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- PDB-8co0: Three dimensional structure of human carbonic anhydrase IX in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8co0
タイトルThree dimensional structure of human carbonic anhydrase IX in complex with sulfonamide
要素Carbonic anhydrase 9
キーワードLYASE / CA IX / CA 9 / carbonic anhydrase IX / carbonic anhydrase 9
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / molecular function activator activity / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / molecular function activator activity / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carbonic anhydrase, alpha-class, conserved site / Alpha-carbonic anhydrases signature. / Carbonic anhydrase, alpha-class / Alpha carbonic anhydrase domain / Alpha carbonic anhydrase domain superfamily / Eukaryotic-type carbonic anhydrase / Alpha-carbonic anhydrases profile. / Eukaryotic-type carbonic anhydrase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-V8O / Carbonic anhydrase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Leitans, J. / Tars, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Atropo/Tropo Flexibility: A Tool for Design and Synthesis of Self-Adaptable Inhibitors of Carbonic Anhydrases and Their Antiproliferative Effect.
著者: Ivanova, J.N. / Nocentini, A. / Tars, K. / Leita Ns, J.N. / Dvinskis, E. / Kazaks, A. / Domraceva, I. / Supuran, C.T. / Zalubovskis, R.
履歴
登録2023年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbonic anhydrase 9
C: Carbonic anhydrase 9
E: Carbonic anhydrase 9
G: Carbonic anhydrase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,90316
ポリマ－112,7474
非ポリマー2,15612
水10,503583
1
A: Carbonic anhydrase 9
C: Carbonic anhydrase 9
ヘテロ分子

E: Carbonic anhydrase 9
G: Carbonic anhydrase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,90316
ポリマ－112,7474
非ポリマー2,15612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation9_544-x+y+1/3,-x-1/3,z-1/31
Buried area7610 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area39140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)152.951, 152.951, 172.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Carbonic anhydrase 9 / Carbonate dehydratase IX / Carbonic anhydrase IX / CA-IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / ...Carbonate dehydratase IX / Carbonic anhydrase IX / CA-IX / CAIX / Membrane antigen MN / P54/58N / Renal cell carcinoma-associated antigen G250 / RCC-associated antigen G250 / pMW1


分子量: 28186.711 Da / 分子数: 4 / 変異: C41S, N213Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: two dimers / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9, G250, MN / 細胞株 (発現宿主): Pichia pastoris / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-V8O / 5-(5-methyl-6-quinolin-5-yl-pyridin-3-yl)thiophene-2-sulfonamide


分子量: 381.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H15N3O2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.93 Å / Num. obs: 66667 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4658 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0350 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.752 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21231 3427 5.1 %RANDOM
Rwork0.16044 ---
obs0.16307 63380 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20.25 Å20 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----1.63 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→29.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7910 0 0 583 8493
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0128170
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0167228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.66511169
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.481.54616865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.89151000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.4931071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.193101185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.029443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3694.4154012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3694.4154012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.8676.6125008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.8676.6135009
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1924.7694158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1914.774159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.1917.0146162
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.94855.7228487
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.95255.0328374
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 275 -
Rwork0.235 4622 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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