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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8cmu | |||||||||
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タイトル | High resolution structure of the coagulation Factor XIII A2B2 heterotetramer complex. | |||||||||
要素 |
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キーワード | BLOOD CLOTTING / Factor XIII | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix ...protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / collagen-containing extracellular matrix / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / extracellular space / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.41 Å | |||||||||
データ登録者 | Singh, S. / Urgular, D. / Hagelueken, G. / Geyer, M. / Biswas, A. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The cryo-EM structure of the plasma coagulation Factor XIII complex at 2.68 Angstrom resolution. 著者: Singh, S. / Urgular, D. / Hagelueken, G. / Ramaraje Urs, S.U. / Javed, H. / Imhof, D. / Geyer, M. / Oldenburg, J. / Biswas, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8cmu.cif.gz | 457.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8cmu.ent.gz | 292.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8cmu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8cmu_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8cmu_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8cmu_validation.xml.gz | 65.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8cmu_validation.cif.gz | 100.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/8cmu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 16746MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 83365.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase #2: タンパク質 | 分子量: 75600.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05160 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Factor XIII A2B2 heterotetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 333272 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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