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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8co0 | ||||||
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タイトル | Three dimensional structure of human carbonic anhydrase IX in complex with sulfonamide | ||||||
要素 | Carbonic anhydrase 9 | ||||||
キーワード | LYASE / CA IX / CA 9 / carbonic anhydrase IX / carbonic anhydrase 9 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process ...Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / microvillus membrane / response to testosterone / secretion / Reversible hydration of carbon dioxide / molecular function activator activity / morphogenesis of an epithelium / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / one-carbon metabolic process / basolateral plasma membrane / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / nucleolus / zinc ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Leitans, J. / Tars, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Atropo/Tropo Flexibility: A Tool for Design and Synthesis of Self-Adaptable Inhibitors of Carbonic Anhydrases and Their Antiproliferative Effect. 著者: Ivanova, J.N. / Nocentini, A. / Tars, K. / Leita Ns, J.N. / Dvinskis, E. / Kazaks, A. / Domraceva, I. / Supuran, C.T. / Zalubovskis, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8co0.cif.gz | 223.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8co0.ent.gz | 176.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8co0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8co0_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8co0_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8co0_validation.xml.gz | 46.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8co0_validation.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/8co0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/8co0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8co3C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28186.711 Da / 分子数: 4 / 変異: C41S, N213Q / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: two dimers / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA9, G250, MN / 細胞株 (発現宿主): Pichia pastoris / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q16790, carbonic anhydrase #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-V8O / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 1.0 M DI-AMMONIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4.5, PROTEIN 10 MG/ML, 5-10 MM INHIBITOR (STOCK SOLUTION WAS 100 MM INHIBITOR DISSOLVED IN 100% DIMETHYL SULFOXIDE), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.97776 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→29.93 Å / Num. obs: 66667 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.834 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4658 / % possible all: 94.1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0350 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→29.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.752 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.648 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.3→29.93 Å
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拘束条件 |
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