PDB-8cmv: Engineered PETase enzyme from LCC - C09 mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8cmv

タイトル

Engineered PETase enzyme from LCC - C09 mutant

要素

Leaf-branch compost cutinase

キーワード

HYDROLASE / Plastic degradation / Thermal stablization / MHET / BHET / TPA

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylesterase activity / poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase / cutinase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

unidentified prokaryotic organism (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.28 Å

データ登録者

Bhattacharya, S. / Estiri, H. / Castagna, R. / Parisini, E.

資金援助

Latvia, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Development of a highly active engineered PETase enzyme for polyester degradation
著者: Bhattacharya, S. / Castagna, R. / Estiri, H. / Upmanis, T. / Ricci, A. / Gautieri, A. / Parisini, E.

履歴

登録	2023年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8cmv.cif.gz	119.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8cmv.ent.gz	89.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8cmv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cmv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cmv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Leaf-branch compost cutinase

ヘテロ分子

33.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.876, 108.876, 35.402
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

#1: タンパク質	Leaf-branch compost cutinase / LC-cutinase / LCC / PET-digesting enzyme / Poly(ethylene terephthalate) hydrolase / PET hydrolase / PETase 分子量: 32759.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) unidentified prokaryotic organism (未定義) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: G9BY57, cutinase, poly(ethylene terephthalate) hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Sodium citrate tribasic dihydrate 1M Isopropanol 20% PEG 4K 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.7338 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7338 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.28→54.497 Å / Num. obs: 62178 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.8 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 6.5
反射シェル	解像度: 1.28→1.302 Å / Num. unique obs: 3088 / CC_1/2: 0.346

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.28→54.497 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.973 / WR_factor R_free: 0.181 / WR_factor R_work: 0.158 / SU B: 1.004 / SU ML: 0.04 / Average fsc free: 0.9649 / Average fsc work: 0.9697 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.048 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	3158	5.079 %
R_work	0.1634	59019	-
all	0.165	-	-
obs	-	62177	99.998 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.685 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.113 Å²	0.056 Å²	0 Å²
2-	-	0.113 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.366 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.28→54.497 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1970	0	28	248	2246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.011	2093
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.711	1.652	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.612	1.569	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.591	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.464	5	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.824	10	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.89	10	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	326
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	511
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.237	0.2	413
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	1870
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	176
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.242	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.397	1.269	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.388	1.268	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.152	2.271	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.162	2.276	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.362	1.57	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.361	1.573	1043
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.465	2.737	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.463	2.739	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.372	17.533	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.371	17.541	2441

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.28-1.313	0.309	238	0.329	4360	0.328	4598	0.939	0.929	0.334
1.313-1.349	0.32	241	0.302	4166	0.303	4407	0.926	0.933	0.307
1.349-1.388	0.302	224	0.293	4100	0.294	4324	0.936	0.936	0.297
1.388-1.431	0.286	203	0.257	4005	0.258	4208	0.941	0.95	0.261
1.431-1.478	0.24	221	0.228	3875	0.229	4096	0.957	0.962	0.23
1.478-1.529	0.226	202	0.206	3744	0.207	3946	0.967	0.972	0.205
1.529-1.587	0.209	191	0.187	3603	0.188	3794	0.972	0.977	0.182
1.587-1.652	0.23	164	0.182	3505	0.184	3669	0.968	0.979	0.174
1.652-1.725	0.207	201	0.17	3311	0.172	3512	0.975	0.983	0.159
1.725-1.809	0.184	177	0.158	3210	0.159	3387	0.978	0.986	0.145
1.809-1.907	0.156	166	0.146	3049	0.146	3215	0.987	0.988	0.133
1.907-2.023	0.178	151	0.137	2872	0.139	3023	0.981	0.988	0.126
2.023-2.162	0.185	140	0.13	2728	0.133	2868	0.979	0.99	0.123
2.162-2.335	0.168	124	0.131	2550	0.133	2674	0.983	0.99	0.127
2.335-2.557	0.153	120	0.132	2339	0.133	2459	0.987	0.989	0.131
2.557-2.859	0.173	116	0.132	2114	0.134	2230	0.983	0.989	0.136
2.859-3.299	0.179	77	0.129	1910	0.131	1987	0.983	0.99	0.135
3.299-4.037	0.125	107	0.128	1577	0.128	1684	0.992	0.991	0.143
4.037-5.694	0.143	59	0.13	1270	0.131	1329	0.989	0.991	0.158
5.694-54.497	0.168	36	0.169	731	0.169	767	0.994	0.984	0.207

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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