PDB-8cnl: Lymphocytic choriomeningitis virus 3'-5' exonuclease domain of nu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cnl

タイトル

Lymphocytic choriomeningitis virus 3'-5' exonuclease domain of nucleoprotein

要素

Nucleoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / exonuclease / arenavirus / LCMV

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arenavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Spiliopoulou, M. / Papageorgiou, N. / Ferron, F.

資金援助

ギリシャ, European Union, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Lymphocytic choriomeningitis virus 3'-5' exonuclease domain of nucleoprotein
著者: Spiliopoulou, M. / Papageorgiou, N. / Ferron, F.

履歴

登録	2023年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cnl.cif.gz	323 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cnl.ent.gz	263.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8cnl_validation.pdf.gz	481.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8cnl_full_validation.pdf.gz	545.3 KB	表示
XML形式データ	8cnl_validation.xml.gz	70.1 KB	表示
CIF形式データ	8cnl_validation.cif.gz	82.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/8cnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cn/8cnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4o6h
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Nucleoprotein

A: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

E: Nucleoprotein

F: Nucleoprotein

G: Nucleoprotein

H: Nucleoprotein

ヘテロ分子

197 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.076, 95.066, 129.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 24521.111 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arenavirus (ウイルス) / 遺伝子: N, Segment S / 発現宿主: Escherichia phage T7 (ファージ) 参照: UniProt: P09992, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.05M Sodium cacodylate pH 6.8, 0.01M Magnesium sulfate, 2M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97626 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97626 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→94.254 Å / Num. obs: 310351 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	Diffraction-ID
4.47-94.254	13.4	20129	0.995	1
3.17-4.47	6.35	36665	0.982	1

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
Aimless	データスケーリング
PHASER	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→81.15 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2798	3891	3.54 %
R_work	0.2734	-	-
obs	0.2736	109980	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→81.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12968	0	8	0	12976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	13248
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.368	17896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.358	5056
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1952
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.83	0.5102	136	0.469	3749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.83-2.87	0.4562	142	0.4545	3838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.91	0.6052	133	0.438	3715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.91-2.95	0.3698	140	0.3963	3773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.95-2.99	0.4012	140	0.3808	3827	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.03	0.355	140	0.3748	3744	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.08	0.3776	138	0.3641	3806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.13	0.3496	135	0.3533	3765	X-RAY DIFFRACTION	99
3.13-3.19	0.3756	139	0.3552	3805	X-RAY DIFFRACTION	99
3.19-3.24	0.3371	140	0.3514	3726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.24-3.31	0.3484	142	0.3393	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
3.31-3.37	0.3927	141	0.3122	3805	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.45	0.356	136	0.2998	3749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.53	0.3245	141	0.2804	3856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.62	0.3001	138	0.2836	3776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.71	0.2553	139	0.2731	3794	X-RAY DIFFRACTION	100
3.71-3.82	0.3022	138	0.2754	3837	X-RAY DIFFRACTION	100
3.82-3.95	0.3218	142	0.2732	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
3.95-4.09	0.2692	140	0.2447	3775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.09-4.25	0.1891	138	0.2445	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
4.25-4.44	0.2071	140	0.2422	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-4.68	0.242	143	0.2216	3775	X-RAY DIFFRACTION	100
4.68-4.97	0.2368	138	0.227	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
4.97-5.36	0.2828	142	0.2433	3790	X-RAY DIFFRACTION	100
5.36-5.89	0.2716	138	0.2439	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
5.89-6.75	0.2795	138	0.2788	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
6.75-8.5	0.1962	140	0.2261	3799	X-RAY DIFFRACTION	100
8.5-81.15	0.1694	134	0.1886	3727	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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