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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8con
タイトルCrystal structure of alcohol dehydrogenase from Arabidopsis thaliana in complex with NADH
要素Alcohol dehydrogenase class-P
キーワードOXIDOREDUCTASE / alcohol dehydrogenase / Zn-binding dehydrogenase / metalloprotein / Rossman fold
機能・相同性
機能・相同性情報


response to flooding / ethanol dehydrogenase (NAD+) activity / positive regulation of cellular response to hypoxia / response to sucrose / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / response to abscisic acid / response to water deprivation / alcohol dehydrogenase / response to caffeine / response to osmotic stress ...response to flooding / ethanol dehydrogenase (NAD+) activity / positive regulation of cellular response to hypoxia / response to sucrose / alcohol dehydrogenase (NAD+) activity / response to abscisic acid / response to water deprivation / alcohol dehydrogenase / response to caffeine / response to osmotic stress / response to salt stress / response to cold / response to hydrogen peroxide / response to estradiol / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / nucleotide binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alcohol dehydrogenase class-P
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Fermani, S. / Fanti, S. / Carloni, G. / Falini, G. / Meloni, M. / Zaffagnini, M.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Not funded イタリア
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical characterization of Arabidopsis alcohol dehydrogenases reveals distinct functional properties but similar redox sensitivity.
著者: Meloni, M. / Rossi, J. / Fanti, S. / Carloni, G. / Tedesco, D. / Treffon, P. / Piccinini, L. / Falini, G. / Trost, P. / Vierling, E. / Licausi, F. / Giuntoli, B. / Musiani, F. / Fermani, S. / Zaffagnini, M.
履歴
登録2023年2月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alcohol dehydrogenase class-P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,84920
ポリマ－41,2291
非ポリマー2,62019
水4,486249
1
A: Alcohol dehydrogenase class-P
ヘテロ分子

A: Alcohol dehydrogenase class-P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,69840
ポリマ－82,4582
非ポリマー5,24038
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area14190 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area27950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.405, 63.405, 182.153
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-406-

SO4

21A-711-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alcohol dehydrogenase class-P / AtADH


分子量: 41229.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ADH1, ADH, At1g77120, F22K20.19 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06525, alcohol dehydrogenase

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非ポリマー , 7種, 268分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: bipyramidal or or rhombohedral
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Hepes-NaOH pH 7.0-8.0, 2% v/v PEG 400 and 2.0 M (NH4)2SO4
PH範囲: 7.0-8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月9日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→182.15 Å / Num. obs: 47829 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 24.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2492 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.411 / Rrim(I) all: 0.826 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→47.02 Å / SU ML: 0.192 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.1
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 4495 4.99 %RANDOM SELECTION
Rwork0.186 ---
obs0.187 47747 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2889 0 160 249 3298
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.72 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2707 100 -
Rwork0.2778 3004 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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