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万見
- PDB-8coe: complement C5 in complex with the LCP0195 nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8coe
タイトルcomplement C5 in complex with the LCP0195 nanobody
要素
  • Complement C5 alpha chain
  • Complement C5 beta chain
  • LCP0195
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / innate immunity (自然免疫系) / complement / terminal pathway / nanobody (ナノボディ) / antigen-antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors ...Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / 走化性 / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. ...: / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Α2-マクログロブリン / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Α2-マクログロブリン / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lama glama (ラマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Andersen, G.R. / Pedersen, D.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private2018 米国
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2023
タイトル: Characterization of the bispecific VHH antibody gefurulimab (ALXN1720) targeting complement component 5, and designed for low volume subcutaneous administration.
著者: Jindal, S. / Pedersen, D.V. / Gera, N. / Chandler, J. / Patel, R. / Neill, A. / Cone, J. / Zhang, Y. / Yuan, C.X. / Millman, E.E. / Carlin, D. / Puffer, B. / Sheridan, D. / Andersen, G.R. / Tamburini, P.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Complement C5 beta chain
A: Complement C5 alpha chain
B: LCP0195
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,8554
ポリマ－200,6333
非ポリマー2211
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11170 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area78460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)194.830, 194.830, 207.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Space group name HallI4bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: -y+1,x+1/2,z+5/4
#7: y+1,-x+1/2,z+5/4
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Complement C5 beta chain


分子量: 73361.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: T / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#2: タンパク質 Complement C5 alpha chain


分子量: 112635.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: T / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01031
#3: 抗体 LCP0195


分子量: 14636.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): Expi
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.94 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.025 M succinic acid pH 7.0 and 3.75% w/v polyethylene glycol 3350.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.2→48.71 Å / Num. obs: 28237 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 209.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1286 / Net I/σ(I): 11.94
反射 シェル解像度: 4.2→4.35 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 2.421 / Num. unique obs: 2779 / CC1/2: 0.413 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.2→48.71 Å / SU ML: 0.6131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 34.7373
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2689 1740 6.17 %
Rwork0.2481 26480 -
obs0.2493 28220 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 242.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.2→48.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13721 0 14 0 13735
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007414039
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.401619045
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11932153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00952428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.36351890
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.2-4.320.40871390.35012206X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.460.3611430.31282197X-RAY DIFFRACTION99.96
4.46-4.620.30551450.29372176X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.810.30331580.27962210X-RAY DIFFRACTION100
4.81-5.030.26071350.27092216X-RAY DIFFRACTION100
5.03-5.290.29531490.26512178X-RAY DIFFRACTION100
5.29-5.620.3061530.27752198X-RAY DIFFRACTION99.96
5.62-6.050.35791170.2982236X-RAY DIFFRACTION100
6.06-6.660.30211540.29682202X-RAY DIFFRACTION100
6.66-7.620.31891450.2972212X-RAY DIFFRACTION100
7.63-9.590.20811500.22842223X-RAY DIFFRACTION100
9.59-48.710.22831520.18952226X-RAY DIFFRACTION99.25
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.267662028891.40345663873-1.109684672761.87997697814-0.8651311047061.59027070874-0.133577202942-0.12111198216-0.4631217846050.04012717372-0.0913602476249-0.392106064824-0.1508955694190.4941186476850.2045219692712.052790875190.241341249045-0.0205932468332.153444036620.2991808194661.73430304134116.6335.752-2.49
26.83533117691-2.7143627819-2.574356069919.328043362622.357323824289.239792070810.650703244291-0.5907003306960.8708468898661.146679275341.00271547912-1.76610182701-1.083626655111.24408272652-1.67784911133.050279874160.08251521888660.07050644710923.71799316339-0.2363828912252.896896993891.39936.58942.158
39.2268116402-1.61276408351-6.557725662836.500240099984.190861647126.018799417760.2202490627510.8964639104321.20626116507-0.864685912289-0.1549118584790.2123340546560.0384293683072-0.155672533972-0.268365080131.739779533810.0457738818125-0.1999002825372.164370331030.5887214522681.758961248188.37838.627-9.092
42.411998357425.31334324305-2.104557742289.81137267006-1.155237930925.47709321775-0.3599440300090.3120328808090.442666394965-1.37589764445-0.5797178947320.656829125981-0.320713386597-0.7776490325030.6030404490982.283325056330.2813746693560.1674603360022.174993060670.3368565925633.2509081716561.50951.8128.687
53.31548321393-1.34248839241-0.3651563284523.531694622380.8410553476063.662999256810.0302256958176-0.373559857239-0.7625298527780.416924337655-0.06261779197321.305643241310.238490646344-0.8970390167910.06959846792151.75099394103-0.1114446410860.2669369647181.462596971430.2417618649122.23778309166.59210.80221.305
62.328046779216.164785959180.9687467289259.133654990092.637997907126.128705438981.05732394338-3.061052170370.4375070866391.83624117743-2.578941257652.519174074650.616137114566-2.471192356021.364736748082.889684601430.02678832114940.7204614115653.66156089027-0.3250614600073.3661186120826.16738.51327.682
78.686660527833.25658498747-0.2751994219889.7777700619-1.565764506417.880956047280.1515673931589.05143683474E-50.3924297474660.346211455751-0.215536865532-0.7419563185780.220766857373-0.3422781419740.2607512609792.33172083935-0.1188179383150.1329068389631.965562445690.2489527527322.00767701162131.75362.845-26.37
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 20:566 OR RESID 613:669 ) )C20 - 566
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN C AND ( RESID 20:566 OR RESID 613:669 ) )C613 - 669
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 680:760 )A680 - 760
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 761:820 ) OR ( CHAIN C AND RESID 567:612 )A761 - 820
5X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 761:820 ) OR ( CHAIN C AND RESID 567:612 )C567 - 612
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND ( RESID 821:931 OR RESID 2000:2000 ) )A821 - 931
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND ( RESID 821:931 OR RESID 2000:2000 ) )A2000
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 932:1511 )A932 - 1511
9X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1526:1676 )A1526 - 1676
10X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 2:125 )B2 - 125

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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