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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8co3 | ||||||
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タイトル | Three dimensional structure of human carbonic anhydrase XII in complex with sulfonamide | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 12 | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / CA XII / CA 12 / carbonic anhydrase XII / carbonic anhydrase 12 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloride ion homeostasis / estrous cycle / Reversible hydration of carbon dioxide / 炭酸脱水酵素 / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | ||||||
データ登録者 | Leitans, J. / Dvinskis, E. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | Latvia, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Atropo/Tropo Flexibility: A Tool for Design and Synthesis of Self-Adaptable Inhibitors of Carbonic Anhydrases and Their Antiproliferative Effect. 著者: Ivanova, J.N. / Nocentini, A. / Ta Rs, K. / Leita Ns, J.N. / Dvinskis, E. / Kazaks, A. / Domraceva, I. / Supuran, C.T. / Zalubovskis, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8co3.cif.gz | 248.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8co3.ent.gz | 195.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8co3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/8co3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/8co3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8co0C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29857.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: dimers / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43570, 炭酸脱水酵素 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-V8O / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.63 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE, PH 5.6, 31% PEG 4000, PROTEIN 10 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS DISSOLVED IN 100% DMSO), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日 |
放射 | モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→79.74 Å / Num. obs: 94857 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 9.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 4.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.77 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 13891 / % possible all: 85.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→79.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 3.703 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.067 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.68→79.74 Å
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拘束条件 |
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