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万見
- PDB-8co1: Type II Secretion System -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8co1
タイトルType II Secretion System
要素
  • IPT/TIG domain-containing protein
  • Lipoprotein
  • Probable type IV piliation system protein DR_0774
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Type II Secretion System / Cell envelope
機能・相同性
機能・相同性情報


: / type II protein secretion system complex / protein secretion
類似検索 - 分子機能
NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / IPT/TIG domain / IPT domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
IPT/TIG domain-containing protein / Lipoprotein / Probable type IV piliation system protein DR_0774
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Farci, D. / Piano, D.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Polish National Science CentrePRO-2018/30/M/NZ1/00284 ポーランド
Polish National Science CentrePRO-2017/26/E/NZ1/00344 ポーランド
引用
ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: Structural characterization and functional insights into the type II secretion system of the poly-extremophile Deinococcus radiodurans.
著者: Domenica Farci / Stefan Milenkovic / Luca Iesu / Marta Tanas / Matteo Ceccarelli / Dario Piano /
要旨: The extremophile bacterium D. radiodurans boasts a distinctive cell envelope characterized by the regular arrangement of three protein complexes. Among these, the Type II Secretion System (T2SS) ...The extremophile bacterium D. radiodurans boasts a distinctive cell envelope characterized by the regular arrangement of three protein complexes. Among these, the Type II Secretion System (T2SS) stands out as a pivotal structural component. We used cryo-electron microscopy to reveal unique features, such as an unconventional protein belt (DR_1364) around the main secretin (GspD), and a cap (DR_0940) found to be a separated subunit rather than integrated with GspD. Furthermore, a novel region at the N-terminus of the GspD constitutes an additional second gate, supplementing the one typically found in the outer membrane region. This T2SS was found to contribute to envelope integrity, while also playing a role in nucleic acid and nutrient trafficking. Studies on intact cell envelopes show a consistent T2SS structure repetition, highlighting its significance within the cellular framework.
#1: ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: Structural characterization and functional insights into the type II secretion system of the poly-extremophile Deinococcus radiodurans.
著者: Domenica Farci / Stefan Milenkovic / Luca Iesu / Marta Tanas / Matteo Ceccarelli / Dario Piano /
要旨: The extremophile bacterium D. radiodurans boasts a distinctive cell envelope characterized by the regular arrangement of three protein complexes. Among these, the Type II Secretion System (T2SS) ...The extremophile bacterium D. radiodurans boasts a distinctive cell envelope characterized by the regular arrangement of three protein complexes. Among these, the Type II Secretion System (T2SS) stands out as a pivotal structural component. We used cryo-electron microscopy to reveal unique features, such as an unconventional protein belt (DR_1364) around the main secretin (GspD), and a cap (DR_0940) found to be a separated subunit rather than integrated with GspD. Furthermore, a novel region at the N-terminus of the GspD constitutes an additional second gate, supplementing the one typically found in the outer membrane region. This T2SS was found to contribute to envelope integrity, while also playing a role in nucleic acid and nutrient trafficking. Studies on intact cell envelopes show a consistent T2SS structure repetition, highlighting its significance within the cellular framework.
履歴
登録2023年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
Q2: IPT/TIG domain-containing protein
Q3: Lipoprotein
P1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
P2: IPT/TIG domain-containing protein
P3: Lipoprotein
O1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
O2: IPT/TIG domain-containing protein
O3: Lipoprotein
N1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
N2: IPT/TIG domain-containing protein
N3: Lipoprotein
M1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
M2: IPT/TIG domain-containing protein
M3: Lipoprotein
L1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
L2: IPT/TIG domain-containing protein
L3: Lipoprotein
A1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
A2: IPT/TIG domain-containing protein
A3: Lipoprotein
I1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
I2: IPT/TIG domain-containing protein
I3: Lipoprotein
H1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
H2: IPT/TIG domain-containing protein
H3: Lipoprotein
F1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
F2: IPT/TIG domain-containing protein
F3: Lipoprotein
G1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
G2: IPT/TIG domain-containing protein
G3: Lipoprotein
E1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
E2: IPT/TIG domain-containing protein
E3: Lipoprotein
D1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
D2: IPT/TIG domain-containing protein
D3: Lipoprotein
C1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
C2: IPT/TIG domain-containing protein
C3: Lipoprotein
B1: Probable type IV piliation system protein DR_0774
B2: IPT/TIG domain-containing protein
B3: Lipoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,746,33645
ポリマ－1,746,33645
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry, native gel electrophoresis, 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area270340 Å2
ΔGint-990 kcal/mol
Surface area547630 Å2

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要素

#1: タンパク質
Probable type IV piliation system protein DR_0774


分子量: 78653.461 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RW95
#2: タンパク質
IPT/TIG domain-containing protein


分子量: 15954.317 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RUM0
#3: タンパク質
Lipoprotein


分子量: 21814.654 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Deinococcus radiodurans R1 = ATCC 13939 = DSM 20539 (放射線耐性)
参照: UniProt: Q9RVT2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Type II Secretion System / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 1.7 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C15 (15回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00796177
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.691130841
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.51313515
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0515554
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00517235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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