[日本語] English
万見
- PDB-8cn9: Factor VII binding Fab of the bispecific antibody HMB-001 in comp... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cn9
タイトルFactor VII binding Fab of the bispecific antibody HMB-001 in complex with Factor VII
要素
  • (Coagulation factor ...) x 2
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
  • Tissue factor
キーワードBLOOD CLOTTING / Factor VII / Fab / Bispecific Antibody / HMB-001
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to genistein / serine-type peptidase complex / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / response to vitamin K / response to carbon dioxide / response to thyroxine / positive regulation of leukocyte chemotaxis / response to growth hormone / NGF-stimulated transcription / response to cholesterol / cytokine receptor activity / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / animal organ regeneration / positive regulation of blood coagulation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / positive regulation of interleukin-8 production / : / phospholipid binding / cytokine-mediated signaling pathway / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / circadian rhythm / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / response to estradiol / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / : / Coagulation factor VII / Tissue factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Schluckebier, G. / Johansson, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Cardiovasc Res / 年: 2024
タイトル: A bispecific antibody approach for the potential prophylactic treatment of inherited bleeding disorders.
著者: Gandhi, P.S. / Zivkovic, M. / Ostergaard, H. / Bonde, A.C. / Elm, T. / Lovgreen, M.N. / Schluckebier, G. / Johansson, E. / Olsen, O.H. / Olsen, E.H.N. / de Bus, I.A. / Bloem, K. / Alskar, O. ...著者: Gandhi, P.S. / Zivkovic, M. / Ostergaard, H. / Bonde, A.C. / Elm, T. / Lovgreen, M.N. / Schluckebier, G. / Johansson, E. / Olsen, O.H. / Olsen, E.H.N. / de Bus, I.A. / Bloem, K. / Alskar, O. / Rea, C.J. / Bjorn, S.E. / Schutgens, R.E. / Sorensen, B. / Urbanus, R.T. / Faber, J.H.
履歴
登録2023年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fab light chain
B: Fab heavy chain
C: Coagulation factor VII
D: Coagulation factor VII
E: Tissue factor
F: Fab light chain
G: Fab heavy chain
H: Coagulation factor VII
I: Coagulation factor VII
J: Tissue factor
K: Fab light chain
L: Fab heavy chain
M: Coagulation factor VII
N: Coagulation factor VII
O: Tissue factor
P: Fab light chain
Q: Fab heavy chain
R: Coagulation factor VII
S: Coagulation factor VII
T: Tissue factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)446,75434
ポリマ－445,67920
非ポリマー1,07414
水00
1
A: Fab light chain
B: Fab heavy chain
C: Coagulation factor VII
D: Coagulation factor VII
E: Tissue factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,6808
ポリマ－111,4205
非ポリマー2603
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: Fab light chain
G: Fab heavy chain
H: Coagulation factor VII
I: Coagulation factor VII
J: Tissue factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,7209
ポリマ－111,4205
非ポリマー3004
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
K: Fab light chain
L: Fab heavy chain
M: Coagulation factor VII
N: Coagulation factor VII
O: Tissue factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,5408
ポリマ－111,4205
非ポリマー1203
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
P: Fab light chain
Q: Fab heavy chain
R: Coagulation factor VII
S: Coagulation factor VII
T: Tissue factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,8139
ポリマ－111,4205
非ポリマー3934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.782, 100.794, 181.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999666969866, -0.0148689503937, -0.0210917915953), (-0.0148039230484, 0.99988517992, -0.00323586753636), (0.021137483788, -0.00292254863523, -0.999772306822)-72.7320505951, -26.4516343682, 0.230755181716
2given(0.922788990252, 0.00516209654217, 0.385271115228), (0.00801696034193, -0.999951019683, -0.00580401423669), (0.385222283645, 0.00844458368855, -0.922785176078)-17.5593633856, -29.8908204572, 89.2647321384
3given(-0.923373158697, -0.000459678317079, -0.383903371297), (0.00695055771373, -0.999855392496, -0.0155204330886), (-0.383840721582, -0.016999493864, 0.923242827031)-89.9657202543, -56.5452559461, 89.1425544585
4given(-0.999982179659, 1.26182700489E-5, -0.00596994188384), (2.43540938443E-5, 0.999998067615, -0.00196575015449), (0.00596990554324, -0.00196586051668, -0.999980247615)-72.4369932984, -26.2080388592, -0.0363563323219
5given(0.924358898801, 0.000555103772763, 0.381523679562), (0.000961923967199, -0.999999154019, -0.000875593557598), (0.381522870755, 0.00117635946812, -0.924358650779)-17.7285216948, -29.8328238711, 89.1302614092
6given(-0.926953681679, -0.00905407783575, -0.375066521696), (0.013667135317, -0.999860121159, -0.00964092988597), (-0.374926768096, -0.0140627803575, 0.926947763778)-89.6919572524, -56.3177428109, 89.4746025994
7given(-0.99997154862, 0.00470112216215, -0.00589927127536), (0.00466922970534, 0.999974473718, 0.00540834607803), (0.0059245459845, 0.00538064715044, -0.999967973683)-72.277070308, -26.1250183924, 0.0673726617053
8given(0.920551100833, -0.000271996003906, 0.390622063859), (0.00101873477489, -0.99999468509, -0.00309709073983), (0.390620830135, 0.00324897057022, -0.920545931095)-17.6492962487, -29.8570026961, 89.2011771201
9given(-0.916343110626, -0.010542445927, -0.400255119195), (0.0111027747442, -0.999937939976, 0.000919015146008), (-0.40023996802, -0.00360180923104, 0.916403292754)-90.1049061177, -56.0740428815, 88.9779407689
10given(-0.999989284425, -0.00456209135285, -0.000786357300422), (-0.0045603085642, 0.999987060945, -0.00225422442251), (0.000796631103447, -0.00225061423527, -0.999997150053)-72.4693358926, -26.1799927908, 0.0571141055669
11given(0.921242540622, 0.00226836188061, 0.388982050849), (0.000599188520196, -0.999990085834, 0.00441239237977), (0.388988203319, -0.00383180998673, -0.921234766447)-17.619941808, -29.9004140554, 89.2826380885
12given(-0.90818321058, -0.0109827099009, -0.418428770645), (0.00801708201478, -0.999928744797, 0.00884486990764), (-0.418496096059, 0.00467818457828, 0.908206547088)-90.0265019299, -56.2344089514, 88.50527348
13given(-0.999976133309, -0.00673696094488, 0.00153172118719), (-0.0067447448834, 0.999964070691, -0.00513475833446), (-0.00149707348714, -0.00514496685341, -0.99998564394)-72.4175394593, -26.1018506384, 0.0831921660682
14given(0.929958206439, -0.00377434430007, 0.367645873909), (-0.000314680769937, -0.999955110873, -0.00946980547235), (0.367665112913, 0.00869083222573, -0.92991764914)-16.8764328373, -29.6977448085, 89.2564204435

