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万見
- PDB-8cls: Drosophila melanogaster insulin receptor ectodomain in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8cls
タイトルDrosophila melanogaster insulin receptor ectodomain in complex with DILP5
要素
  • Insulin-like receptor
  • Probable insulin-like peptide 5
  • Probable insulin-like peptide 5 A chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / DILP5 hormone / Drosophila insulin-like signalling receptor / disulfide linked ectodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


primary spermatocyte growth / negative regulation of peptide hormone secretion / Extra-nuclear estrogen signaling / negative regulation of entry into reproductive diapause / Insulin signaling pathway / Insulin receptor recycling / female mating behavior / response to anoxia / embryonic development via the syncytial blastoderm / male germ-line stem cell asymmetric division ...primary spermatocyte growth / negative regulation of peptide hormone secretion / Extra-nuclear estrogen signaling / negative regulation of entry into reproductive diapause / Insulin signaling pathway / Insulin receptor recycling / female mating behavior / response to anoxia / embryonic development via the syncytial blastoderm / male germ-line stem cell asymmetric division / female germ-line stem cell population maintenance / germ-band shortening / histone H2AXY142 kinase activity / carbohydrate homeostasis / germ-line stem-cell niche homeostasis / imaginal disc growth / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / open tracheal system development / positive regulation of neuron remodeling / germ-line stem cell division / follicle cell of egg chamber development / lymph gland development / positive regulation of border follicle cell migration / female germ-line stem cell asymmetric division / positive regulation of fat cell proliferation / intestinal stem cell homeostasis / growth cone membrane / positive regulation of organ growth / histone H3Y41 kinase activity / positive regulation of lipid storage / insulin receptor complex / regulation of organ growth / positive regulation of multicellular organism growth / sleep / triglyceride homeostasis / embryo development ending in birth or egg hatching / insulin binding / positive regulation of wound healing / negative regulation of macroautophagy / negative regulation of feeding behavior / positive regulation of neuroblast proliferation / female gonad development / lipid homeostasis / insulin receptor substrate binding / regulation of multicellular organism growth / positive regulation of cell size / developmental growth / phosphatidylinositol 3-kinase binding / axon guidance / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / determination of adult lifespan / locomotory behavior / insulin receptor binding / response to cocaine / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / hormone activity / multicellular organism growth / SH3 domain binding / circadian rhythm / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / nervous system development / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell growth / protein autophosphorylation / protein tyrosine kinase activity / response to oxidative stress / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / protein phosphorylation / receptor ligand activity / axon / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily ...Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like receptor / Insulin-like peptide 5
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Viola, C.M. / Brzozowski, A.M. / Shafi, T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009066/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W003783/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural conservation of insulin/IGF signalling axis at the insulin receptors level in Drosophila and humans.
著者: Cristina M Viola / Orsolya Frittmann / Huw T Jenkins / Talha Shafi / Pierre De Meyts / Andrzej M Brzozowski /
要旨: The insulin-related hormones regulate key life processes in Metazoa, from metabolism to growth, lifespan and aging, through an evolutionarily conserved insulin signalling axis (IIS). In humans the ...The insulin-related hormones regulate key life processes in Metazoa, from metabolism to growth, lifespan and aging, through an evolutionarily conserved insulin signalling axis (IIS). In humans the IIS axis is controlled by insulin, two insulin-like growth factors, two isoforms of the insulin receptor (hIR-A and -B), and its homologous IGF-1R. In Drosophila, this signalling engages seven insulin-like hormones (DILP1-7) and a single receptor (dmIR). This report describes the cryoEM structure of the dmIR ectodomain:DILP5 complex, revealing high structural homology between dmIR and hIR. The excess of DILP5 yields dmIR complex in an asymmetric 'T' conformation, similar to that observed in some complexes of human IRs. However, dmIR binds three DILP5 molecules in a distinct arrangement, showing also dmIR-specific features. This work adds structural support to evolutionary conservation of the IIS axis at the IR level, and also underpins a better understanding of an important model organism.
履歴
登録2023年2月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like receptor
B: Insulin-like receptor
C: Probable insulin-like peptide 5 A chain
D: Probable insulin-like peptide 5
E: Probable insulin-like peptide 5 A chain
F: Probable insulin-like peptide 5
G: Probable insulin-like peptide 5 A chain
H: Probable insulin-like peptide 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,5908
ポリマ－257,5908
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18590 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area90120 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like receptor / dIR / dInr / dIRH


分子量: 120074.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: InR, dinr, Dir-a, Inr-a, CG18402 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P09208, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質・ペプチド Probable insulin-like peptide 5 A chain


分子量: 2795.097 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7KUD5
#3: タンパク質・ペプチド Probable insulin-like peptide 5 / dILP5 / Insulin-related peptide 5


分子量: 3018.603 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q7KUD5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Drosophila insulin receptor ectodomain with DILP-5COMPLEXall0RECOMBINANT
2Drosophila insulin-like peptide 5COMPLEX#2-#31NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.240 MDaNO
210.0058 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
32Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
32Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 0.829 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129444 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
詳細: Local fitting of Alphafold predicted domains was done using ChimeraX
精密化解像度: 4→172.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / SU B: 23.071 / SU ML: 0.31 / ESU R: 0.48
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.24465 --
obs0.24465 118144 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 217.696 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 14494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00714607
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.82519762
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d14.3275410
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0532179
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0112585
LS精密化 シェル解像度: 4→4.104 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.725 8737 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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