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- PDB-8co4: Crystal structure of apo S-nitrosoglutathione reductase from Arab... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8co4
タイトルCrystal structure of apo S-nitrosoglutathione reductase from Arabidopsis thalina
要素Alcohol dehydrogenase class-3
キーワードOXIDOREDUCTASE / nitrosoglutathione reductase / alcohol dehydrogenase class III / metalloprotein / zinc-binding enzyme / Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity, zinc-dependent / : / alcohol dehydrogenase / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase class III / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Alcohol dehydrogenase class-3
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fermani, S. / Fanti, S. / Carloni, G. / Rossi, J. / Falini, G. / Zaffagnini, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical characterization of Arabidopsis alcohol dehydrogenases reveals distinct functional properties but similar redox sensitivity.
著者: Meloni, M. / Rossi, J. / Fanti, S. / Carloni, G. / Tedesco, D. / Treffon, P. / Piccinini, L. / Falini, G. / Trost, P. / Vierling, E. / Licausi, F. / Giuntoli, B. / Musiani, F. / Fermani, S. / Zaffagnini, M.
履歴
登録2023年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase class-3
B: Alcohol dehydrogenase class-3
C: Alcohol dehydrogenase class-3
D: Alcohol dehydrogenase class-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,72930
ポリマ－162,9874
非ポリマー2,74226
水18,7361040
1
A: Alcohol dehydrogenase class-3
B: Alcohol dehydrogenase class-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,39919
ポリマ－81,4932
非ポリマー1,90617
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area30020 Å2
手法PISA
2
C: Alcohol dehydrogenase class-3
D: Alcohol dehydrogenase class-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,33011
ポリマ－81,4932
非ポリマー8369
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area30680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.600, 93.927, 167.484
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Alcohol dehydrogenase class-3 / Alcohol dehydrogenase class-III / Glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase / FALDH / FDH / ...Alcohol dehydrogenase class-III / Glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase / FALDH / FDH / GSH-FDH / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase


分子量: 40746.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ADH2, ADHIII, FDH1, At5g43940, MRH10.4 / 器官: cytoplasm / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96533, alcohol dehydrogenase, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる, S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase

-
非ポリマー , 6種, 1066分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1040 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Na(CH3COO), 0.1M Tris-HCl, 20% w/v PEG 4K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→81.92 Å / Num. obs: 110542 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 22.24 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.096 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.012 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5434 / CC1/2: 0.739 / Rpim(I) all: 0.717 / Rrim(I) all: 1.245 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PHENIX1.19rc7_4070精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→81.92 Å / SU ML: 0.2048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.8803
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2105 5383 4.88 %random
Rwork0.161 104990 --
obs0.1634 110373 99.79 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→81.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11396 0 155 1040 12591
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.010211935
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04516162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06821836
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00792073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.66171723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.920.30311900.23523511X-RAY DIFFRACTION99.78
1.92-1.940.2531390.22733413X-RAY DIFFRACTION99.58
1.94-1.970.26881690.21953497X-RAY DIFFRACTION99.73
1.97-1.990.28961900.20893434X-RAY DIFFRACTION99.67
1.99-2.020.24181860.19293469X-RAY DIFFRACTION99.81
2.02-2.050.29421820.193458X-RAY DIFFRACTION99.92
2.05-2.080.24012000.17443419X-RAY DIFFRACTION99.78
2.08-2.110.22931680.16833483X-RAY DIFFRACTION99.81
2.11-2.140.22651920.16613455X-RAY DIFFRACTION99.84
2.14-2.170.24442010.16893435X-RAY DIFFRACTION99.67
2.17-2.210.23711760.16633467X-RAY DIFFRACTION99.84
2.21-2.250.21731760.16943474X-RAY DIFFRACTION99.92
2.25-2.30.24291420.16543518X-RAY DIFFRACTION99.78
2.3-2.340.21621770.16523497X-RAY DIFFRACTION99.73
2.34-2.390.24341470.1673512X-RAY DIFFRACTION99.84
2.39-2.450.24551760.17253448X-RAY DIFFRACTION99.75
2.45-2.510.24191760.16893458X-RAY DIFFRACTION99.59
2.51-2.580.23612040.16153468X-RAY DIFFRACTION99.76
2.58-2.650.25282000.17483444X-RAY DIFFRACTION99.62
2.65-2.740.21671590.17373546X-RAY DIFFRACTION99.62
2.74-2.840.21471880.16373480X-RAY DIFFRACTION99.78
2.84-2.950.2161530.16723531X-RAY DIFFRACTION99.97
2.95-3.090.20451800.17033503X-RAY DIFFRACTION99.95
3.09-3.250.24061920.16993519X-RAY DIFFRACTION99.89
3.25-3.450.20151680.1583539X-RAY DIFFRACTION99.92
3.45-3.720.17081990.1463532X-RAY DIFFRACTION100
3.72-4.090.15532050.13743520X-RAY DIFFRACTION99.95
4.09-4.690.16931770.1243590X-RAY DIFFRACTION100
4.69-5.90.16351680.143628X-RAY DIFFRACTION99.97
5.9-81.920.19932030.15433742X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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