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- PDB-8ckp: X-ray structure of the crystallization-prone form of subfamily II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ckp
タイトルX-ray structure of the crystallization-prone form of subfamily III haloalkane dehalogenase DhmeA from Haloferax mediterranei
要素Alpha/beta fold hydrolase
キーワードUNKNOWN FUNCTION / haloalkane dehalogenase-like / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity / transferase activity / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha/beta fold hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloferax mediterranei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Marek, M. / Chmelova, K. / Schenkmayerova, A. / Croll, T. / Read, R.J. / Diederichs, K.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science FoundationGA22-09853S チェコ
引用ジャーナル: Protein Sci / 年: 2023
タイトル: Multimeric structure of a subfamily III haloalkane dehalogenase-like enzyme solved by combination of cryo-EM and x-ray crystallography.
著者: Klaudia Chmelova / Tadeja Gao / Martin Polak / Andrea Schenkmayerova / Tristan I Croll / Tanvir R Shaikh / Jana Skarupova / Radka Chaloupkova / Kay Diederichs / Randy J Read / Jiri Damborsky ...著者: Klaudia Chmelova / Tadeja Gao / Martin Polak / Andrea Schenkmayerova / Tristan I Croll / Tanvir R Shaikh / Jana Skarupova / Radka Chaloupkova / Kay Diederichs / Randy J Read / Jiri Damborsky / Jiri Novacek / Martin Marek /
要旨: Haloalkane dehalogenase (HLD) enzymes employ an S 2 nucleophilic substitution mechanism to erase halogen substituents in diverse organohalogen compounds. Subfamily I and II HLDs are well- ...Haloalkane dehalogenase (HLD) enzymes employ an S 2 nucleophilic substitution mechanism to erase halogen substituents in diverse organohalogen compounds. Subfamily I and II HLDs are well-characterized enzymes, but the mode and purpose of multimerization of subfamily III HLDs are unknown. Here we probe the structural organization of DhmeA, a subfamily III HLD-like enzyme from the archaeon Haloferax mediterranei, by combining cryo-electron microscopy (cryo-EM) and x-ray crystallography. We show that full-length wild-type DhmeA forms diverse quaternary structures, ranging from small oligomers to large supramolecular ring-like assemblies of various sizes and symmetries. We optimized sample preparation steps, enabling three-dimensional reconstructions of an oligomeric species by single-particle cryo-EM. Moreover, we engineered a crystallizable mutant (DhmeA ) that provided diffraction-quality crystals. The 3.3 Å crystal structure reveals that DhmeA forms a ring-like 20-mer structure with outer and inner diameter of ~200 and ~80 Å, respectively. An enzyme homodimer represents a basic repeating building unit of the crystallographic ring. Three assembly interfaces (dimerization, tetramerization, and multimerization) were identified to form the supramolecular ring that displays a negatively charged exterior, while its interior part harboring catalytic sites is positively charged. Localization and exposure of catalytic machineries suggest a possible processing of large negatively charged macromolecular substrates.
履歴
登録2023年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Alpha/beta fold hydrolase
F: Alpha/beta fold hydrolase
G: Alpha/beta fold hydrolase
H: Alpha/beta fold hydrolase
I: Alpha/beta fold hydrolase
J: Alpha/beta fold hydrolase
A: Alpha/beta fold hydrolase
B: Alpha/beta fold hydrolase
C: Alpha/beta fold hydrolase
E: Alpha/beta fold hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)357,00311
ポリマ－356,96710
非ポリマー351
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19260 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area107700 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)172.760, 289.900, 168.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Alpha/beta fold hydrolase


分子量: 35696.707 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haloferax mediterranei (古細菌) / 遺伝子: mhpC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I3R766
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000, MES/Imidazole buffer system, amino acids

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.306→49.47 Å / Num. obs: 63328 / % possible obs: 99.55 % / 冗長度: 70.3 % / Biso Wilson estimate: 151.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10.76
反射 シェル解像度: 3.306→3.424 Å / Num. unique obs: 6044 / CC1/2: 0.241

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.20.1-4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.31→49.47 Å / SU ML: 0.6973 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.1909
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2748 3153 5 %
Rwork0.2358 59920 -
obs0.2379 63073 99.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 155.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.31→49.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23882 0 1 1 23884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002524550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.691633342
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04543439
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01194420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.28838833
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.31-3.360.50281240.54412394X-RAY DIFFRACTION93.26
3.36-3.410.53271360.46622569X-RAY DIFFRACTION99.41
3.41-3.460.4491360.41622590X-RAY DIFFRACTION99.96
3.46-3.520.43791370.41082602X-RAY DIFFRACTION99.96
3.52-3.590.43961360.35582585X-RAY DIFFRACTION99.96
3.59-3.660.38041370.34712602X-RAY DIFFRACTION99.93
3.66-3.730.45231360.35632583X-RAY DIFFRACTION99.78
3.73-3.810.34621350.292556X-RAY DIFFRACTION99.85
3.81-3.90.36371370.30552611X-RAY DIFFRACTION99.96
3.9-40.38261360.31592579X-RAY DIFFRACTION99.52
4-4.110.36311380.26322620X-RAY DIFFRACTION99.86
4.11-4.230.30911360.24552586X-RAY DIFFRACTION99.96
4.23-4.360.26211360.22532583X-RAY DIFFRACTION99.96
4.36-4.520.29121370.22312604X-RAY DIFFRACTION100
4.52-4.70.28821380.22222616X-RAY DIFFRACTION99.93
4.7-4.910.28181370.22292604X-RAY DIFFRACTION99.93
4.91-5.170.23851390.19482635X-RAY DIFFRACTION99.93
5.17-5.50.24891370.22182616X-RAY DIFFRACTION100
5.5-5.920.29431390.23382640X-RAY DIFFRACTION100
5.92-6.510.24011400.21982647X-RAY DIFFRACTION99.96
6.52-7.450.28051390.21872641X-RAY DIFFRACTION99.96
7.45-9.380.21161410.1792690X-RAY DIFFRACTION100
9.38-49.470.21461460.21192767X-RAY DIFFRACTION99.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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