-
要素

-
Coagulation factor ... , 2種, 8分子 CHMRDINS

#3: タンパク質
Coagulation factor VII / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#4: タンパク質
Coagulation factor VII / Proconvertin / Serum prothrombin conversion accelerator / SPCA


分子量: 11670.991 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F7 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa

-
抗体 , 2種, 8分子 AFKPBGLQ

#1: 抗体
Fab light chain


分子量: 23384.982 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Fab heavy chain


分子量: 23434.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 EJOT

#5: タンパク質
Tissue factor / TF / Coagulation factor III / Thromboplastin


分子量: 24826.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13726
#7: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 11分子

#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.15 M Cesium chloride 15% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月8日 / 詳細: na
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.5 Å / Num. obs: 69059 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 63.86 Å2 / CC1/2: 0.98 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.31 / Rpim(I) all: 0.15 / Rrim(I) all: 0.35 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル解像度: 3.4→3.522 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 0.86 / Num. unique obs: 6423 / CC1/2: 0.697 / CC star: 0.906 / Rrim(I) all: 1.21 / % possible all: 91.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→48.5 Å / SU ML: 0.6377 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 41.0162
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3557 3677 2.85 %Random
Rwork0.3032 125179 --
obs0.3047 68416 93.02 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数29476 0 44 0 29520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001930191
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.494441086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04084646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00415257
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.93844100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.440.42741210.39324145X-RAY DIFFRACTION81.35
3.44-3.490.42291300.39634624X-RAY DIFFRACTION88.43
3.49-3.540.61961180.47854192X-RAY DIFFRACTION81.46
3.54-3.590.6277910.50943519X-RAY DIFFRACTION67.01
3.59-3.650.46031450.40454685X-RAY DIFFRACTION91.77
3.65-3.710.49521480.41664802X-RAY DIFFRACTION91.85
3.71-3.770.38671370.38994718X-RAY DIFFRACTION91.62
3.77-3.840.43531450.36224918X-RAY DIFFRACTION94.74
3.84-3.920.34721440.32034884X-RAY DIFFRACTION94.67
3.92-40.45121420.3464936X-RAY DIFFRACTION94.42
4-4.080.36981460.31814844X-RAY DIFFRACTION94.06
4.08-4.180.2851440.27464880X-RAY DIFFRACTION94.97
4.18-4.280.32181470.26674879X-RAY DIFFRACTION94.46
4.28-4.40.30671450.26174919X-RAY DIFFRACTION94.62
4.4-4.530.31571510.24914923X-RAY DIFFRACTION94.45
4.53-4.670.27781390.25734835X-RAY DIFFRACTION94.06
4.67-4.840.2771470.24944947X-RAY DIFFRACTION94.98
4.84-5.030.30381460.24454981X-RAY DIFFRACTION95.83
5.04-5.260.31141490.24445060X-RAY DIFFRACTION98.47
5.26-5.540.32681500.27285128X-RAY DIFFRACTION98.91
5.54-5.890.36331500.26955108X-RAY DIFFRACTION98.5
5.89-6.340.34431500.26685117X-RAY DIFFRACTION99.21
6.34-6.980.3241510.29395127X-RAY DIFFRACTION99.06
6.98-7.980.29691490.28545114X-RAY DIFFRACTION98.43
7.98-10.040.29991430.26864953X-RAY DIFFRACTION95.83
10.05-48.50.35681490.28024941X-RAY DIFFRACTION95.57

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る