PDB-8cp9: 1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (AnmK)in complex with no...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cp9

タイトル

1,6-anhydro-n-actetylmuramic acid kinase (AnmK)in complex with non-hydrolyzable AMPPNP.

要素

Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

キーワード

TRANSFERASE / Anhydro-sugar kinase Phosphotransferase ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / amino sugar metabolic process / phosphotransferase activity, alcohol group as acceptor / peptidoglycan turnover / kinase activity / phosphorylation / response to antibiotic / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Jimenez-Faraco, E. / Hermoso, J.A.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Catalytic process of anhydro-N-acetylmuramic acid kinase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: El-Araby, A.M. / Jimenez-Faraco, E. / Feltzer, R. / Martin-Garcia, J.M. / Karri, B.R. / Ramachandran, B. / Kim, C. / Fisher, J.F. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.

履歴

登録	2023年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cp9.cif.gz	367.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cp9.ent.gz	226.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cp9_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cp9_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8cp9_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	8cp9_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/8cp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8breC 8c0uC 8cpbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#50 - 2004年2月
解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

B: Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase

ヘテロ分子

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation, sedimentation velocity analytical ultracentrifugation (SV-AUC)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.940, 89.940, 176.958
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Anhydro-N-acetylmuramic acid kinase / AnhMurNAc kinase 分子量: 39473.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: GAGAG expresion tag in N-terminal. These five aminoacids should be renumbered from -4 to 0. 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: anmK, PA0666 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9I5Q5, anhydro-N-acetylmuramic acid kinase
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.32 % / 解説: Hexagonal crystals
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, Na/K tartrate 0.2M

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALBA

/ ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5356
pseudo-merohedral	2	2	-K, -H, -L	2	0.4644

反射

解像度: 2.2→47.024 Å / Num. obs: 41089 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 21

反射シェル

解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 1.717 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3557 / CC_1/2: 0.701 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS	v0.86	データ削減
Aimless	0.7.9	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→47.024 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.212 / WR_factor R_work: 0.172 / SU B: 8.792 / SU ML: 0.126 / Average fsc free: 0.9577 / Average fsc work: 0.9763 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.041 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.231	2042	4.975 %
R_work	0.1833	39006	-
all	0.186	-	-
obs	-	41048	99.981 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.845 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.845 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→47.024 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5401	0	64	123	5588

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	5594
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.015	0.016	5054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.159	1.625	7626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.64	1.552	11750
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.277	5	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.784	5	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.519	10	847
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.294	10	248
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	836
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6509
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.196	0.2	4833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	2712
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	2991
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.042	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.387	4.951	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.385	4.951	2847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.822	7.417	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.822	7.417	3552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.276	5.25	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.275	5.25	2747
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.69	7.77	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.69	7.77	4076
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.944	64.498	6245
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.932	64.366	6235

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.48	169	0.394	2872	X-RAY DIFFRACTION	99.9014
2.257-2.319	0.366	147	0.303	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
2.319-2.386	0.404	160	0.263	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.386-2.459	0.314	134	0.221	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.459-2.54	0.321	139	0.216	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.629	0.3	111	0.189	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.629-2.728	0.264	104	0.182	2420	X-RAY DIFFRACTION	100
2.728-2.84	0.275	134	0.195	2306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.966	0.259	143	0.178	2178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.966-3.11	0.238	98	0.196	2132	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.278	0.207	107	0.196	2004	X-RAY DIFFRACTION	100
3.278-3.477	0.272	82	0.19	1944	X-RAY DIFFRACTION	100
3.477-3.716	0.255	93	0.203	1782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.716-4.014	0.196	120	0.18	1629	X-RAY DIFFRACTION	100
4.014-4.396	0.195	68	0.153	1548	X-RAY DIFFRACTION	100
4.396-4.913	0.159	68	0.137	1402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.913-5.67	0.228	68	0.171	1236	X-RAY DIFFRACTION	99.9234
5.67-6.937	0.142	34	0.164	1062	X-RAY DIFFRACTION	100
6.937-9.781	0.153	40	0.133	814	X-RAY DIFFRACTION	100
9.781-47.024	0.155	23	0.152	459	X-RAY DIFFRACTION	99.177

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2614	-0.0274	0.0117	0.3599	-0.1404	0.2822	-0.0011	-0.003	0.0134	-0.117	-0.0113	0.0061	0.0309	0.0347	0.0124	0.0516	-0.0042	0.0182	0.0225	-0.024	0.0545	13.2817	-18.287	-1.4109
2	0.4507	-0.0696	0.2708	0.0704	-0.0132	0.2123	-0.0282	-0.1231	-0.0004	0.0233	0.0103	0.0479	-0.0177	-0.043	0.0179	0.0408	0.0007	0.0447	0.0711	-0.0083	0.0651	22.8217	-24.2172	38.6282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|1-363 }	A	1 - 363
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|1-363 }	B	1 - 363

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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