.26693.15050.79897.05130.08760.15030.18490.4226-0.42580.95750.0219-1.45520.27560.3384-0.02490.10580.516-0.1850.595117.58412.71929.212
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 10:27 )A10 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 28:46 )A28 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 47:55 )A47 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 56:88 )A56 - 88
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 98:112 )A98 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 131:151 )A131 - 151
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 152:161 )A152 - 161
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 162:180 )A162 - 180
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 181:185 )A181 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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