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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cpa | ||||||
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タイトル | COMPARISON OF THE STRUCTURES OF THREE CARBOXYPEPTIDASE A-PHOSPHONATE COMPLEXES DETERMINED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY | ||||||
要素 | CARBOXYPEPTIDASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE(C-TERMINAL PEPTIDASE) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 carboxypeptidase A / leukotriene metabolic process / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, H. / Lipscomb, W.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Comparison of the structures of three carboxypeptidase A-phosphonate complexes determined by X-ray crystallography. 著者: Kim, H. / Lipscomb, W.N. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991 タイトル: Synthesis and Evaluation of an Inhibitor of Carboxypeptidase a with a KI Value in the Femtomolar Range 著者: Kaplan, A.P. / Bartlett, P.A. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990 タイトル: Crystal Structure of the Complex of Carboxypeptidase a with a Strongly Bound Phosphonate in a New Crystalline Form: Comparison with Structures of Other Complexes 著者: Kim, H. / Lipscomb, W.N. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983 タイトル: Refined Crystal Structure of Carboxypeptidase a at 1.54 Angstroms Resolution 著者: Rees, D.C. / Lewis, M. / Lipscomb, W.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cpa.cif.gz | 79.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cpa.ent.gz | 59.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cpa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cpa_validation.pdf.gz | 466.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cpa_full_validation.pdf.gz | 479.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8cpa_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cpa_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cpa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cpa | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: SER 197 - TYR 198 OMEGA ANGLE = 1.464 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: ARG 272 - ASP 273 OMEGA ANGLE = 357.278 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: RESIDUE PRO 205 IS A CIS PROLINE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34442.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00730, carboxypeptidase A |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-AGF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE: THE SEQUENCE WAS OBTAINED FROM REFERENCE 4. DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE: THE SEQUENCE WAS OBTAINED FROM REFERENCE 4. DIFFERENCE |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: referred to 'Kim, H.', (1990) Biochemistry, 29, 5546-5555 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.186 / Rfactor obs: 0.186 / 最高解像度: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.9 |