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- PDB-8ckf: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 L94C var... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ckf
タイトルCrystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 L94C variant in complex with racemic 3,5-dimethylisoxazol ligand
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードGENE REGULATION / BROMODOMAIN / LIGAND / EPIGENETICS / READER DOMAIN / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / lysine-acetylated histone binding / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / NET domain superfamily / NET domain profile. / Brdt, bromodomain, repeat II / Brdt, bromodomain, repeat I / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E5Q / Chem-V0R / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Thomas, A.M. / McDonough, M.A. / Schiedel, M. / Conway, S.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)EP/R512333/1 英国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Mutate and Conjugate: A Method to Enable Rapid In-Cell Target Validation.
著者: Thomas, A.M. / Serafini, M. / Grant, E.K. / Coombs, E.A.J. / Bluck, J.P. / Schiedel, M. / McDonough, M.A. / Reynolds, J.K. / Lee, B. / Platt, M. / Sharlandjieva, V. / Biggin, P.C. / Duarte, F. ...著者: Thomas, A.M. / Serafini, M. / Grant, E.K. / Coombs, E.A.J. / Bluck, J.P. / Schiedel, M. / McDonough, M.A. / Reynolds, J.K. / Lee, B. / Platt, M. / Sharlandjieva, V. / Biggin, P.C. / Duarte, F. / Milne, T.A. / Bush, J.T. / Conway, S.J.
履歴
登録2023年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1543
ポリマ－17,5611
非ポリマー5932
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area6920 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)33.540, 46.889, 78.577
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 17561.039 Da / 分子数: 1 / 変異: L94C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28 Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-E5Q / 3-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-[(~{R})-oxidanyl(pyridin-3-yl)methyl]phenol


分子量: 296.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-V0R / 3-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-[(~{S})-oxidanyl(pyridin-3-yl)methyl]phenol


分子量: 296.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.979499 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月16日 / 詳細: compound refractive lenses
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→39.29 Å / Num. obs: 10601 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.7 % / Biso Wilson estimate: 25.63 Å2 / CC1/2: 0.9943 / Rmerge(I) obs: 0.2289 / Net I/σ(I): 5.97
反射 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 2.3083 / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 744 / CC1/2: 0.7215 / % possible all: 97.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.88→39.29 Å / SU ML: 0.1619 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.7322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2596 510 4.84 %
Rwork0.222 10020 -
obs0.2237 10530 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→39.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数982 0 44 65 1091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54011481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0335157
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.479380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-2.070.36271240.32482424X-RAY DIFFRACTION98.91
2.07-2.370.29261230.24722473X-RAY DIFFRACTION99.39
2.37-2.980.27061330.2252485X-RAY DIFFRACTION99.77
2.98-39.290.22491300.19462638X-RAY DIFFRACTION99.78
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.042104000892.643437516452.148217245282.681384187992.203344592551.81411039430.1639948387550.526712789459-0.7895793382520.513777523580.211077133489-0.2134789591921.196190967650.61700860641-0.4355041460570.7605280131860.0666553733475-0.08299820159620.352409990082-0.002769456197610.29862231465213.0905792264-12.615047378813.1780968605
20.9923114883150.6486710352530.4275693785310.536105545386-0.2322302951032.527718133810.0499050606123-0.3238610134790.03807644355430.647519126249-0.332755987347-0.230787754853-0.111541366957-0.2779590423060.2654606875910.895541096995-0.0255352945504-0.04270593488650.3042637753390.007271588107970.27751408032411.29238632285.3388239942224.0468746522
32.378574508631.110518678472.600744612492.900098343121.561668416115.43692968811-0.427031949977-0.0595603304320.432073710846-0.0563003424810.2604813314630.519546256944-0.930697346071-0.11826131510.172473522370.6198842353150.0931235151471-0.06349992441240.2889525416690.03887847232370.314709336493.1180942855211.58108254389.19455841871
42.158733478140.047513846930.351329120551.470249278440.3593721175140.6861443107910.0436443166129-0.0454640442785-0.183931201072-0.2269649087670.03642885344780.07184585171720.371686396213-0.0566098200254-0.0323282490340.688261308969-0.0162765005756-0.04650185205090.1867644899740.004743907747660.20627405182110.1784267392-4.430814563376.29383369509
51.867645794110.02976595804150.4187886474791.515838428390.428451031143.05631606046-0.0729832735331-0.11822861410.002966248636370.108193789694-0.08696442385050.126787100996-0.0723277401944-0.04894023095480.06686962552840.615809950322-0.0227259678706-0.01406102997280.1947355881080.003665894079110.15860142922214.27137830655.4973114186910.7231190189
62.51829650853-0.4197512517350.03306864974860.616209779995-0.1476723998515.68637767213-0.06995053210650.07716841149470.300943680165-0.5064063575320.154004009772-0.123818100038-0.3669531750250.001459726383170.07934855122790.860039658097-0.0444275367451-0.009583900967490.2197360917130.06711706826830.114264375211.60970034057.44440409454-1.76485395433
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 43 through 47 )43 - 471 - 5
22chain 'A' and (resid 48 through 60 )48 - 606 - 18
33chain 'A' and (resid 61 through 76 )61 - 7619 - 34
44chain 'A' and (resid 77 through 115 )77 - 11535 - 73
55chain 'A' and (resid 116 through 139 )116 - 13974 - 97
66chain 'A' and (resid 140 through 165 )140 - 16598 - 123

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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